Přehled sekvenování

Následující informace obsahují další podrobnosti o pracovním postupu pro sekvenační systémyNovaSeq X a NovaSeq X Plus.

Během generování klastrů se jednotlivé molekuly DNA vážou k povrchu průtokové kyvety Skleněné sklíčko s fyzicky oddělenými drahami. Dráhy jsou potaženy oligonukleotidy doplňkovými k sekvencím adaptéru knihovny, což umožňuje knihovně přilnout k sekvenačnímu běhu. a zároveň se amplifikují, aby vytvořily klastry.

Klastry jsou snímány pomocí chemické analýzy založené na dvou kanálech, jednom zeleném a jednom modrém. Pomocí nich jsou data zakódována pro čtyři nukleotidy. Po dokončení snímání dlaždice průtokové kyvety začne snímání následující dlaždice. Tento proces se opakuje pro každý běh sekvenování (přibližně 5 minut na běh).

Po analýze obrazu Real-Time Analysis (RTA4) software provede přiřazení báze Určení báze (A, C, G nebo T) pro každý klastr dané dlaždice v konkrétním běhu., filtrování a vyhodnocení kvality Vypočítá sadu předpovědí kvality pro jednotlivá přiřazení báze a potom hodnoty indicií použije k vyhledání skóre kvality.. V rámci běhu NovaSeq X Series Control Software automaticky přenáší soubory volání bází Obsahuje přiřazení báze a s ním spojené skóre kvality pro každý klastr jednotlivých běhů sekvenování. (*.CBCL) do zadaného výstupního umístění pro analýzu dat. Můžete zobrazit metriky kvality generované RTA4 v reálném čase pomocí NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV) nebo BaseSpace Sequence Hub.

Po dokončení sekvenování začíná sekundární analýza. Metoda sekundární analýzy dat závisí na konfiguraci použité aplikace a systému.

BaseSpace Sequence Hub a Illumina Connected Analytics (ICA) je Illumina prostředí cloud computingu pro analýzu dat, ukládání a monitorování běhu. Monitorování běhu je viditelné pouze v BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub hostuje aplikace DRAGEN a BaseSpace Sequence Hub, které podporují běžné metody analýzy sekvenování. Illumina Connected Analytics hostuje DRAGEN pro ICA pipeline. Můžete použít předpřipravené ICA pipeline nebo vytvořit vlastní pipeline s použitím vašich sekvenačních a analytických dat.

Pokud analyzujete sekvenační data v cloudu, data CBCL se automaticky nahrávají do cloudu a jsou k dispozici v BaseSpace Sequence Hub a ICA. Analýza se automaticky spustí po dokončení nahrávání dat.

Při místní analýze sekvenačních dat je sekundární analýza DRAGEN provedena v přístroji a výstupní soubory jsou uloženy ve vybrané výstupní složce.

• Další informace o BaseSpace Sequence Hub naleznete na stránce podpory BaseSpace Sequence Hub.
• Další informace o Illumina DRAGEN Bio-IT Platform naleznete na stránce podpory Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.
• Další informace o Illumina Connected Analytics naleznete na stránce podpory Illumina Connected Analytics.
• Přehled všech aplikací naleznete v části Aplikace BaseSpace Sequence Hub.