Fonctionnement du séquençage

Bibliothèque Échantillon d’ADN ou d’ARN auquel sont attachés des adaptateurs pour le séquençage. Les méthodes de préparation varient. La bibliothèque est automatiquement dénaturée en brins simples et diluée dans l’instrument. Durant la génération d’amplifiats, les molécules d’ADN uniques sont ensuite liées à la surface de la flow cell, puis amplifiées de façon à former des amplifiats Un groupe clonal de brins d’ADN sur une flow cell qui produit une lecture de séquençage. Chaque brin d’ADN sur une flow cell engendre une matrice qui est amplifiée jusqu’à ce que l’amplifiat se compose de centaines ou de milliers de copies. Par exemple, une flow cell avec 10 000 amplifiats produit 10 000 lectures simples ou 20 000 lectures appariées. La génération d’amplifiat prend environ 4 heures.

L’imagerie des amplifiats est réalisée par chimie de séquençage à deux canaux (un canal vert et un canal bleu) pour coder les données des quatre nucléotides. Après l’imagerie d’une plaque sur la Flow Cell, la plaque suivante est imagée. Ce processus se répète pour chaque cycle de séquençage. Après l’analyse d’image, le logiciel Real-Time Analysis effectue une définition de base Détermination d’une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une mosaïque à un cycle spécifique, filtrage et notation de la qualité. Calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases, puis utilise cette valeur pour rechercher un score de qualité.

Au fur et à mesure que la série progresse, le logiciel de contrôle transfère automatiquement les fichiers de définition des bases concaténés Contient la définition de base et le score de qualité associé pour chaque amplifiat de chaque cycle de séquençage. (*.cbcl) vers le dossier de sortie spécifié pour l’analyse des données. Pendant la série de séquençage, le logiciel Real-Time Analysis effectue l’analyse des images et la définition des bases. Lorsque le séquençage est terminé, l’analyse secondaire commence. La méthode d’analyse des données secondaires dépend de la configuration de votre application et de votre système.

Une fois l’analyse primaire initiale terminée, DRAGEN effectue une analyse secondaire en utilisant l’un des pipelines d’analyse disponibles dans le mode analyse sélectionné.