Descripción general de la secuenciación

La información siguiente incluye detalles adicionales sobre el flujo de trabajo de los sistemas de secuenciación NovaSeq X y NovaSeq X Plus.

Durante la generación de grupos, las moléculas únicas de ADN se unen a la superficie de la celda de flujo Un portaobjetos de vidrio con carriles separados físicamente. Los carriles están recubiertos de oligonucleótidos complementarios a las secuencias del adaptador de la biblioteca, lo que permite que la biblioteca se adhiera para un experimento de secuenciación, y se amplifican simultáneamente para formar grupos.

Se adquieren imágenes de los grupos con procesos químicos de dos canales, un canal verde y un canal azul, para codificar los datos para los cuatro nucleótidos. Tras la adquisición de imágenes de una placa en la celda de flujo, se procede a la adquisición de imágenes de la placa siguiente. El proceso se repite para cada ciclo de secuenciación (5 minutos aproximadamente por ciclo).

Después del análisis de imágenes, el software Real-Time Analysis (RTA4) ejecuta las llamadas de bases Determina una base (A, C, G o T) para cada grupo de una placa en un ciclo específico., el filtrado y la puntuación de calidad Calcula un conjunto de predictores de calidad para cada llamada de bases y, a continuación, utiliza los valores de los predictores para buscar la puntuación Q. A medida que el experimento avanza, NovaSeq X Series Control Software transfiere de forma automática archivos de llamadas de bases Contiene la llamada de bases y la puntuación de calidad asociada a cada grupo de cada uno de los ciclos de secuenciación. (*.CBCL) a la ubicación de salida especificada para el análisis de los datos. Para ver las métricas de calidad generadas por RTA4 en tiempo real, utilice NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV) o BaseSpace Sequence Hub.

El análisis secundario comienza una vez finalizada la secuenciación. El método de análisis de datos secundario depende de la configuración del sistema y de la aplicación.

BaseSpace Sequence Hub e Illumina Connected Analytics (ICA) son los entornos informáticos basados en la nube de Illumina para el análisis de datos, el almacenamiento y la supervisión de experimentos. La supervisión de experimento solo es visible en BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub alberga DRAGEN y las aplicaciones de BaseSpace Sequence Hub, que admiten los métodos de análisis comunes para la secuenciación. Illumina Connected Analytics aloja DRAGEN para procesos de ICA. Puede utilizar procesos de ICA prediseñados o crear procesos personalizados utilizando sus datos de secuenciación y análisis.

Si se analizan datos de secuenciación en la nube, los datos CBCL se cargan automáticamente en la nube y estarán disponibles en BaseSpace Sequence Hub e ICA. El análisis comienza automáticamente una vez que se completa la carga de datos.

Si está realizando el análisis de los datos de secuenciación de forma local, el análisis secundario de DRAGEN se realiza en el instrumento y los archivos de resultados se almacenan en una carpeta de resultados seleccionada.

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