Descripción general de la secuenciación

La información siguiente incluye detalles adicionales sobre el flujo de trabajo de secuenciación de MiSeq i100 Plus.

Generación de grupos

La biblioteca se desnaturaliza de manera automática en cadenas individuales en el instrumento. Durante la generación de grupos, las moléculas únicas de ADN se unen a la superficie de la célula de flujo y se amplifican para formar grupos. La generación de grupos dura unas 2 horas.

Secuenciación

Se adquieren imágenes de los grupos con procesos químicos de dos canales, un canal verde y un canal azul, para codificar los datos para los cuatro nucleótidos. Las imágenes de los sensores de la célula de flujo, compuestos por placas, se obtienen a la vez. El proceso se repite para cada ciclo de secuenciación.

Análisis principal

Después del análisis de imágenes, el software Real-Time Analysis (RTA) ejecuta las llamadas de bases Determina una base (A, C, G o T) para cada grupo de una placa en un ciclo específico., el filtrado y la puntuación de calidad Calcula un conjunto de predictores de calidad para cada llamada de bases y, a continuación, utiliza los valores de los predictores para buscar la puntuación Q. A medida que el experimento avanza, MiSeq i100 Plus Control Software transfiere de forma automática archivos de llamadas de bases Contiene la llamada de bases y la puntuación de calidad asociada a cada grupo de cada uno de los ciclos de secuenciación. (CBCL) a la ubicación de salida especificada para el análisis de los datos. Para ver las métricas de calidad generadas por RTA en tiempo real, utilice MiSeq i100 Plus Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV) o BaseSpace Sequence Hub.

El análisis secundario comienza una vez finalizada la secuenciación. El método de análisis de datos secundario depende de la configuración del sistema y de la aplicación.

Análisis secundario

BaseSpace Sequence Hub e Illumina Connected Analytics (ICA) son los entornos informáticos basados en la nube de Illumina para el análisis de datos, el almacenamiento y la supervisión de experimentos. La supervisión de experimento solo es visible en BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub alberga DRAGEN y las aplicaciones de BaseSpace Sequence Hub, que admiten los métodos de análisis comunes para la secuenciación. Illumina Connected Analytics aloja DRAGEN para procesos de ICA. Puede utilizar procesos de ICA prediseñados o crear procesos personalizados utilizando sus datos de secuenciación y análisis.

Si se analizan datos de secuenciación en la nube, los datos CBCL se cargan automáticamente en la nube y estarán disponibles en BaseSpace Sequence Hub e ICA. El análisis comienza automáticamente una vez que se completa la carga de datos.

Si está realizando el análisis de los datos de secuenciación de forma local, el análisis secundario de DRAGEN se realiza en el instrumento y los archivos de resultados se almacenan en una carpeta de resultados seleccionada.

• Para obtener más información sobre BaseSpace Sequence Hub, consulte la página del sitio de asistencia de BaseSpace Sequence Hub.
• Para obtener más información sobre el análisis secundario de DRAGEN, consulte la página de asistencia de DRAGEN Bio-IT Platform.
• Para obtener más información sobre Illumina Connected Analytics, consulte la página de asistencia de Illumina Connected Analytics.
• Para ver una descripción general de todas las aplicaciones, consulte aplicaciones de BaseSpace Sequence Hub.