Sekvensoinnin yleiskatsaus

Seuraavat tiedot sisältävät lisätietoja NovaSeq X‑ ja NovaSeq X Plus ‑sekvensointijärjestelmien työnkulusta.

Klusterin luomisen aikana yksittäiset DNA-molekyylit ovat sitoutuneena virtauskyvetin Näytelasi, jossa on fyysisesti erilliset kaistat. Kaistat on päällystetty oligoilla, jotka ovat komplementaarisia kirjaston adapterisekvensseille, mikä mahdollistaa kirjaston kiinnittymisen sekvensointiajoa varten. pintaan ja samanaikaisesti niitä monistetaan klustereiden muodostamista varten.

Klusterit kuvataan kaksikanavaisella kemialla, yhdellä vihreällä kanavalla ja yhdellä sinisellä kanavalla neljän nukleotidin tietojen koodausta varten. Kun yksi virtauskyvetin ruutu on kuvattu, siirrytään kuvaamaan seuraava ruutu. Prosessi toistetaan jokaiselle sekvensointijaksolle (~ 5 minuuttia jaksoa kohti).

Kuvien analysoinnin jälkeen Real-Time Analysis (RTA4) ‑ohjelmisto suorittaa emästen tunnistamisen Emäksen määrittäminen (A, C, G tai T) ruudun jokaiseen klusteriin tietyssä jaksossa., suodatuksen ja laatupisteytyksen Laskee jokaiselle emäksen tunnistamiselle laatuennustejoukon ja etsii sitten Q-pistemäärän ennustearvon avulla.. Ajon etenemisen aikana NovaSeq X Series Control Software ‑ohjelmisto siirtää automaattisesti emäksen tunnistamisen Sisältää emäksen tunnistuksen ja siihen liittyvän laatupisteytyksen jokaiselle jokaisen sekvensointijakson klusterille. tiedostot (*.CBCL) määritettyyn tietoanalyysin tuotoskansioon. Voit tarkastella laatumittareita, jotka RTA4-ohjelmisto on luonut reaaliaikaisesti, käyttämällä NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV) tai BaseSpace Sequence Hub -ohjelmistoa.

Toissijainen analyysi alkaa, kun sekvensointi on päättynyt. Toissijaisen data-analyysin menetelmä määräytyy sovelluksen ja järjestelmän kokoonpanon mukaan.

BaseSpace Sequence Hub ja Illumina Connected Analytics (ICA) ovat tietojen analyysiin, tallentamiseen ja ajon valvontaan käytettäviä Illumina-pilvipalveluympäristöjä. Ajon valvonta näkyy vain BaseSpace Sequence Hubissa. BaseSpace Sequence Hub isännöi DRAGEN- ja BaseSpace Sequence Hub ‑sovelluksia, jotka tukevat sekvensoinnin yleisiä analyysimenetelmiä. Illumina Connected Analytics ‑ohjelmisto isännöi DRAGEN-ohjelmistoa ICA-jaksoja varten. Voit käyttää valmiiksi rakennettuja ICA-jaksoja tai luoda mukautettuja jaksoja sekvensointi- ja analyysitietojen avulla.

Jos analysoit sekvensointitietoja pilvessä, CBCL-tiedot ladataan automaattisesti pilveen, ja ne ovat käytettävissä BaseSpace Sequence Hubissa ja ICA:ssa. Analyysi alkaa automaattisesti, kun tietojen lataus on valmis.

Jos sekvensointitietoja analysoidaan paikallisesti, toissijainen DRAGEN-analyysi suoritetaan laitteessa, ja tuotostiedostot voidaan tallentaa valittuun tuotoskansioon.

• Lisätietoja BaseSpace Sequence Hub -palvelusta on BaseSpace Sequence Hub ‑tukisivulla.
• Lisätietoja Illumina DRAGEN Bio-IT Platform -palvelusta on Illumina DRAGEN Bio-IT Platform ‑tukisivulla.
• Lisätietoja Illumina Connected Analytics -palvelusta on Illumina Connected Analytics ‑tukisivulla.
• Yleiskatsaus kaikista sovelluksista on kohdassa BaseSpace Sequence Hub ‑sovellukset.