Sådan virker sekventering

Bibliotek En DNA- eller RNA-prøve med adaptere vedhæftet til sekventering. Klargøringsmetoder varierer. bliver automatisk denatureret til enkeltstrenge og yderligere fortyndet på instrumentet. I forbindelse med klyngegenereringen bliver enkelte DNA-molekyler bundet til flowcellens overflade, hvor de bliver amplificeret for at danne klynger En klonal gruppe af DNA-strenge på en flowcelle, der producerer én sekventeringsaflæsning. Hver DNA-streng på en flowcelle danner kimen til en skabelon, der opformeres, indtil klyngen består af hundredvis eller tusindvis af kopier. En flowcelle med 10.000 klynger genererer f.eks. 10.000 enkelte aflæsninger eller 20.000 parvise aflæsninger. Klyngegenerering tager ca. 4 timer.

Klynger bliver fotograferet ved hjælp af sekventeringskemi baseret på to kanaler (en grøn kanal og en blå kanal) med henblik på at indkode dataene for de fire nukleotider. Når der er blevet taget et billede af ét felt på flowcellen, bliver det næste felt fotograferet. Processen gentages for hver sekventeringscyklus. Efter billedanalyse udfører Real-Time Analysis-softwaren basebestemmelse Bestemmelse af en base (A, C, G eller T) for hver klynge i et felt i en bestemt cyklus., filtrering og kvalitetsscoring. Beregner et sæt af kvalitetsprædiktorer for hver basebestemmelse. Disse prædiktorværdier bliver derefter anvendt til at finde Q-scoren.

Efterhånden som kørslen skrider frem, overfører kontrolsoftwaren automatisk sammenkædede basebestemmelsesfiler Indeholder basebestemmelsen og den tilhørende kvalitetsscore for hver klynge i hver sekventeringscyklus. (*.cbcl) til den angivne outputmappe til dataanalyse. Under sekventeringskørslen udfører Real-Time Analysis-softwaren billedanalyse og basebestemmelse. Når sekventeringen er fuldført, begynder den sekundære analyse. Metoden til den sekundære dataanalyse afhænger af dit program og din systemkonfiguration.

Når den indledende primære analyse er fuldført, udfører DRAGEN en sekundær analyse ved hjælp af en af de tilgængelige analyse-pipelines i den valgte analysetilstand.