Flux de travail de Real-Time Analysis
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Enregistrement |
Enregistre l’emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell structurée. |
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Extraction des intensités |
Détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat. |
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Correction de la mise en phase |
Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase. |
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Définition des bases |
Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat. |
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Notation de la qualité |
Attribue un score de qualité à chaque définition des bases. |
Scores de qualité
Un score de qualité, ou Q-score, est une prévision de la probabilité d’une définition des bases erronée. Un score de qualité plus élevé suppose qu’une définition des bases est de plus haute qualité et plus susceptible d’être correcte. Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de définition des bases (*cbcl).
Le score de qualité communique de manière concise les probabilités de petites erreurs. Les scores de qualités sont représentés sous la forme Q(X), où X est le score. Le tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la probabilité d’une erreur.
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Score de qualité Q(X) |
Probabilité d’une erreur |
|---|---|
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Q40 |
0,0001 (1 sur 10 000) |
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Q30 |
0,001 (1 sur 1 000) |
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Q20 |
0,01 (1 sur 100) |
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Q10 |
0,1 (1 sur 10) |
Scores de qualité et rapports
La notation de la qualité calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un tableau de qualité. Les tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité calibrés pour des séries générées par une configuration spécifique de plateforme de séquençage et de version de chimie.
La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred.
Afin de générer le tableau de qualité pour le NextSeq 1000/2000 Sequencing System, trois groupes de définitions des bases ont été déterminés, selon la génération d’amplifiats de ces fonctions prédictives spécifiques. À la suite du regroupement de ces définitions de bases, le taux d’erreur moyen est calculé empiriquement pour chacun des trois groupes et les scores Q correspondants sont enregistrés dans le tableau de qualité avec les fonctions prédictives corrélant avec ce groupe. En tant que tels, seuls trois scores de qualité sont possibles avec RTA et ces scores de qualité représentent le taux d’erreurs moyen du groupe. Pour résumer, ces résultats de processus sont simplifiés, mais très justes en tant que score de qualité. La RFID sur la cartouche détermine la version de RTA utilisée.
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Tableau Q |
Groupes de définitions de base |
Scores spécifiques attribués |
Version RTA utilisée |
|---|---|---|---|
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Cartouches XLEAP-SBS (50, 100, 200, 300 et 600 cycles) |
marginale (≤ Q17), moyenne (Q18-29) et de haute qualité (≥ Q30) |
12, 24 et 40 respectivement |
RTA4 |
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Cartouches SBS standard (50, 100, 200 et 300 cycles) |
marginale (≤ Q17), moyenne (Q18-29) et de haute qualité (≥ Q30) |
12, 26 et 34 respectivement |
RTA3 |
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Cartouches SBS standard (600 cycles) |
marginale (≤ Q17), moyenne (Q18-29) et de haute qualité (≥ Q30) |
9, 20 et 34 respectivement |
RTA3 |
De plus, un score nul de 0 est assigné à tous les « no-call » (non définis). Ce modèle de rapport sur les scores de qualité réduit les besoins d’espace de stockage et de bande passante sans nuire à la précision ni à la performance.
