שיקולי ריצוף ל-SBS סטנדרטי

לפני שתתחיל בפרוטוקול, עיין במידע הבא כדי להתכונן לדילול ספריות ולהגדרת ההפעלה. השגת ריכוז הטעינה האופטימלי היא חיונית להצלחת הריצוף והניתוח. הזנת מספר המחזורים הנכון בקריאה עוזרת להבטיח פלט נתונים אופטימלי.

לקבלת מידע על BaseSpace Sequence Hub, ראה את BaseSpace Sequence Hub.

לקבלת מידע על נפח ההעמסה והריכוז, עיין במחולל פרוטוקול דנטורציה ודילול.

מספר מחזורים בקריאה

עבור כל קריאה, הזנת לפחות 26 מחזורים ומקסימום 301 מחזורים מסייעת להבטיח איכות של הנתונים. מספר המחזורים המדויק תלוי בניסוי. תוכנת הבקרה NextSeq 1000/2000 דורשת לפחות מחזור אחד עבור Read 1 (קריאה 1), אולם מציגה אזהרה כאשר מספר המחזורים ב-Read 1 (קריאה 1) נמוך מ-26.

מספר המחזורים הכולל עבור Read 1 (קריאה 1), Index 1 (אינדקס 1), Index 2 (אינדקס 2) ו-Read 2 (קריאה 2) לא יכול להיות גדול יותר ממספר המחזורים שבהם תומכת הערכה ועוד 38 מחזורים עבור ערכות של 100 מחזורים, 200 מחזורים ו-600 מחזורים ו-27 מחזורים עבור ערכות P3 של 300 מחזורים. תוכנת הבקרה NextSeq 1000/2000 מציגה אזהרה כשיש פחות מ-6 מחזורים ב-Index 1 (אינדקס 1) וב-Index 2 (אינדקס 2). האזהרה לא תוצג אם יש 0 מחזורים ב-Index 1 (אינדקס 1) או ב-Index 2 (אינדקס 2).

מספרי המינימום והמקסימום של המחזור כוללים מחזור נוסף. תמיד הוסף מחזור אחד לאורך הקריאה הרצוי כדי לתקן את ההשפעות של פאזה וקדם-פאזה. אורך קריאה הוא מספר מחזורי הריצוף ב-Read 1 (קריאה 1) ו-Read 2 (קריאה 2), לא כולל מחזורים נוספים ומחזורי אינדקס. לקבלת מידע נוסף עיין ב-ראה Phasing Correction (תיקון פאזה) תחת Real-Time Analysis Workflow∘(זרימת עבודה של ניתוח בזמן אמת).

הגדרת הפעלה לדוגמה:

•

עבור אורך קריאה של 35 (קריאה יחידה), הזן 36 בשדה Read 1 (קריאה 1).

•

עבור אורך קריאה של 150 לקריאה (קצה משויך), הזן 151 בשדה Read 1 (קריאה 1) ו-151 בשדה Read 2 (קריאה 2).

•

עבור אורך קריאה של 300 לקריאה (קצה משויך), הזן 301 בשדה Read 1 (קריאה 1) ו-301 בשדה Read 2 (קריאה 2).