Sequenzierung – Überblick
Die folgenden Informationen enthalten weitere Einzelheiten zum MiSeq i100 Plus Sequenzierungsworkflow.
Clusterbildung
Die Bibliothek wird auf dem Gerät automatisch in Einzelstränge denaturiert. Während der Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden und dann amplifiziert, um Cluster zu bilden. Die Clusterbildung nimmt ca. zwei Stunden in Anspruch.
Sequenzierung
Die Clusterbildgebung erfolgt anhand von Zwei-Kanal-Chemie mit einem grünen und einem blauen Kanal zur Codierung der Daten für die vier Nukleotide. Die Fließzellensensoren, die aus Kacheln bestehen, werden
Primäranalyse
Nach der Bildanalyse führt die Real-Time Analysis-Software (RTA) das Base-Calling Bestimmung einer Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer Platte eines spezifischen Zyklus., das Filtern und die Qualitätsbewertung durch Berechnet für jeden Base-Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand des Prognosewerts den Q-Score.. Beim Durchführen des Laufs überträgt die MiSeq i100 Plus Control Software automatisch Base-Call-DateienEnthält die Base-Calls und die entsprechenden Qualitäts-Scores für alle Cluster. (
Nach Abschluss der Sequenzierung beginnt die Sekundäranalyse. Die Methode der sekundären Datenanalyse hängt von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration ab.
Sekundäranalyse
BaseSpace Sequence Hub und Illumina Connected Analytics (ICA) sind die Cloud-Computing-Umgebungen von Illumina für die Datenanalyse, Speicherung und Laufüberwachung. Die Laufüberwachung ist nur im BaseSpace Sequence Hub sichtbar. BaseSpace Sequence Hub hostet DRAGEN- und BaseSpace Sequence Hub-Apps für gängige Analysemethoden zur Sequenzierung.
Wenn Sequenzierungsdaten in der Cloud analysiert werden, werden CBCL-Daten automatisch in die Cloud hochgeladen und sind im BaseSpace Sequence Hub sowie in ICA verfügbar. Die Analyse beginnt automatisch, nachdem der Datenupload abgeschlossen ist.
Wenn Sequenzierungsdaten lokal analysiert werden, wird die DRAGEN-Sekundäranalyse am Gerät durchgeführt. Die Ausgabedateien können in einem gewählten Ausgabeordner gespeichert werden.
| • | Weitere Informationen zum BaseSpace Sequence Hub finden Sie auf der Support-Webseite des BaseSpace Sequence Hub. |
| • | Weitere Informationen über DRAGEN Secondary Analysis finden Sie auf der DRAGEN Bio-IT Platform Support-Webseite. |
| • | Weitere Informationen zu Illumina Connected Analytics finden Sie auf der Support-Webseite von Illumina Connected Analytics. |
| • | Eine Übersicht aller Anwendungen finden Sie unter BaseSpace Sequence Hub-Apps. |
