Sequenzierungsüberblick

Während der Clusterbildung werden einzelne DNA-Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle Ein Glasträger mit physisch getrennten Lanes. Die Lanes sind mit zu den Bibliotheksadaptersequenzen komplementären Oligos beschichtet, was einen Sequenzierungslauf über die Bibliothek ermöglicht. gebunden und gleichzeitig amplifiziert, um Cluster zu bilden.

Die Clusterbildgebung erfolgt anhand von Zwei-Kanal-Chemie mit einem grünen und einem blauen Kanal zur Codierung der Daten für die vier Nukleotide. Nachdem die Bildgebung für ein Teilsegment auf der Fließzelle abgeschlossen ist, erfolgt die Bildgebung für das nächste Teilsegment. Dieser Vorgang wird für jeden Sequenzierungszyklus wiederholt (ca. fünf Minuten pro Zyklus).

Im Anschluss an die Bildanalyse führt die Real-Time Analysis (RTA4) Software das Base-Calling Bestimmung einer Base (A, C, G oder T) für jedes Cluster eines Teilsegments eines bestimmten Zyklus., das Filtern und die Qualitätsbewertung Berechnet für jeden Base-Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand des Prognosewerts den Q-Score. durch. Während der Durchführung des Laufs überträgt die NovaSeq X Series Control Software automatisch Base-Call-Dateien Enthält die Base-Calls und die entsprechenden Qualitäts-Scores für alle Cluster jedes Sequenzierungs-Zyklus. (*.CBCL) zwecks Datenanalyse an den angegebenen Ausgabespeicherort. Verwenden Sie NovaSeq X Series Control Software, Sequenzierungsanalyse‑Viewer (SAV), oder BaseSpace Sequence Hub, um die von RTA4 generierten Qualitätsmetriken in Echtzeit anzuzeigen.

Nach Abschluss der Sequenzierung beginnt die Sekundäranalyse. Die Methode der sekundären Datenanalyse hängt von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration ab.

BaseSpace Sequence Hub und Illumina Connected Analytics (ICA) sind die Cloud-Computing-Umgebungen von Illumina für die Datenanalyse, Speicherung und Laufüberwachung. Die Laufüberwachung ist nur im BaseSpace Sequence Hub sichtbar. BaseSpace Sequence Hub enthält DRAGEN und BaseSpace Sequence Hub Anwendungen, die gängige Analysemethoden für die Sequenzierung unterstützen. Illumina Connected Analytics enthält DRAGEN für ICA-Pipelines. Sie können vorgefertigte ICA-Pipelines verwenden oder anwendungsspezifische Pipelines mithilfe Ihrer Sequenzierungs- und Analysedaten erstellen.

Wenn Sequenzierungsdaten in der Cloud analysiert werden, werden CBCL-Daten automatisch in die Cloud hochgeladen und sind im BaseSpace Sequence Hub und in ICA verfügbar. Die Analyse beginnt automatisch, nachdem der Datenupload abgeschlossen ist.

Wenn Sequenzierungsdaten lokal analysiert werden, wird die DRAGEN-Sekundäranalyse am Gerät durchgeführt. Die Ausgabedateien können in einem gewählten Ausgabeordner gespeichert werden.

•

Weitere Informationen zu BaseSpace Sequence Hub finden Sie auf der BaseSpace Sequence Hub Support-Website.

•

Weitere Informationen zu Illumina DRAGEN Bio-IT Platform finden Sie auf der Illumina DRAGEN Bio-IT Platform Support-Website.

•

Weitere Informationen zu Illumina Connected Analytics finden Sie auf der Illumina Connected Analytics Support-Website.

•

Eine Übersicht aller Anwendungen finden Sie unter BaseSpace Sequence Hub Anwendungen.