Présentation du séquençage

Les informations suivantes comprennent des détails supplémentaires sur le flux de travail de séquençage MiSeq i100 Plus.

Génération d’amplifiats

La bibliothèque est automatiquement dénaturée en brins simples et diluée dans l’instrument. Durant la génération d’amplifiats, les molécules d’ADN uniques sont ensuite liées à la surface de la Flow Cell, puis amplifiées de façon à former des amplifiats. La génération d’amplifiat prend environ 2 heures.

Séquençage

L’imagerie des amplifiats est réalisée par chimie de séquençage à deux canaux, un canal vert et un canal bleu, pour coder les données des quatre nucléotides. Les capteurs de Flow Cell, composés de tuiles, sont représentés à un moment donné. Ce processus se répète pour chaque cycle de séquençage.

Analyse primaire

Après l’analyse d’images, le logiciel Real-Time Analysis (RTA) effectue une définition des bases Détermination d’une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat dans une plaque d’un cycle spécifique, filtrage et notation de la qualité Calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases, puis utilise cette valeur pour rechercher un score de qualité. À mesure que la série progresse, le logiciel de commande MiSeq i100 Plus Control Software transfère automatiquement les fichiers de définition des bases Contient la définition de base et le score de qualité associé pour chaque amplifiat de chaque cycle de séquençage. (CBCL) vers l’emplacement de sortie spécifié pour l’analyse des données. Pour consulter les indicateurs de qualité générés par RTA en temps réel, utilisez le logiciel de commande MiSeq i100 Plus Control Software, le Sequencing Analysis Viewer (SAV) ou le BaseSpace Sequence Hub.

L’analyse secondaire commence une fois le séquençage terminé. La méthode d’analyse des données secondaires dépend de la configuration de votre application et de votre système.

Analyse secondaire

BaseSpace Sequence Hub et Illumina Connected Analytics (ICA) sont les environnements de cloud computing d’Illumina pour l’analyse des données, le stockage et la surveillance des séries. La surveillance des séries n’est visible que dans BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub héberge les applications DRAGEN et BaseSpace Sequence Hub, qui prennent en charge les méthodes d’analyse courantes pour le séquençage. Illumina Connected Analytics héberge DRAGEN pour les pipelines ICA. Vous pouvez utiliser des pipelines ICA prédéfinis ou créer des pipelines personnalisés à l’aide de vos données de séquençage et d’analyse.

Si vous analysez des données de séquençage dans le cloud, les données CBCL sont automatiquement téléchargées dans le cloud et sont disponibles dans BaseSpace Sequence Hub et ICA. L’analyse commence automatiquement une fois le téléchargement des données terminé.

Si vous analysez les données de séquençage localement, l’analyse secondaire DRAGEN est effectuée sur l’instrument et les fichiers de sortie sont stockés dans un dossier de sortie sélectionné.

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Pour en savoir plus sur BaseSpace Sequence Hub, reportez-vous à la page d’assistance BaseSpace Sequence Hub.

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Pour en savoir plus sur l’analyse secondaire DRAGEN, reportez-vous à la Page d’assistance DRAGEN Bio-IT Platform.

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Pour en savoir plus sur Illumina Connected Analytics, reportez-vous à la page d’assistance d’Illumina Connected Analytics.

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Pour obtenir une vue d’ensemble de toutes les applications, consultez BaseSpace Sequence Hub Apps.