Descripción general de la secuenciación

La información siguiente incluye datos adicionales sobre el flujo de trabajo de secuenciación de Sistemas de secuenciación NovaSeq X y NovaSeq X Plus.

Durante la generación de grupos, las moléculas únicas de ADN se unen a la superficie de la celda de flujo Un portaobjetos de vidrio con carriles separados físicamente. Los carriles están recubiertos de oligonucleótidos complementarios a las secuencias del adaptador de la genoteca, lo que permite que la genoteca se adhiera para un experimento de secuenciación. y se amplifican simultáneamente para formar grupos.

Se adquieren imágenes de los grupos con procesos químicos de dos canales, un canal verde y un canal azul, para codificar los datos para los cuatro nucleótidos. Tras la adquisición de imágenes de una placa en la celda de flujo, se procede a la adquisición de imágenes de la placa siguiente. El proceso se repite para cada ciclo de secuenciación (5 minutos aproximadamente por ciclo).

Después del análisis de imágenes, el software Real-Time Analysis (RTA4) ejecuta las llamadas de bases Determina una base (A, C, G o T) para cada grupo de una placa determinada en un ciclo concreto., el filtrado y la puntuación de calidad Permite predecir la probabilidad de obtener una llamada de bases incorrecta. Una puntuación Q alta indica una llamada de bases fiable.. A medida que el experimento avanza, el NovaSeq X Series Control Software transfiere de forma automática archivos de llamadas de bases Contiene la llamada de bases y la puntuación de calidad asociada para cada grupo de cada ciclo de secuenciación. (*.CBCL) a la ubicación de salida especificada para el análisis de los datos. Para ver las métricas de calidad generadas por RTA4 en tiempo real, use el NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV) o BaseSpace Sequence Hub.

El análisis secundario comienza una vez finalizada la secuenciación. El método de análisis de datos secundario depende de la configuración del sistema y de la aplicación.

BaseSpace Sequence Hub y Illumina Connected Analytics (ICA) son los entornos informáticos basados en la nube de Illumina para el análisis de datos, el almacenamiento y la supervisión de experimentos. La supervisión de experimentos solo es visible en el BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub aloja las aplicaciones DRAGEN y BaseSpace Sequence Hub, que admiten métodos de análisis comunes para la secuenciación. Illumina Connected Analytics aloja DRAGEN para los procesos ICA. Puede utilizar procesos ICA prediseñados o crear procesos personalizados utilizando sus datos de secuenciación y análisis.

Si se analizan datos de secuenciación en la nube, los datos CBCL se cargan automáticamente en la nube y estarán disponibles en el BaseSpace Sequence Hub y ICA. El análisis comienza automáticamente una vez que se completa la carga de datos.

Si está realizando el análisis de los datos de secuenciación de forma local, el análisis secundario de DRAGEN se realiza en el instrumento y los archivos de resultados se almacenan en una carpeta de resultados seleccionada.

• Para obtener más información sobre BaseSpace Sequence Hub, consulte la página de asistencia de BaseSpace Sequence Hub.
• Para obtener más información sobre Plataforma DRAGEN Bio-IT de Illumina, consulte la página de asistencia de Plataforma DRAGEN Bio-IT de Illumina.
• Para obtener más información sobre Illumina Connected Analytics, consulte la página de asistencia de Illumina Connected Analytics.
• Para ver una descripción general de todas las aplicaciones, consulte Aplicaciones del BaseSpace Sequence Hub.