Présentation du séquençage

Durant la génération d’amplifiats, les molécules d’ADN uniques sont ensuite liées à la surface de la Flow Cell Lame de verre avec des lignes physiquement séparées. Les lignes sont recouvertes d’oligos complémentaires aux séquences d’adaptateur de bibliothèque, permettant à la bibliothèque d’adhérer pour une série de séquençage., puis amplifiées simultanément de façon à former des amplifiats.

L’imagerie des amplifiats est réalisée par chimie de séquençage à deux canaux, un canal vert et un canal bleu, pour coder les données des quatre nucléotides. Après l’imagerie d’une plaque sur la Flow Cell, la plaque suivante est imagée. Le processus est répété pour chaque cycle de séquençage (environ 5 minutes par cycle).

Après l’analyse d’image, le logiciel Real‑Time Analysis (RTA4) effectue les appels de base Détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une plaque donnée d’un cycle spécifique., le filtrage et le scorage de qualité Calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque définition des bases, puis utilise cette valeur pour rechercher un score de qualité.. Au fur et à mesure que la série progresse, le NovaSeq X Series Control Software transfère automatiquement les fichiers d’appel de base Contient la définition de base et le score de qualité associé pour chaque amplifiat de chaque cycle de séquençage. (*.CBCL) vers l’emplacement de sortie spécifié pour l’analyse des données. Pour consulter les indicateurs de qualité générés par RTA4 en temps réel, utiliser NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV), ou BaseSpace Sequence Hub.

L’analyse secondaire commence une fois le séquençage terminé. La méthode d’analyse des données secondaires dépend de la configuration de votre application et de votre système.

BaseSpace Sequence Hub et Illumina Connected Analytics (ICA) sont les environnements Illumina informatiques en cloud pour l’analyse des données, le stockage et la surveillance des séries. La surveillance des séries n’est visible que dans BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub héberge les applications DRAGEN et BaseSpace Sequence Hub, qui prennent en charge les méthodes d’analyse courantes pour le séquençage. Illumina Connected Analytics héberge le DRAGEN pour les pipelines ICA. Vous pouvez utiliser des pipelines ICA prédéfinis ou créer des pipelines personnalisés à l’aide de vos données de séquençage et d’analyse.

Si vous analysez des données de séquençage dans le cloud, les données CBCL sont automatiquement téléchargées dans le cloud et sont disponibles dans BaseSpace Sequence Hub et ICA. L’analyse commence automatiquement une fois le téléchargement des données terminé.

Si vous analysez les données de séquençage localement, l’analyse secondaire DRAGEN est effectuée sur l’instrument et les fichiers de sortie sont stockés dans un dossier de sortie sélectionné.

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