Fichiers de sortie de séquençage

Type de fichiers	Description, emplacement et nom des fichiers
Fichiers de définition des bases concaténées	Chaque amplifiat analysé est compris dans un fichier de définition des bases concaténé, rassemblé dans un fichier pour chaque cycle, chaque ligne et chaque surface. Le fichier rassemblé contient la définition des bases concaténées ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat. Les fichiers de définition des bases concaténées sont utilisés par BaseSpace Sequence Hub ou bcl2fastq2. Data/Intensities/BaseCalls/L001/C1.1 L[lane]_[surface].cbcl, par exemple L001_1.cbcl
Fichiers d’emplacement des amplifiats	Pour chaque Flow Cell, un fichier d’emplacement des amplifiats binaire comprend les coordonnées XY des amplifiats sur la plaque. Une disposition en losange ou hexagonale, qui concorde avec l’emplacement des nanopuits de la Flow Cell, prédéfinit les coordonnées. Data/Intensities s_[lane].locs
Fichiers de filtrage	Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres. Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données. Un fichier de filtrage est généré pour chaque plaque. Data/Intensities/BaseCalls/L001 s_[lane]_[tile].filter
Fichiers InterOp	Les fichiers de rapports binaires peuvent être consultés sur l’instrument avec le logiciel de contrôle de l’instrument ou hors instrument dans SAV ou BaseSpace Sequence Hub. Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l’analyse. Dossier InterOp
Fichier de renseignements sur l’analyse	Indique le nom de la série, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture d’index et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur la série est créé au début de la série. [Root folder], RunInfo.xml

Fichiers de définition des bases concaténées

Chaque amplifiat analysé est compris dans un fichier de définition des bases concaténé, rassemblé dans un fichier pour chaque cycle, chaque ligne et chaque surface. Le fichier rassemblé contient la définition des bases concaténées ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat. Les fichiers de définition des bases concaténées sont utilisés par BaseSpace Sequence Hub ou bcl2fastq2.

Data/Intensities/BaseCalls/L001/C1.1

L[lane]_[surface].cbcl, par exemple L001_1.cbcl

Fichiers d’emplacement des amplifiats

Pour chaque Flow Cell, un fichier d’emplacement des amplifiats binaire comprend les coordonnées XY des amplifiats sur la plaque. Une disposition en losange ou hexagonale, qui concorde avec l’emplacement des nanopuits de la Flow Cell, prédéfinit les coordonnées.

Data/Intensities

s_[lane].locs

Fichiers de filtrage

Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres. Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données. Un fichier de filtrage est généré pour chaque plaque.

Data/Intensities/BaseCalls/L001

s_[lane]_[tile].filter

Fichiers InterOp

Les fichiers de rapports binaires peuvent être consultés sur l’instrument avec le logiciel de contrôle de l’instrument ou hors instrument dans SAV ou BaseSpace Sequence Hub. Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l’analyse.

Dossier InterOp

Fichier de renseignements sur l’analyse

Indique le nom de la série, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture d’index et le nombre de témoins et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur la série est créé au début de la série.

[Root folder], RunInfo.xml