Séquençage du cycle obscur
Cette section décrit comment utiliser le séquençage de cycles obscurs dans
Consultez la page NextSeq 1000/2000 Sequencing System sur le site d’assistance Illumina pour voir si une formule personnalisée est disponible pour votre trousse de réactifs. Il existe différentes formules personnalisées entre XLEAP-SBS et SBS standard. Si une formule n’est pas disponible, contactez le support technique d’Illumina.
Le séquençage de cycles obscurs est uniquement utilisé pour compléter les étapes chimiques d’un cycle de séquençage. Consultez la page Produits compatibles pour votre trousse de préparation de bibliothèques sur le site d’assistance d’Illumina pour vérifier si le séquençage du cycle obscur est requis.
Pour le logiciel de contrôle NextSeq 1000/2000 v1.3 et les versions ultérieures, avec Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus et Illumina Stranded mRNA Prep, le logiciel sélectionne la formule de cycle obscur appropriée si la préparation de bibliothèques est spécifiée dans la fiche d’échantillons.
Suivez les étapes suivantes pour le séquençage de cycles obscurs.
Modifier le fichier de formule
| 1. | Téléchargez le fichier XML de formule personnalisée sur la page NextSeq 1000/2000 Sequencing System sur le site d’assistance Illumina. |
| 2. | Modifiez le fichier de formule XML. |
| a. | Identifiez la section sur le protocole approprié en fonction de votre lecture et de la configuration du séquençage indexé. Il existe six différents protocoles par formule personnalisée pouvant être modifiés. |
Par exemple, le protocole pour une seule lecture 1 sans configuration de séquençage indexé est <Protocol Name="1 Read 0 Index" ProtocolType="1Read0Index" >.
| b. | Avant <ReadRef ReadName="Read 1"/> and <ReadRef ReadName="Read 2"/>, saisissez l’étape suivante du cycle sombre sur une nouvelle ligne. |
<DarkCycle ChemistryName="Dark Cycle Before First Base" />.
| c. | Saisissez l’étape de cycle obscur sur une nouvelle ligne pour chaque cycle obscur requis. |
| 3. | Enregistrez le fichier XML de la formule. |
Vous trouverez ci-dessous un exemple de formule avec l’étape de cycle obscur :
<Protocol Name="1 Read 0 Index" ProtocolType="1Read0Index" >
<ChemistryRef ChemistryName="Start" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<ChemistryRef ChemistryName="BIX Mixing" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<ChemistryRef ChemistryName="ExAmp Transfer" />
<ChemistryRef ChemistryName="ExAmp Mixing" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<Obdd ChemistryName="Library Denaturation and Dilution" />
<ChemistryRef ChemistryName="Prime Cartridge" />
<Obcg ChemistryName="Cluster Generation" />
<ChemistryRef ChemistryName="SBS Prime" />
<ChemistryRef ChemistryName="Read Prep" />
<DarkCycle ChemistryName="Dark Cycle Before First Base" />
<ReadRef ReadName="Read 1" />
<SetThermalZoneTemp Enable="false" Zone="FlowCellHeater" />
</Protocol>
<Protocol Name="1 Read 1 Index" ProtocolType="1Read1Index" >
<ChemistryRef ChemistryName="Start" />
<ChemistryRef ChemistryName="2min 60C Vacuum Hold" />
...
Joindre la formule à la série
| 1. | Dans Run Setup (Configuration de la série) dans le logiciel de contrôle, sélectionnez Choose (Choisir) sous Custom Recipe (Formule personnalisée). |
| 2. | Accédez au fichier XML de formule mis à jour. |
| 3. | Sélectionnez Open (Ouvrir). |
| 4. | Retournez vers la section Lancement d’une série de séquençage SBS standard. |
