Outputfiler til den sekundære DRAGEN-analyse

Dette afsnit indeholder oplysninger om hvert enkelt DRAGEN-program, herunder oplysninger om outputfiler. Ud over at generere filer, der er specifikke for hvert program, angiver DRAGEN målinger fra analysen i en <sample_name>.metrics.json-fil og de rapporter, der er beskrevet i NovaSeq X Plus sekundære analyserapporter. Du kan finde yderligere oplysninger om DRAGEN på Illumina Supportside til DRAGEN Bio-IT Platform.

Alle DRAGEN-pipelines understøtter dekomprimering af BCL-inputfiler og komprimering af BAM/CRAM-outputfiler. BAM-filer vil ikke blive uploadet til Illumina DRAGEN Bio-IT Platform, hvis Proactive, Run Monitoring (Proaktiv, Kør overvågning) og Storage (Lager) er valgt.

DRAGEN-methyleringsprogrammet understøtter følgende funktioner:

• Dekompression af input-BCL-data
• FASTQ-konvertering
• FASTQ-komprimering til ORA- eller Gzip-formater
• Kortlægning/tilpasning (omfatter sortering og markering af duplikater)
• BAM/CRAM-komprimering (valgfrit)
• Målinger og rapportgenerering

Følgende input er påkrævet:

• BCL-data genereret fra NovaSeq X Plus-instrumentet
• Prøveark

Denne arbejdsgang kræver et methyleringsspecifikt referencegenom (f.eks. Homo sapiens [1000 genomer] hg38 Alt Masked v2-methylering).

DRAGEN-methylering genererer følgende outputfiler.

Komponent

Type

Outputfilens navn

Kortlægning/tilpasning

BAM eller CRAM
• <sample_name>.bam, eller
• <sample_name>.cram

Rapportgenerering

 

GZ
• <sample_name>.CX_report.txt.gz

TXT
• <sample_name>.M-bias.txt

Generering af målinger

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

DRAGEN Somatisk-programmet understøtter følgende funktioner:

• Dekompression af input-BCL-data
• FASTQ-konvertering
• FASTQ-komprimering til ORA- eller Gzip-formater
• Kortlægning/tilpasning (omfatter sortering og markering af duplikater)
• BAM/CRAM-komprimering (valgfrit)
• Variantbestemmelse
• Tagging af kimcellelinje

Når parameteren VariantCallingMode anvendes, understøtter pipelinen algoritmer for følgende variantbestemmelsesprogrammer:

• Ingen
• Variantbestemmelsesprogram for mindre varianter
• Variantbestemmelsesprogram for alle varianter:
– Mindre
– Strukturel
– Kopiér nummervarianter (for humane referencegenomer på instrumentet)

Følgende input er påkrævet:

• BCL-data genereret fra NovaSeq X Plus-instrumentet
• Prøveark

Følgende input er valgfrie:

• AuxBaselineNoiseFile
• AuxSvBaselineNoiseFile
• AuxCnvPopBAlleleVcfFile
• AuxGermlineTaggingFile

DRAGEN Somatisk genererer følgende outputfiler.

Komponent

Type

Outputfilens navn

Krav til output

Kortlægning/tilpasning

BAM eller CRAM
• <sample_name>.bam, eller
• <sample_name>.cram

Ikke relevant

Bestemmelse af små varianter

VCF og gVCF
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz
• Hvis Variant Calling Mode (Variantbestemmelsestilstand) ikke er lig med ingen

Bestemmelse af strukturelle varianter

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz
• Genereres kun for paired-end-aflæsninger
• Hvis AllVariantCallers-tilstand er valgt

Kopiér nummervarianter

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz
• Kun humane genomer
• Hvis AllVariantCallers-tilstand er valgt, og der leveres en AuxCnvPopBAlleleVcfFile

Generering af målinger

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

Ikke relevant

DRAGEN Enrichment-programmet understøtter følgende funktioner:

• Dekompression af input-BCL-data
• FASTQ-konvertering
• FASTQ-komprimering til ORA- eller Gzip-formater
• Kortlægning/tilpasning (omfatter sortering og markering af duplikater)
• BAM/CRAM-komprimering (valgfrit)
• Variantbestemmelse

Når parameteren VariantCallingMode anvendes, understøtter pipelinen algoritmer for følgende variantbestemmelsesprogrammer:

• Ingen
• Variantbestemmelsesprogram for mindre varianter
• Variantbestemmelsesprogram for alle varianter:
– Mindre
– Strukturel
– Kopiér nummervarianter (for humane referencegenomer på instrumentet)

Følgende input er påkrævet:

• BCL-data genereret fra NovaSeq X Plus-instrumentet
• Prøveark
• BedFile (hvis Variant Calling Mode (Variantbestemmelsestilstand) ikke er lig med ingen)
• GermlineOrSomatic

Følgende input er valgfrie:

• AuxBaselineNoiseFile
• AuxCnvPanelOfNormalsFile (hvis Variant Calling Mode (Variantbestemmelsestilstand) er lig med AllVariantCallers (AlleVariantbestemmelser))

DRAGEN understøtter muligheder for at forbedre ydeevnen i somatisk tilstand med input fra en baselinefil indeholdende støj. Der kræves en fil med et panel af normaler til CNV.

DRAGEN Enrichment genererer følgende outputfiler.

Komponent

Type

Outputfilens navn

Kortlægning/tilpasning

BAM eller CRAM
• <sample_name>.bam, eller
• <sample_name>.cram

Bestemmelse af små varianter

VCF og gVCF*
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz

Bestemmelse af strukturelle varianter

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz

Kopiér nummervarianter

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz

Generering af målinger

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

* gVCF-outputfiler er kun tilgængelige for kimcellelinje-tilstand.

DRAGEN Germline-programmet understøtter følgende funktioner:

• Dekompression af input-BCL-data
• FASTQ-konvertering
• FASTQ-komprimering til ORA- eller Gzip-formater
• Kortlægning/tilpasning (omfatter sortering og markering af duplikater)
• BAM/CRAM-komprimering (valgfrit)
• Variantbestemmelse

Pipelinen understøtter algoritmer for følgende variantbestemmelsesprogrammer:

• Ingen
• Variantbestemmelsesprogram for mindre varianter
• Variantbestemmelsesprogram for alle varianter:
– Mindre
– Strukturel
– Kopiér nummervarianter (for humane referencegenomer på instrumentet)
– Repeat-ekspansion (for humane referencegenomer på instrumentet)
– Homozygositetsområder (for humane referencegenomer på instrumentet)
– CYP2D6-detektion

Følgende input er påkrævet:

• BCL-data genereret fra NovaSeq X Plus-instrumentet
• Prøveark

DRAGEN Germline genererer følgende outputfiler.

Komponent

Type

Outputfilens navn

Krav til output

Kortlægning/tilpasning

BAM eller CRAM
• <sample_name>.bam, eller
• <sample_name>.cram

Ikke relevant

Bestemmelse af små varianter

VCF og gVCF
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz

Ikke relevant

Bestemmelse af strukturelle varianter

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz

Genereres kun for paired-end-aflæsninger

Kopiér nummervarianter

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz

Kun humane genomer

Repeat-ekspansion

VCF
• <sample_name>.repeats.vcf.gz

Kun humane genomer

Homozygositetsområder

CSV og BED
• <sample_name>.roh_metrics.csv
• <sample_name>.roh.bed

Kun humane genomer

CYP2D6-detektion

TSV
• <sample_name>.cyp2d6.tsv

Kun humane genomer

Generering af målinger

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

Ikke relevant

DRAGEN RNA-programmet understøtter følgende funktioner:

• Dekompression af input-BCL-data
• FASTQ-generering
• FASTQ-komprimering (ORA eller Gzip)
• Kortlægning/tilpasning (omfatter sortering)
• [Valgfri] BAM/CRAM-komprimering
• [FullPipeline] Detektion af genfusioner
• [FullPipeline] Fuld transskriptom-genekspression (kvantificering af transskripter)

Differentieret ekspression understøttes også valgfrit.

Følgende input er påkrævet:

• BCL-data genereret fra NovaSeq X Plus-instrumentet
• Prøveark

Følgende input er valgfrit:

• RnaGeneAnnotationFile

En RnaGeneAnnotationFile er pakket sammen med hver af disse Illumina-leverede, humane referencegenomer. Hvis en RnaGeneAnnotationFile leveres af kunden under kørselsopsætningen, bruges den i stedet for den fil, der er pakket med genomet. Hvis en RnaGeneAnnotationFilel ikke er tilgængelig med det Illumina-leverede genom eller direkte fra kunden, springes Gene Fusion og RNA-kvantificeringstrin over. Hvis Differentialeudtryk er aktiveret, skal der angives en RnaGeneAnnotationFile.

DRAGEN RNA genererer følgende outputfiler.

Komponent

Type

Outputfilens navn

Beskrivelse

Kortlægning/tilpasning

BAM eller CRAM
• <sample_name>.bam, eller
• <sample_name>.cram

Tilpasningsoutput, der opfylder SAM-specifikationerne.

Detektion af genfusioner

Almindelig tekst
• <sample_name>.fusion_candidates.preliminary
• <sample_name>.fusion_candidates.final
• Fusionskandidater før anvendelse af filtre.
• Fusionskandidater efter anvendelse af filtre.

Kvantificering af transskripter

Almindelig tekst
• <sample_name>.quant.genes.sf
• <sample_name>.quant.sf
• Resultater af kvantificering af transskripter på genniveau.
• Alle resultater af kvantificering af transskripter.

Målinger

JSON, CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv
• Resultater af kvantificering af transskripter på genniveau.
• Alle resultater af kvantificering af transskripter.

Differentieret ekspression

PNG

Se følgende tabel over outputfiler for differentieret ekspression.

For at generere outputfiler skal der konfigureres en sammenligning i prøvearket.

Der bliver genereret følgende filer, når differentieret ekspression er aktiveret.

Filnavn

Beskrivelse

Control_vs_Comparison.genes.counts.csv

Beskriver antallet af aflæsninger, der er knyttet til hvert gen for hver prøve i kontrol- og sammenligningsgrupperne.

Control_vs_Comparison.genes.res.csv

Indeholder DESeq2-resultater, som beskriver den gennemsnitlige ekspression, log2 (foldændring), standardfejl af log2 (foldændring), p-værdi, justeret p-værdi og ekspressionsstatus for hvert gen.

Control_vs_Comparison.genes.rlog.csv

Indeholder normaliserede log-transformerede tællinger, der er beregnet af DESeq2

Control_vs_Comparison.differential_expression_metrics.csv

Indeholder analysemålinger for differentieret ekspression.

Control_vs_Comparison.genes.heatmap.png

Plot, der viser et varmekort over ekspressionen af de differentielt udtrykte gener med justerede p-værdier < -0,05 for prøver i kontrol- og sammenligningsgrupperne. Kun de 30 mest differentielt udtrykte gener anvendes, hvis der er mere end 30 differentielt udtrykte gener. Denne fil er ikke tilgængelig, når DESeq2 ikke konvergerer, eller når der ikke er nogen differentielt udtrykte gener.

Control_vs_Comparison.genes.ma.png

Variation af genekspressionsforhold som en funktion af gennemsnitlig signalintensitet. Plottet viser forskellene mellem målinger taget i to prøver ved at omdanne dataene til M-skalaer (logforhold) og A-skalaer (gennemsnit) og derefter plotte disse værdier. MA-plottet viser de log2-foldændringer, der kan tilskrives en given variabel over gennemsnittet af normaliserede tællinger for alle prøverne. Hvis den justerede p‑værdi er under 0,1, er punkterne røde. Punkter, der falder uden for vinduet, plottes som åbne trekanter, der enten peger op eller ned.

Control_vs_Comparison.genes.pca.png

Diagram baseret på de første to hovedkomponenter, som forklarer den største varians.

DRAGEN BCL Convert-programmet understøtter følgende funktioner:

• Dekompression af input-BCL-data
• Demultipleksering af prøver
• Håndtering af UMI og adapter
• Indstillinger pr. prøve
• Generering af FASTQ-filer
• Komprimering af FASTQ-filer til ORA- eller Gzip-formater
• Generering af FASTQ-kvalitetskontrolmålinger (kun for de første 1.024 prøver)

Følgende input er påkrævet:

• BCL-data genereret fra NovaSeq X Plus-instrumentet
• RunInfo.xml
• Prøveark

DRAGEN BCL Convert genererer følgende output.

Komponent

Type

Outputfilens navn

BclConvert

FASTQ
• <Prøve_ID>_Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz
• m = overfladenummer
• n = banenummer
• p = aflæsningsnummer fra sættet {1, 2 }

DRAGEN BCL Convert-pipeline genererer en FASTQ-outputfil på baggrund af de BCL-data, der bliver genereret i forbindelse med sekventeringskørslen, og oplysningerne på prøvearket. FASTQ-filnavnet er <Sample_ID>_Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz.

Alle DRAGEN-pipelines genererer som standard følgende demultipleksering af filer. Aggregerede filer gemmes i Demux-mappen.

Komponent

Type

Outputfilens navn

Demultipleksering

CSV
• Demultiplex_Stats.csv

Rangliste over ukendte stregkoder

CSV
• Top_Unknown_Barcodes.csv

Ukorrekt indekstildeling

CSV
• Index_Hopping_Counts.csv

DRAGEN FastQC genererer som standard QC-diagrammer for alle pipelines. Aggregerede QC-resultater gemmes i AggregatedReports-mappen.

Målinger genereres kun, hvis antallet af prøver er mindre end eller lig med 1.024.