Sequenzierung – Überblick

Während der Clusterbildung werden einzelne DNA Moleküle an der Oberfläche der Fließzelle gebunden Ein Glasträger mit physisch getrennten Lanes. Die Lanes sind mit zu den Bibliotheksadaptersequenzen komplementären Oligos beschichtet, was einen Sequenzierungslauf über die Bibliothek ermöglicht. gebunden und dann amplifiziert, um Cluster zu bilden.

Die Clusterbildgebung erfolgt anhand von Zwei-Kanal-Chemie mit einem grünen und einem blauen Kanal zur Codierung der Daten für die vier Nukleotide. Nachdem die Bildgebung für ein Teilsegment auf der Fließzelle abgeschlossen ist, erfolgt die Bildgebung für das nächste Teilsegment. Dieser Vorgang wird für jeden Sequenzierungszyklus wiederholt (ca. fünf Minuten pro Zyklus).

Nach der Bildanalyse führt die Real-Time Analysis-Software (RTA4) das Base-Calling Bestimmung einer Base (A, C, G oder T) für jeden Cluster einer Platte eines spezifischen Zyklus., das Filtern und die Qualitätsbewertung durch Berechnet für jeden Base-Call mehrere Fehlerwahrscheinlichkeiten und ermittelt anhand des Prognosewerts den Q-Score. Beim Durchführen des Laufs überträgt die NovaSeq X Series-Steuerungssoftware automatisch Base-Call-Dateien Enthält die Base-Calls und die entsprechenden Qualitäts-Scores für alle Cluster. (*.CBCL) zwecks Datenanalyse an den angegebenen Ausgabespeicherort. Sie können von RTA4 generierte Qualitätsmetriken über die NovaSeq X Series Control Software (NovaSeq X Series Steuerungssoftware), den Sequencing Analysis Viewer (SAV) oder den BaseSpace Sequence Hub in Echtzeit ansehen.

Nach Abschluss der Sequenzierung beginnt die Sekundäranalyse. Die Methode der sekundären Datenanalyse hängt von Ihrer Anwendung und der Systemkonfiguration ab.

BaseSpace Sequence Hub und Illumina Connected Analytics (ICA) sind die Cloud-Computing-Umgebungen von Illumina für die Datenanalyse, Speicherung und Laufüberwachung. Die Laufüberwachung ist nur im BaseSpace Sequence Hub sichtbar. BaseSpace Sequence Hub hostet DRAGEN- und BaseSpace Sequence Hub-Apps für gängige Analysemethoden zur Sequenzierung. Illumina Connected Analytics hostet DRAGEN für ICA-Pipelines. Sie können vorgefertigte ICA-Pipelines verwenden oder anwendungsspezifische Pipelines mithilfe Ihrer Sequenzierungs- und Analysedaten erstellen.

Wenn Sequenzierungsdaten in der Cloud analysiert werden, werden CBCL-Daten automatisch in die Cloud hochgeladen und sind im BaseSpace Sequence Hub sowie in ICA verfügbar. Die Analyse beginnt automatisch, nachdem der Datenupload abgeschlossen ist.

Wenn Sequenzierungsdaten lokal analysiert werden, wird die DRAGEN-Sekundäranalyse am Gerät durchgeführt. Die Ausgabedateien können in einem gewählten Ausgabeordner gespeichert werden.

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Weitere Informationen zum BaseSpace Sequence Hub finden Sie auf der Support-Website des BaseSpace Sequence Hub.

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Weitere Informationen zur Illumina DRAGEN Bio-IT Platform finden Sie auf der Illumina DRAGEN Bio-IT Platform-Support-Website.

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Weitere Informationen zu Illumina Connected Analytics finden Sie auf der Support-Website von Illumina Connected Analytics.

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Eine Übersicht aller Anwendungen finden Sie unter BaseSpace Sequence Hub-Anwendungen.