Archivos de salida
Las imágenes se transmiten en la memoria a RTA2 como mosaicos, que son pequeñas áreas de imágenes en la celda de flujo definidas por una vista de cámara. La celda de flujo iSeq 100 celda de flujo iSeq 100 i1 tiene 16 mosaicos.
A partir de estas imágenes, RTA2 produce un conjunto de archivos de llamadas base con calificación de calidad y filtra archivos como salida principal. Otros archivos admiten la generación de la salida primaria.
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Tipo de archivo |
Descripción, ubicación y nombre del archivo |
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Archivos de llamada base |
Cada mosaico analizado se incluye en un archivo de llamada base, agregado en un archivo por ciclo. El archivo agregado contiene la llamada base y la puntuación de calidad asociado para cada clúster. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Ciclo].bcl.bgzf , donde [Ciclo] representa el número de ciclo en cuatro dígitos. Los archivos de llamada base se comprimen mediante compresión gzip de bloque. |
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Archivos de índice de llamadas base |
Un archivo de índice de llamadas base conserva la información del mosaico original. Para cada mosaico, el archivo de índice contiene el número de mosaico y el número de clústeres. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_1.bci |
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Archivo de ubicaciones de clúster |
Un archivo de ubicación de clúster (s.locs) contiene las coordenadas X,Y para cada clúster en la celda de flujo. Data\Intensities s.locs |
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Filtrar archivos |
Los archivos de filtro especifican si los clústeres pasan el filtro. Para cada mosaico se genera un archivo de filtro. Los archivos de filtro se generan en el ciclo 26 utilizando 25 ciclos de datos. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[lane].filter |
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Archivos InterOp |
Métricas en tiempo real de la calidad de la ejecución que se actualizan en el transcurso de la ejecución. Estos archivos binarios contienen métricas de mosaico, ciclo y nivel de lectura, y son necesarios para ver métricas en el Visor de análisis de secuenciación. carpeta InterOp |
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Archivo de configuración RTA |
Enumera los parámetros para la ejecución. Creado al comienzo de la ejecución, el archivo combina valores del archivo de configuración de entrada y valores que define RTA2. [Carpeta de raíz], RTAConfiguration.xml |
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Archivo de información de la ejecución* |
Enumera el nombre de la ejecución, la cantidad de ciclos por lectura, si la lectura es una lectura de índice y la cantidad de franjas y mosaicos. Se crea al comienzo de la ejecución. [Carpeta raíz], RunInfo.xml |
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Archivos en miniatura |
Imágenes en miniatura de mosaicos de celdas de flujo. Images\L001\C[X.1]: los archivos se almacenan en una carpeta para cada carril y en una subcarpeta para cada ciclo. s_[lane]_[tile].jpg: la imagen en miniatura incluye el número de mosaico. |
*Creado por el software de control. RTA2 crea todos los demás archivos enumerados en la tabla.
Local Run Manager y BaseSpace Sequence Hub convierten automáticamente los archivos de llamadas base en archivos FASTQ. Al secuenciar en modo Manual, utilice la última versión del software de conversión bcl2fastq2 para convertir archivos FASTQ. Descargue el software de las páginas de soporte del software de conversión bcl2fastq en el sitio web de Illumina.
Nombre y ruta de la carpeta de salida
Para cada ejecución, el software de control genera automáticamente una carpeta de salida y una carpeta de ejecución. Puede tener acceso a los datos de ejecución desde la carpeta de salida, que es una copia de la carpeta de ejecución. La carpeta de ejecución es para uso del sistema.
El usuario define la ruta a la carpeta de salida, pero la ubicación predeterminada es D:\. El software de control nombra la carpeta de salida con el siguiente formato.
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Formato |
Ejemplo |
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<YYYYMMDD>_<Instrument ID>_<Run Number>_<Flow Cell ID> |
20180331_FFSP247_4_BNS417-05-25-12 |
El número de ejecución aumenta en uno cada vez que el sistema realiza una ejecución. Los números de serie identifican el instrumento y la celda de flujo.
Estructura de carpeta de salida
Receta: archivo de receta específico de la ejecución.
Logs: archivos de registro que describen el análisis de instrumentos, los pasos operativos y otros eventos.
Config: ajustes de configuración para la ejecución.
RunParameters.xml
RunInfo.xml
CopyComplete.txt
RunCompletionStatus.txt
RTAComplete.txt
RTAConfiguration.xml
Data
Intensities
BaseCalls
L001
s.locs
InterOp
Images
SampleSheet.csv: hoja de muestra o manifiesto de muestra.
RTALogs: archivos de registro que describen eventos RTA2.
