כיצד פועל הריצוף

ספרייהדגימת DNA או RNA הכוללת מתאמים מוצמדת לצורך ריצוף. שיטות ההכנה משתנות. עוברת דנטורציה לגדילים יחידים באופן אוטומטי ודילול נוסף כשהיא במכשיר. במהלך יצירת אשכולות, מולקולות DNA יחידות נקשרות לפני השטח של תא הזרימה ומוגברות כדי ליצור אשכולות קבוצה משובטת של גדילי DNA בתא זרימה שיוצרים קריאת ריצוף אחת. כל גדיל DNA בתא זרימה שותל תבנית אשר מוגברת עד שהאשכול מורכב ממאות או אלפי עותקים. לדוגמה, תא זרימה עם 10,000 אשכולות יוצר 10,000 קריאות בודדות או 20,000 קריאות עם קצוות זוגיים.. יצירת אשכולות נמשכת כ-4 שעות.

הדמיה של האשכולות נוצרת באמצעות כימיה של שני ערוצים (ערוץ אחד ירוק וערוץ אחד כחול), כדי לקודד נתונים עבור ארבעת הנוקלאוטידים. אחרי שבוצעה הדמיה של אריח אחד בתא הזרימה, מתבצעת הדמיה של האריח הבא. תהליך זה חוזר על עצמו עבור כל מחזור ריצוף. לאחר ניתוח תמונה, תוכנת Real-Time Analysis מבצעת קישור בין בסיסים לקביעת בסיס (A, C, G או T) עבור כל אשכול באריח במחזור מסוים., סינון וציון איכות. מחשב קבוצה של מנבאי איכות עבור כל קישור בין בסיסים, ולאחר מכן משתמש בערך המנבא כדי לחפש את ציון ה-Q.

ככל שההפעלה מתקדמת, תוכנת הבקרה מעבירה באופן אוטומטי קובצי הקישורים בין הבסיסים מכילים את קישור בין הבסיסים ואת ציון האיכות המשויך עבור כל אשכול של כל מחזור ריצוף. (*.cbcl) אל תיקיית הקלט שהוגדרה לניתוח נתונים. במהלך הפעלת הריצוף, תוכנת Real-Time Analysis  מבצעת פעולות ניתוח תמונה וקישור בין בסיסים. לאחר השלמת הריצוף מתחיל ניתוח משני. שיטת ניתוח הנתונים המשני תלויה ביישום ובתצורת המערכת שלך.

אחרי שניתוח הריצוף הראשוני מסתיים, DRAGEN מבצע ניתוח משני באמצעות אחד מצינורות הניתוח הזמינים.