Sekvensoinnin yleiskatsaus

Klusterin luomisen aikana yksittäiset DNA- molekyylit sitoutuvat virtauskyvetin A näytelasin pintaan jossa on fyysisesti erilliset kaistat. Kaistat on päällystetty oligoilla, jotka ovat komplementaarisia kirjaston adapterisekvensseille, mikä mahdollistaa kirjaston kiinnittymisen sekvensointiajoa varten. ja samanaikaisesti niitä monistetaan klustereiden muodostamista varten.

Klusterit kuvataan kaksikanavaisella kemialla, yhdellä vihreällä kanavalla ja yhdellä sinisellä kanavalla neljän nukleotidin tietojen koodausta varten. Kun yksi virtauskyvetin ruutu on kuvattu, siirrytään kuvaamaan seuraava ruutu. Prosessi toistetaan jokaiselle sekvensointijaksolle (~ 5 minuuttia jaksoa kohti).

Kuva-analyysin jälkeen Real-Time Analysis (RTA4) -ohjelmisto suorittaa emäksen tunnistaminen Määrittää emäksen (A, C, G tai T) tietyn ruudun jokaiseen klusteriin tietyssä jaksossa., suodattaa ja laatupisteyttää Laskee jokaiselle emäksen tunnistamiselle laatuennustejoukon ja etsii sitten Q-pisteet ennustearvon avulla. Ajon edetessä NovaSeq X Series ohjausohjelmisto siirtää automaattisesti emästen tunnistustiedostot Sisältää emäksen tunnistamisen ja siihen liittyvän laatupisteytyksen jokaiselle jokaisen sekvensointijakson klusterille. (*.CBCL) automaattisesti nimettyyn tuotossijaintiin tietojen analysointia varten. Tarkastele RTA4:n tuottamia laatumittareita reaaliaikaisesti NovaSeq X -sarjan ohjausohjelmistolla, Sequencing Analysis Viewerillä (SAV) tai BaseSpace Sequence Hubilla.

Toissijainen analyysi alkaa, kun sekvensointi on päättynyt. Toissijaisen data-analyysin menetelmä määräytyy sovelluksen ja järjestelmän kokoonpanon mukaan.

BaseSpace Sequence Hub ja Illumina Connected Analytics (ICA) ovat Illuminan tietojen analyysiin, tallentamiseen ja ajon valvontaan käytettäviä pilvipalveluympäristöjä. Ajon valvonta näkyy vain BaseSpace Sequence Hubissa. BaseSpace Sequence Hub isännöi DRAGEN- ja BaseSpace Sequence Hub -sovelluksia, jotka tukevat sekvensoinnin yleisiä analysointimenetelmiä. Illumina Connected Analytics isännöi DRAGENia ICA-jaksoja varten. Voit käyttää valmiiksi rakennettuja ICA-jaksoja tai luoda mukautettuja jaksoja sekvensointi- ja analyysitietojen avulla.

Jos analysoit sekvensointitietoja pilvessä, CBCL-tiedot ladataan automaattisesti pilveen, ja ne ovat käytettävissä BaseSpace Sequence Hub- ja ICA-ohjelmistoissa. Analyysi alkaa automaattisesti, kun tietojen lataus on valmis.

Jos sekvensointitietoja analysoidaan paikallisesti, toissijainen DRAGEN-analyysi suoritetaan laitteessa ja tuotostiedostot voidaan tallentaa valittuun tuotoskansioon.

•

Lisätietoja BaseSpace Sequence Hubista on BaseSpace Sequence Hubin tukisivuston sivulla.

•

Lisätietoja Illumina DRAGEN Bio-IT Platform -alustasta on Illumina DRAGEN Bio-IT Platform -tukisivulla.

•

Lisätietoja Illumina Connected Analyticsista on Illumina Connected Analytics -tukisivustolla.

•

Yleiskatsaus kaikista sovelluksista on kohdassa BaseSpace Sequence Hub -sovellukset.