Erwägungen zur Standard-SBS-Sequenzierung

Machen Sie sich vor dem Start des Protokolls mit den folgenden Informationen zur Verdünnung von Bibliotheken und der Laufkonfiguration vertraut. Das Erzielen einer optimalen Ladekonzentration ist entscheidend für die erfolgreiche Sequenzierung und Analyse. Die Angabe der korrekten Zyklenanzahl für einen Read trägt zu einer optimalen Datenausgabe bei.

Informationen zur Planung eines Laufs im BaseSpace Sequence Hub finden Sie unter BaseSpace Sequence Hub.

Informationen zum Ladevolumen und zur Ladekonzentration finden Sie im Generator für das Denaturierungs- und Verdünnungsprotokoll.

Anzahl der Zyklen in einem Read

Die Eingabe von mindestens 26 Zyklen und maximal 301 Zyklen pro Read hilft, die Datenqualität sicherzustellen. Die genaue Anzahl der Zyklen hängt von Ihrem Versuch ab. Die NextSeq 1000/2000 Control Software erfordert mindestens einen Zyklus für Read 1, zeigt jedoch eine Warnung an, wenn die Anzahl der Zyklen für Read 1 kleiner als 26 ist.

Die Gesamtzahl der Zyklen für Read 1, Index 1, Index 2 und Read 2 darf nicht größer sein als die Anzahl der vom Kit unterstützten Zyklen plus 38 Zyklen für Kits mit 100, 200 und 600 Zyklen sowie 27 Zyklen für P3-Kits mit 300 Zyklen. Die NextSeq 1000/2000 Control Software zeigt eine Warnung an, wenn für Index 1 und Index 2 weniger als sechs Zyklen angegeben wurden. Die Warnung wird nicht angezeigt, wenn für Index 1 oder Index 2 null Zyklen angegeben wurden.

Die minimale und maximale Zykluszahl beinhaltet einen zusätzlichen Zyklus. Fügen Sie immer einen Zyklus zur gewünschten Read-Länge hinzu, um die Auswirkungen von Phasierung und Vorphasierung zu korrigieren. Die Read-Länge ist die Anzahl der Sequenzierungs-Zyklen in Read 1 und Read 2. Nicht berücksichtigt sind zusätzliche Zyklen und Indexzyklen. Weitere Informationen finden Sie im Abschnitt „Korrektur der Phasierung“ unter Real-Time Analysis-Workflow.

Beispiel für eine Laufkonfiguration:

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Für eine Read-Länge von 35 (Single-Read) geben Sie 36 in das Feld „Read 1“ ein.

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Für eine Read-Länge von 150 pro Read (Paired-End) geben Sie 151 in das Feld „Read 1“ und 151 in das Feld „Read 2“ ein.

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Bei einer Read-Länge von 300 pro Read (Paired-End) geben Sie 301 in das Feld „Read 1“ und 301 in das Feld „Read 2“ ein.