Oversigt over sekvensering

Under klyngegenerering bindes enkelte DNA-molekyler til overfladen af flowcellen Et objektglas med fysisk opdelte baner. Banerne er dækkede med oligoer, der er komplementære til biblioteksadaptersekvenserne, så biblioteket kan klæbe under en sekvenseringkørsel.og forstærkes samtidigt for at danne klynger.

Klynger bliver fotograferet ved hjælp af sekvenseringskemi baseret på to kanaler, en grøn kanal og en blå kanal, med henblik på at indkode dataene for de fire nukleotider. Når der er blevet taget et billede af ét felt på flowcellen, bliver det næste felt fotograferet. Processen gentages for hver sekvenseringscyklus (~ 5 minutter pr. cyklus).

Efter billedanalyse udfører Real-Time Analysis (RTA4) software basebestemmelse Bestemmelse af en base (A, C, G eller T) for hver klynge i en flise i en bestemt cyklus., filtrering og kvalitetsscoring Beregner et sæt kvalitetsforudsigelser for hver basebestemmelse og bruger derefter prædiktorværdien til at slå Q-scoren op. Efterhånden som kørslen skrider frem, overfører NovaSeq X Series kontrolsoftwaren automatisk basebestemmelsesfiler Indeholder basebestemmelsen og den tilhørende kvalitetsscore for hver klynge i hver sekvenseringscyklus. (*.CBCL) til den angivne outputplacering til dataanalyse. Du kan se kvalitetsmålinger, der er genereret af RTA4 i realtid, ved hjælp af NovaSeq X Series kontrolsoftwaren, Sekvenseringsanalysefremviser (SAV) eller BaseSpace Sequence Hub.

Når sekvenseringen er fuldført, begynder den sekundære analyse. Metoden til den sekundære dataanalyse afhænger af dit program og din systemkonfiguration.

BaseSpace Sequence Hub og Illumina Connected Analytics (ICA) er Illuminas sky-baserede miljøer til dataanalyse, lagring og kørselsovervågning. Kørselsovervågning er kun synlig i BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub hoster DRAGEN- og BaseSpace Sequence Hub-apps, der understøtter almindelige analysemetoder til sekvensering. Illumina Connected Analytics hoster DRAGEN for ICA-pipelines. Du kan bruge allerede oprettede ICA-pipelines eller oprette brugerdefinerede pipelines ved hjælp af dine sekvenserings- og analysedata.

Hvis du analyserer sekvenseringsdata i skyen, uploades CBCL-data automatisk til skyen og er tilgængelige i BaseSpace Sequence Hub og ICA. Analysen begynder automatisk, når dataoverførslen er færdig.

Hvis sekvenseringsdata analyseres lokalt, udføres den sekundære DRAGEN-analyse på instrumentet, og outputfilerne bliver gemt i den valgte outputmappe.

•

For yderligere oplysninger om BaseSpace Sequence Hub henvises til supportsiden for BaseSpace Sequence Hub.

•

For yderligere oplysninger om DRAGEN Bio-IT Platform henvises til supportsiden for Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.

•

For yderligere oplysninger om Illumina Connected Analytics henvises til supportsiden for Illumina Connected Analytics.

•

For en oversigt over alle programmer, se BaseSpace Sequence Hub-apps.