Konfiguration af sekundær analyse

NovaSeq X og NovaSeq X Plus Sequencing Systems gør det muligt at udføre flere DRAGEN-analyser i en enkelt sekvenseringskørsel. Før du konfigurerer en sekundær analyse, skal du sørge for, at du har installeret det relevante DRAGEN-program på instrumentet. For yderligere oplysninger om installation af DRAGEN-programmer henvises til Installer programmer.

Du kan oprette op til 12 kombinationer af analyseprogram og referencegenom med et yderligere BCL Convert-only-program. For hver kombination kan du bruge op til 32 konfigurationer ved hjælp af et andet biblioteksklargøringssæt, indeksadaptersæt eller konfigurationsindstillinger til en allerede anvendt kombination af analyseprogram og referencegenom. 

Følgende kombinationer er inkluderet i grænsen på 12 konfigurationer:

• Samme analyseprogram og programversion med et andet referencegenom
• Samme referencegenom med et andet program eller programversion
• Et andet program eller en anden programversion med et andet referencegenom

Konfigurer sekundær analyse på følgende måde.

1. Vælg et program, og angiv følgende konfigurationsindstillinger for din kørsel:
• [Valgfrit] Konfigurationsbeskrivelse
• Biblioteksklargøringssæt
• Indeksadaptersæt
• Referencegenom (gælder ikke for DRAGEN BCL Convert)

Når der vælges et Illumina biblioteksklargøringssæt, udfyldes adaptersekvenser for Aflæsning 1 og Aflæsning 2 automatisk og kan ikke ændres. Tilsidesættelsescyklusser udfyldes også automatisk.

2. Angiv yderligere analyseindstillinger efter behov. De tilgængelige eller påkrævede indstillinger varierer afhængigt af programmet, programversionen og de valgte konfigurationsindstillinger. For yderligere oplysninger om sekundær DRAGEN-analyse henvises til supportsiden til Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.
3. Brug en af følgende muligheder for at indtaste prøveoplysninger:
• For at importere prøveoplysninger skal du downloade CSV-skabelonen, tilføje dine prøveoplysninger og importere den redigerede CSV-fil.
• Indsæt prøve-id'er og enten brøndplaceringer på indekspladen eller i7- og i5-indekser direkte fra en ekstern fil. Før du indsætter, skal du tilføje yderligere prøverækker efter behov. Prøve-id'er kan indeholde op til 20 alfanumeriske tegn, bindestreger og understregningstegn.

Indeksplader med fast layout kræver indtastning af brøndplaceringer. Indekser uden fast layout kræver indtastning af i7- og i5-indekser. i5-indekser skal indtastes i fremadgående retning.

• Indtast prøve-id'er og tilsvarende brøndplaceringer eller indekser manuelt. Hvis du har valgt Not Specified (Ikke specificeret) for biblioteksklargøringssættet, skal du indtaste Indeks 2 (i5)-sekvenser i fremadgående retning.
4. Fuldfør kørselskonfigurationen.
• For at redigere kørselsoplysningerne senere skal du vælge Save as draft (Gem som kladde).
• Vælg Save as planned (Gem som planlagt) for at afslutte kørselsoplysningerne og gøre kørslen tilgængelig for sekvenseringen