Sekveneerimise ülevaade

Järgnev teave sisaldab lisadetaile seadme MiSeq i100 Plus sekveneerimise töövoo kohta.

Klastri genereerimine

Teek denatureeritakse automaatselt üksikuteks ahelateks seadmel. Klastri moodustamise ajal seotakse üksikud DNA-molekulid läbivooluküveti pinnaga ja neid võimendatakse klastrite moodustamiseks. Klastri moodustamine võtab aega ~2 tundi.

Sekveneerimine

Klastreid kujutatakse kahel kanalil põhineva keemiaga – ühe rohelise kanali ja ühe sinise kanaliga, et kodeerida nelja nukleotiidi andmeid. Läbivooluküveti andurid, mis koosnevad paanidest, kujutatakse korraga. Protsessi korratakse iga sekveneerimistsükli jaoks.

Esmane analüüs

Pildianalüüsi järel teeb tarkvara Real-Time Analysis (RTA) aluse nimetamiseAluste määramine (A, C, G või T) antud paani iga klastri jaoks kindlas tsüklis., filtreerimise ja kvaliteedi hindamiseArvutab iga aluse nimetuse kvaliteediennustajate komplekti ja seejärel kasutab Q-skoori otsimiseks ennustaja väärtust. Käivituse edenedes edastab MiSeq i100 Plus Control Software automaatselt baaskõne failid sisaldab iga järjestustsükli iga klastri baasnimetust ja sellega seotud kvaliteediskoori. (CBCL) andmeanalüüsiks määratud väljundasukohta. Saate vaadata RTA loodud kvaliteedimõõdikuid reaalajas, kasutades MiSeq i100 Plus Control Software , Sequencing Analysis Viewer (SAV) või BaseSpace Sequence Hub-i.

Sekundaarne analüüs algab pärast sekveneerimise lõpetamist. Sekundaarse andmeanalüüsi meetod oleneb teie rakenduse ja süsteemi konfiguratsioonist.

Sekundaarne analüüs

BaseSpace Sequence Hub ja Illumina Connected Analytics (ICA) on Illumina pilvandmetöötluskeskkonnad andmeanalüüsiks, salvestamiseks ja käivituse jälgimiseks. Käivituse jälgimine on nähtav ainult rakenduses BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub hostib rakendust DRAGEN ja BaseSpace Sequence Hub, mis toetavad sekveneerimiseks levinud analüüsimeetodeid. Illumina Connected Analytics hostib DRAGEN-i ICA konveieri jaoks. Saate kasutada eelnevalt ehitatud ICA konveiereid või luua kohandatud konveiereid, kasutades sekveneerimis- ja analüüsiandmeid.

Kui analüüsite pilves sekveneerimisandmeid, laetakse CBCL-i andmed automaatselt pilve üles ja need on saadaval BaseSpace Sequence Hub-is ja ICA-s. Analüüs algab automaatselt pärast andmete üleslaadimise lõppu.

Kui analüüsite andmeid lokaalselt, algab DRAGEN-i sekundaaranalüüs automaatselt ja väljundfailid salvestatakse valitud väljundkausta.

• Lisateavet BaseSpace Sequence Hub-i kohta leiate BaseSpace Sequence Hub-i klienditoe veebilehelt.
• Lisateabe saamiseks DRAGEN-i kohta vaadake DRAGEN Bio-IT Platform klienditoe lehte.
• Lisateavet Illumina Connected Analyticsi kohta leiate Illumina Connected Analyticsi klienditoe veebilehelt.
• Kõigi rakenduste ülevaadet vt jaotisest BaseSpace Sequence Hub Apps.