Funktionsweise der Sequenzierung

Bibliothek Eine DNA- oder RNA-Probe mit angelagerten Adaptern für die Sequenzierung. Es gibt unterschiedliche Vorbereitungsverfahren. wird automatisch in Einzelstränge denaturiert und im Gerät weiter verdünnt. Während der Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden und dann amplifiziert, um Cluster. Eine klonale Gruppe von DNA-Strängen auf einer Fließzelle, die einen Sequenzierungs-Read ergeben. zu bilden. Jeder DNA-Strang auf einer Fließzelle füllt eine Matrize, die amplifiziert wird, bis das Cluster aus Hunderten oder Tausenden Kopien besteht. Beispiel: Eine Fließzelle mit 10.000 Clustern erbringt 10.000 Single-Reads bzw. 20.000 Paired-End-Reads. Die Clusterbildung nimmt ca. vier Stunden in Anspruch.

Die Clusterbildgebung erfolgt anhand von Zwei-Kanal-Chemie (mit einem grünen und einem blauen Kanal) zur Codierung der Daten für die vier Nukleotide. Nachdem die Bildgebung für ein Teilsegment auf der Fließzelle abgeschlossen ist, erfolgt die Bildgebung für das nächste Teilsegment. Dieser Vorgang wird für jeden Sequenzierungszyklus wiederholt. Im Anschluss an die Bildanalyse führt die Real-Time Analysis-Software das Base-calling Bestimmen einer Basis (A, C, G oder T) für jeden Cluster in einer Platte in einem bestimmten Zyklus., die Filterung und Qualitätsbewertung durch. Berechnet für jeden Base-Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand des Prognosewerts den Q-Score.

Beim Durchführen des Laufs überträgt die Steuerungssoftware automatisch verkettete Base-Call-Dateien Enthält die Base-Calls und die entsprechenden Qualitäts-Scores für alle Cluster jedes Sequenzierungszyklus. (*.cbcl) zur Datenanalyse in den angegebenen Ausgabeordner. Während des Sequenzierungslaufs erfolgen im Rahmen der Real-Time Analysis-Software die Bildanalyse und das Base-Calling. Nach Abschluss der Sequenzierung beginnt die Sekundäranalyse. Die Methode der sekundären Datenanalyse hängt von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration ab.

Nach Abschluss der ersten Primäranalyse führt DRAGEN eine Sekundäranalyse mit einer der verfügbaren Analyse-Pipelines im ausgewählten Analysemodus durch.