Configurer l’analyse secondaire

Les systèmes de séquençage NovaSeq X et NovaSeq X Plus vous permettent d’effectuer plusieurs analyses DRAGEN au cours d’une seule série de séquençage. Avant de configurer l’analyse secondaire, assurez-vous d’avoir installé l’application DRAGEN appropriée sur l’instrument. Pour en savoir plus sur l’installation des applications DRAGEN, consultez la section Install Applications.

Vous pouvez créer jusqu’à 12 combinaisons d’application d’analyse et de génome de référence avec une application BCL Convert-only supplémentaire. Pour chaque combinaison, vous pouvez utiliser jusqu’à 32 configurations en utilisant une trousse de préparation de bibliothèque, une trousse d’adaptateur d’index ou des paramètres de configuration différents pour une application d’analyse et une combinaison de génome de référence déjà utilisées. 

Les combinaisons suivantes sont incluses dans la limite des 12 configurations :

•

La même application d’analyse et la même version d’application avec un génome de référence différent

•

Le même génome de référence avec une application ou une version d’application différente

•

Une application ou une version d’application différente avec un génome de référence différent

Configurez l’analyse secondaire comme suit.

1.

Sélectionnez une application et fournissez les paramètres de configuration suivants pour votre série :

•

[Facultatif] Description de la configuration

•

Library prep kit (Trousse de préparation de la bibliothèque)

•

Index adapter kit (Trousse d’adaptateurs d’index)

•

Génome de référence (non applicable pour DRAGEN BCL Convert)

Lorsqu’un kit de préparation de bibliothèque Illumina est sélectionné, les séquences d’adaptateur pour les lectures 1 et 2 se remplissent automatiquement et ne peuvent pas être modifiées. Les cycles d’annulation se remplissent également automatiquement.

2.

Fournissez des paramètres d’analyse supplémentaires si nécessaire. Les paramètres disponibles ou requis varient en fonction de l’application, de sa version et des paramètres de configuration sélectionnés. Pour en savoir plus sur DRAGEN, consultez la section page d’assistance de la plateforme Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.

3.

Pour saisir des informations concernant des échantillons, utilisez l’une des options suivantes :

•

Pour importer des informations concernant des échantillons, téléchargez le modèle CSV, ajoutez les données de vos échantillons et importez le fichier CSV modifié.

•

Collez les ID d’échantillon et les positions de puits de plaque d’index ou les index i7 et i5 directement à partir d’un fichier externe. Avant de coller, ajoutez des lignes supplémentaires pour les échantillons si nécessaire. Les ID d’échantillon peuvent contenir jusqu’à 20 caractères alphanumériques, traits d’union et traits de soulignement.

•

Saisissez manuellement les ID des échantillons et les positions des puits ou les index. Si Not Specified (Non spécifié) est sélectionné pour la trousse de préparation de la bibliothèque, saisissez les séquences Index 2 (i5) dans l’orientation avant.

4.

Terminez la configuration de la série.

•

Pour modifier les détails de la série ultérieurement, sélectionnez Save as draft (Enregistrer comme brouillon).

•

Sélectionnez Save as planned (Enregistrer comme planifié) pour finaliser les détails de la série et la rendre disponible pour le séquençage.