Luo suunniteltu ajo

Voit suunnitella uuden sekvensointiajon käyttämällä laitteen tai pilven ajosuunnittelukäyttöliittymää. Vaihtoehtoisesti voit tuoda näytearkin v2-tiedoston suunnitellun ajon luomiseksi.

Käytä tarvittaessa yhtä seuraavista vaihtoehdoista näytearkin luomiseen:

• Navigoi etäohjausohjelmistoon. Valitse ajon nimi ja valitse sitten Export sample sheet (Vie näytearkki). Tallenna näytearkki valitsemalla Export (Vie).
• Suunnittele sekvensointiajo BaseSpace Sequence Hub Run Planning -palvelussa ja käytä paikallista tallennustilaa. Vie näytearkki ajon suunnittelun jälkeen.
• Käytä valmiin sekvensointiajon tuloskansiossa olevaa näytearkkia.

Suunnittele ajo laitteessa siirtymällä Planned (Suunnitellut) -välilehteen Runs (Ajot) -näytössä. Käytä ajon suunnitteluvaihtoehtoa kohdassa BaseSpace Sequence Hub. Anna tarvittavat tiedot käyttöliittymän mukaisesti.

Ajoasetus

Tiedot

Ajon nimi

Yksilöllinen nimi ajon tunnistamiseksi.

Run description (Ajon kuvaus)

Ajon kuvaus.

Laitealusta

Sekvensointijärjestelmä (NovaSeq X Series).

Toissijainen analyysi

Ilmaisee toissijaisen analyysin sijainnin. Analysoi sekvensointitiedot pilvessä kohteen BaseSpace Sequence Hub avulla tai laitteessa.

FASTQ-muoto

Käytettävissä ovat seuraavat tuotosmuodot:

• gzip
• DRAGEN

Koskee vain ajoja, joissa käytetään paikallista toissijaista analyysia.

Jaksojen määrä kussakin readissa

Syötä arvot readille 1, indeksille 1, indeksille 2 ja readille 2. Lisätietoja on kohdassa Syklien määrä.

Pelkän PhiX-ajon tapauksessa syötä molempiin indeksikenttiin 0.

Kirjastoputken tunnus

Tunnus sijaitsee kirjastoputkirivin merkinnässä. Tätä asetusta voidaan kutsua myös näytesäiliön tunnukseksi.

Lisätietoja toissijaisen analyysin määrittämisestä on kohdassa Toissijaisen analyysin määrittäminen.

1. Siirry Runs (Ajot) -näytön Planned (Suunniteltu) -välilehteen.
2. Valitse Import sample sheet (Tuo näytearkki) ja avaa sitten näytearkki v2 -tiedosto.

Lisätietoja näytearkin muotoilusta ja vaatimuksista on Näytearkin v2 -resurssien tukisivulla.

3. Kun näytearkki on vahvistettu, valitse Next (Seuraava) tarkastellaksesi tuodun ajon tietoja.

Tuodut ajotiedot ovat muokattavissa tarkastuksen aikana.

4. [Valinnainen] Suorita jokin seuraavista toimenpiteistä:
• Voit muokata ajoasetuksia tai määritysasetuksia valitsemalla ajon tai määrityksen vierestä Edit (Muokkaa).
• Jos haluat poistaa määrityksen, valitse Delete (Poista) määrityksen vierestä ja valitse sitten Yes, delete (Kyllä, poista).
• Jos haluat lisätä ajoon toisen analyysimäärityksen, valitse Add another configuration (Lisää toinen määritys).
5. Voit tallentaa ajon valitsemalla toisen seuraavista vaihtoehdoista.
• Jos haluat muokata ajotietoja myöhemmin, valitse Save as draft (Tallenna luonnoksena).
• Viimeistele ajon tiedot ja sekvensoinnin suunnittelu valitsemalla Save as planned (Tallenna suunniteltuna).