Fichiers de sortie de l’analyse secondaire DRAGEN

Cette section fournit des informations sur chaque application DRAGEN, y compris des informations sur les fichiers de sortie. En plus de générer des fichiers spécifiques à chaque application, DRAGEN fournit les indicateurs de l’analyse dans un fichier <sample_name>.metrics.json et les rapports décrits dans la section Rapports d’analyse secondaire NovaSeq X Plus. Pour en savoir plus sur DRAGEN, consultez la section page d’assistance de la plateforme Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.

Tous les pipelines DRAGEN prennent en charge la décompression des BCL d’entrée et la compression des fichiers BAM/CRAM de sortie. Les fichiers BAM ne sont pas téléchargés sur la plateforme Illumina DRAGEN Bio-IT Platform si l’option Proactive, Run Monitoring and Storage (Surveillance proactive, exécution et stockage) est sélectionnée.

L’application DRAGEN Methylation prend en charge les fonctionnalités suivantes :

• Décompression des données BCL d’entrée
• Conversion FASTQ
• Compression FASTQ aux formats ORA ou Gzip
• Cartographie et alignement (y compris le tri et le marquage des doublons)
• Compression BAM/CRAM (facultatif)
• Génération de mesures et de rapports

Les entrées suivantes sont requises :

• Données BCL générées à partir de l’instrument NovaSeq X Plus
• Feuille d’échantillons

Ce flux de travail nécessite un génome de référence spécifique à la méthylation (p. ex. Homo sapiens [1 000 génomes] hg38 Alt Masked v2 Méthylation).

DRAGEN Methylation génère les fichiers de sortie suivants.

Composant

Type

Nom du fichier de sortie

Cartographie/alignement

BAM ou CRAM
• <sample_name>.bam, ou
• <sample_name>.cram

Génération du rapport

 

GZ
• <sample_name>.CX_report.txt.gz

TXT
• <sample_name>.M-bias.txt

Génération de mesures

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

L’application DRAGEN Somatic prend en charge les fonctionnalités suivantes :

• Décompression des données BCL d’entrée
• Conversion FASTQ
• Compression FASTQ aux formats ORA ou Gzip
• Cartographie et alignement (y compris le tri et le marquage des doublons)
• Compression BAM/CRAM (facultatif)
• Définition de variant
• Marquage germinal

Lorsque le paramètre VariantCallingMode est utilisé, le pipeline prend en charge les algorithmes pour les variants suivants :

• None (Aucun)
• Définitions de petits variants
• Toutes les définitions de variants :
– Petit
– Structurel
– Copiez les variants du nombre de copies (pour les génomes humains de référence sur l’instrument)

Les entrées suivantes sont requises :

• Données BCL générées à partir de l’instrument NovaSeq X Plus
• Feuille d’échantillons

Les entrées suivantes sont facultatives :

• AuxBaselineNoiseFile
• AuxSvBaselineNoiseFile
• AuxCnvPopBAlleleVcfFile
• AuxGermlineTaggingFile

DRAGEN Somatic génère les fichiers de sortie suivants.

Composant

Type

Nom du fichier de sortie

Exigences de sortie

Cartographie/alignement

BAM ou CRAM
• <sample_name>.bam, ou
• <sample_name>.cram

S.O.

Définition de petits variants

VCF et gVCF
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz
• Si VariantCallingMode n’est pas égal à aucun

Définition de variants structurels

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz
• Généré uniquement pour les lectures par paires
• Si le mode AllVariantCallers est sélectionné

Variants du nombre de copies

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz
• Génomes humains uniquement
• Si le mode AllVariantCallers est sélectionné et qu’un fichier AuxCnvPopBAlleleVcfFile est fourni

Génération de mesures

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

S.O.

L’application DRAGEN Enrichment prend en charge les fonctionnalités suivantes :

• Décompression des données BCL d’entrée
• Conversion FASTQ
• Compression FASTQ aux formats ORA ou Gzip
• Cartographie et alignement (y compris le tri et le marquage des doublons)
• Compression BAM/CRAM (facultatif)
• Définition de variant

Lorsque le paramètre VariantCallingMode est utilisé, le pipeline prend en charge les algorithmes pour les variants suivants :

• None (Aucun)
• Définitions de petits variants
• Toutes les définitions de variants :
– Petit
– Structurel
– Copiez les variants du nombre de copies (pour les génomes humains de référence sur l’instrument)

Les entrées suivantes sont requises :

• Données BCL générées à partir de l’instrument NovaSeq X Plus
• Feuille d’échantillons
• BedFile (si le mode de définition de variant n’est pas égal à aucun)
• GermlineOrSomatic

Les entrées suivantes sont facultatives :

• AuxBaselineNoiseFile
• AuxCnvPanelOfNormalsFile (si le mode de définition de variant est égal à AllVariantCallers)

DRAGEN prend en charge les options pour améliorer les performances en mode somatique avec l’entrée d’un fichier de référence de bruit. Un fichier Panel of Normals est requis pour CNV.

DRAGEN Enrichment génère les fichiers de sortie suivants.

Composant

Type

Nom du fichier de sortie

Cartographie/alignement

BAM ou CRAM
• <sample_name>.bam, ou
• <sample_name>.cram

Définition de petits variants

VCF et gVCF*
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz

Définition de variants structurels

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz

Variants du nombre de copies

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz

Génération de mesures

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

* Les fichiers de sortie gVCF ne sont disponibles que pour le mode germinal.

L’application DRAGEN Germline prend en charge les fonctionnalités suivantes :

• Décompression des données BCL d’entrée
• Conversion FASTQ
• Compression FASTQ aux formats ORA ou Gzip
• Cartographie et alignement (y compris le tri et le marquage des doublons)
• Compression BAM/CRAM (facultatif)
• Définition de variant

Le pipeline prend en charge les algorithmes pour les variants suivants :

• None (Aucun)
• Définitions de petits variants
• Toutes les définitions de variants :
– Petit
– Structurel
– Copiez les variants du nombre de copies (pour les génomes humains de référence sur l’instrument)
– Répéter l’expansion (pour les génomes humains de référence sur l’instrument)
– Régions d’homozygotie (pour les génomes humains de référence intégrés à l’instrument)
– détection du CYP2D6

Les entrées suivantes sont requises :

• Données BCL générées à partir de l’instrument NovaSeq X Plus
• Feuille d’échantillons

DRAGEN Germline génère les fichiers de sortie suivants.

Composant

Type

Nom du fichier de sortie

Exigences de sortie

Cartographie/alignement

BAM ou CRAM
• <sample_name>.bam, ou
• <sample_name>.cram

S.O.

Définition de petits variants

VCF et gVCF
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz

S.O.

Définition de variants structurels

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz

Généré uniquement pour les lectures par paires

Variants du nombre de copies

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz

Génomes humains uniquement

Répétition de l’expansion

VCF
• <sample_name>.repeats.vcf.gz

Génomes humains uniquement

Régions d’homozygotie

CSV et BED
• <sample_name>.roh_metrics.csv
• <sample_name>.roh.bed

Génomes humains uniquement

détection du CYP2D6

TSV
• <sample_name>.cyp2d6.tsv

Génomes humains uniquement

Génération de mesures

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

S.O.

L’application DRAGEN ARN prend en charge les fonctionnalités suivantes :

• Décompression des données BCL d’entrée
• Génération des fichiers FASTQ
• Compression FASTQ (ORA ou Gzip)
• Carte/alignement (comprend le tri)
• [Facultatif] Compression BAM/CRAM
• [FullPipeline] Détection de fusion de gènes
• [FullPipeline] Expression du gène du transcriptome entier (quantification des transcriptions)

L’expression différentielle est également prise en charge de manière facultative.

Les entrées suivantes sont requises :

• Données BCL générées à partir de l’instrument NovaSeq X Plus
• Feuille d’échantillons

L’entrée suivante est facultative :

• RnaGeneAnnotationFile

Un fichier RnaGeneAnnotationFile est emballé avec chaque génome de référence humain fourni par Illumina. Si un fichier RnaGeneAnnotationFile est fourni par le client lors de la configuration de la série, il est utilisé à la place du fichier emballé avec le génome. Si un fichier RnaGeneAnnotationFile n’est pas disponible avec le génome fourni par Illumina ou directement par le client, les étapes de quantification de fusion de gènes et d’ARN sont ignorées. Si l’expression différentielle est activée, un fichier RnaGeneAnnotationFile doit être fourni.

DRAGEN ARN génère les fichiers de sortie suivants.

Composant

Type

Nom du fichier de sortie

Description

Cartographie/alignement

BAM ou CRAM
• <sample_name>.bam, ou
• <sample_name>.cram

Sortie d’alignement conforme aux spécifications de SAM.

Détection de la fusion de gènes

Texte clair
• <sample_name>.fusion_candidates.preliminary
• <sample_name>.fusion_candidates.final
• Candidats à la fusion avant l’application des filtres.
• Candidats à la fusion après application des filtres.

Quantification des transcriptions

Texte clair
• <sample_name>.quant.genes.sf
• <sample_name>.quant.sf
• Résultats de la quantification des transcriptions au niveau des gènes.
• Tous les résultats de la quantification des transcriptions.

Indicateurs

JSON, CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv
• Résultats de la quantification des transcriptions au niveau des gènes.
• Tous les résultats de la quantification des transcriptions.

Expression différentielle

PNG

Se repoter au tableau suivant des fichiers de sortie des expressions différentielles.

Pour générer des fichiers de sortie, une comparaison doit être mise en place dans la feuille échantillon.

Les fichiers suivants sont émis lorsque l’expression différentielle est activée.

Nom du fichier

Description

Control_vs_Comparison.genes.counts.csv

Décrit le nombre de lectures cartographiées à chaque gène pour chaque échantillon dans les groupes de contrôle et de comparaison.

Control_vs_Comparison.genes.res.csv

Contient les résultats de DESeq2, qui décrivent l’expression moyenne, le log2 (variations), l’erreur standard du log2 (variations), la valeur p, la valeur p ajustée et le statut d’expression de chaque gène.

Control_vs_Comparison.genes.rlog.csv

Contient les comptes log-transformés régularisés calculés par DESeq2

Control_vs_Comparison.differential_expression_metrics.csv

Contient des mesures d’analyse d’expression différentielle.

Control_vs_Comparison.genes.heatmap.png

Tracé montrant une carte thermique de l’expression des gènes exprimés de façon différentielle avec des valeurs p ajustées < ‑0,05 pour les échantillons du groupe témoin et du groupe de comparaison. Seuls les 30 premiers gènes exprimés de façon différentielle sont utilisés s’il y a plus de 30 gènes exprimés de façon différentielle. Ce fichier n’est pas disponible lorsque DESeq2 ne converge pas ou lorsqu’il n’y a pas de gènes exprimés de manière différentielle.

Control_vs_Comparison.genes.ma.png

Variation des ratios d’expression des gènes en fonction de l’intensité moyenne du signal. Le tracé montre les différences entre les mesures prises dans deux échantillons, en transformant les données sur des échelles M (rapport logarithmique) et A (moyenne), puis trace les valeurs. Le graphique MA montre les variations log2 attribuables à une variable donnée par rapport à la moyenne des comptes normalisés pour tous les échantillons. Les points sont colorés en rouge si la valeur p ajustée est inférieure à 0,1. Les points qui sortent du champ sont représentés par des triangles pointant vers le haut ou vers le bas.

Control_vs_Comparison.genes.pca.png

Le tracé est basé sur les deux premières composantes principales qui expliquent le plus de variance.

L’application DRAGEN BCL Convert prend en charge les fonctionnalités suivantes :

• Décompression des données BCL d’entrée
• Démultiplexage des échantillons
• Manipulation de l’UMI et de l’adaptateur
• Paramètres par échantillon
• Génération de fichiers FASTQ
• Compression des fichiers FASTQ aux formats ORA ou Gzip
• Génération des mesures de QC FASTQ (uniquement pour les 1 024 premiers échantillons)

Les entrées suivantes sont requises :

• Données BCL générées à partir de l’instrument NovaSeq X Plus
• RunInfo.xml
• Feuille d’échantillons

DRAGEN BCL Convert génère les sorties suivantes.

Composant

Type

Nom du fichier de sortie

BclConvert

FASTQ
• <Sample_ID>_Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz
• m = numéro de surface
• n = numéro de ligne
• p = numéro de lecture de l’ensemble { 1, 2 }

Le pipeline DRAGEN BCL Convert utilise les données BCL générées par votre série de séquençage et les informations de la fiche d’échantillon pour produire un fichier FASTQ. Le nom du fichier FASTQ est <Sample_ID>_Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz.

Tous les pipelines DRAGEN génèrent les fichiers de démultiplexage suivants par défaut. Les fichiers agrégés sont stockés dans le dossier Demux.

Composant

Type

Nom du fichier de sortie

Démultiplexage

CSV
• Demultiplex_Stats.csv

Principaux codes-barres inconnus

CSV
• Top_Unknown_Barcodes.csv

Saut d’index

CSV
• Index_Hopping_Counts.csv

Pour tous les pipelines, DRAGEN FastQC génère des tracés QC par défaut. Les résultats QC agrégés sont stockés dans le dossier AggregatedReports.

Les mesures ne sont générées que si le nombre d’échantillons est inférieur ou égal à 1 024.