פריימרים מותאמים אישית
כדי להשתמש בפריימרים מותאמים אישית עבור הפעלה נדרשים השלבים הנוספים הבאים במהלך הגדרת ההפעלה:
• | הכן והוסף את הנפח המתאים של כל פריימר מותאם אישית למיקומי הפריימר המותאמים אישית של מחסנית הריאגנט. |
• | במהלך סקירת ההפעלה, הגדר את ההפעלה לשימוש עם פריימר מותאם אישית. |
– | עבור תוכנת בקרה מסדרת NovaSeq X בגרסה 1.2 או מוקדמת יותר, הורד את קובץ ה-XML המתאים של מתכון הפריימר המותאם אישית מדף סדרת NovaSeq X באתר התמיכה של Illumina. העלה את מתכון הפריימר המותאם אישית במהלך סקירת ההפעלה. |
– | עבור תוכנת הבקרה מסדרת NovaSeq X בגרסה 1.3 ואילך, בחר את תיבות הסימון הרלוונטיות של הפריימר המותאם אישית. העלאת מתכון מותאם אישית משביתה את תיבות הסימון של הפריימר המותאם אישית. |
כל השלבים האחרים פועלים בהתאם לזרימת העבודה הסטנדרטית. עיין Protocol להוראות פרוטוקול ריצוף.
כאשר נעשה שימוש בפריימרים מותאמים אישית לקריאה 1 או לקריאה 2, התוכנה מכוונת את המכשיר למשיכה מפתחים CP1 ו-CP2. לכן, בהפעלת הריצוף לא נעשה שימוש בפריימרים של Illumina. פריימרים של Illumina מתייחסים לפריימרים שכבר נמצאים במחסנית הריאגנט.
אם לא נעשה שימוש בפריימרים של Illumina לקריאה 1 או לקריאה 2, בקרת PhiX האופציונלית של Illumina אינה עוברת ריצוף. כדי להשתמש בבקרת PhiX עם פריימרים מותאמים אישית, פנה לתמיכה הטכנית של Illumina לקבלת הנחיות.
מכיוון ש-PhiX אינו באינדקס, נתוני ריצוף מפקד PhiX אינם נוצרים עבור קריאות אינדקס ללא קשר באיזה פריימר אינדקס נעשה שימוש.