Oversigt over sekvensering

I forbindelse med klyngegenerering bliver enkelte DNA-molekyler bundet til flowcellens Et objektglas med fysisk opdelte baner. Banerne er dækkede med oligoer, der er komplementære til biblioteksadaptersekvenserne, så biblioteket kan klæbe under en sekvenseringskørsel. overflade, hvor de samtidig bliver opformeret for at danne klynger.

Klynger bliver fotograferet ved hjælp af sekvenseringskemi baseret på to kanaler, en grøn kanal og en blå kanal, med henblik på at indkode dataene for de fire nukleotider. Når der er blevet taget et billede af ét felt på flowcellen, bliver det næste felt fotograferet. Processen gentages for hver sekvenseringscyklus (~ 5 minutter pr. cyklus).

Efter billedanalysen udfører Real‑Time Analysis (RTA4)-softwaren basebestemmelse Bestemmelse af en base (A, C, G eller T) for hver klynge i et felt ved en specifik cyklus., filtrering og bestemmelse af kvalitetsscore Beregner et sæt af kvalitetsprædiktorer for hver basebestemmelse. Disse prædiktorværdier bliver derefter anvendt til at finde Q-scoren.. Under kørslen overfører NovaSeq X Series Control Software automatisk basebestemmelsesfiler Indeholder basebestemmelsen og tilhørende kvalitetsscore for hver klynge i hver sekvenseringscyklus. (*.cbcl)  til den outputplacering, der er angivet for dataanalysen. For at se kvalitetsmålinger genereret af RTA4 i realtid, bruges NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV) eller BaseSpace Sequence Hub.

Når sekvenseringen er fuldført, begynder den sekundære analyse. Metoden til den sekundære dataanalyse afhænger af dit program og din systemkonfiguration.

BaseSpace Sequence Hub og Illumina Connected Analytics (ICA) er Illuminas skybaserede miljøer til dataanalyse, lagring og kørselsovervågning. Kørselsovervågning er kun synlig i BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub hoster DRAGEN og BaseSpace Sequence Hub-apps, som understøtter almindelige analysemetoder til sekvensering. Illumina Connected Analytics hoster DRAGEN for ICA-pipelines. Du kan bruge allerede oprettede ICA-pipelines eller oprette brugerdefinerede pipelines ved hjælp af dine sekvenserings- og analysedata.

Hvis du analyserer sekvenseringsdata i skyen, uploades CBCL-data automatisk til skyen og er tilgængelige i BaseSpace Sequence Hub og ICA. Analysen begynder automatisk, når dataoverførslen er færdig.

Hvis sekvenseringsdata analyseres lokalt, udføres DRAGEN sekundær analyse på instrumentet, og outputfilerne opbevares i den valgte outputmappe.

•

For yderligere oplysninger om BaseSpace Sequence Hub, henvises der til BaseSpace Sequence Hub-supportsiden.

•

For yderligere oplysninger om Illumina DRAGEN Bio‑IT Platform, henvises der til Illumina DRAGEN Bio‑IT Platform-supportsiden.

•

For yderligere oplysninger om Illumina Connected Analytics, henvises der til Illumina Connected Analytics-supportsiden.

•

For en oversigt over alle programmer, henvises der til BaseSpace Sequence Hub Programmer.