Upravljanje obradom

Prikazi kartici Planned (Planirano) pokreću se planirano lokalno ili u oblaku. Obrade možete planirati lokalno na instrumentu MiSeq i100 Plus putem programa Illumina Run Manager. Za planiranje obrada u oblaku upotrijebite sustav BaseSpace Sequence Hub.

Možete urediti ili izbrisati lokalno planirane cikluse na kartici Planned (Planirano). Da biste uredili planirani ciklus, odaberite ciklus na kartici Planned (Planirano). Da biste izbrisali planirani ciklus, odaberite ikonu elipse u stupcu Actions (Radnje).

U sažetku su prikazane sljedeće informacije:

•

Status (Status) – status obrade sekvenciranjem. Planirane obrade mogu postojati u jednom od sljedećih statusa:

–

Planned (Planirano) – pokretanje je dostupno za odabir sekvenciranja.

–

Draft (Nact) – obrada je dostupna za odabir sekvenciranja.

–

Needs attention (Potrebna je pozornost) – pokretanje nije dostupno zbog pogreške (npr. prekinuta je veza u oblaku). Pregledajte pogrešku na zaslonu Run details (Pojedinosti o obradi).

•

Run name (Naziv obrade) – naziv obrade.

•

Application (Aplikacija) – Aplikacije za DRAGEN sekundarnu analizu povezane s obradom. Više informacija o instaliranju aplikacija potražite u odjeljku Aplikacije.

•

Last modified (Zadnja izmjena) – datum i vrijeme zadnje uređivanja obrade.

Kartica Active (Aktivno) prikazuje sve obrade u tijeku. Kartica Active (Aktivno) uključuje datum početka sekvenciranja, status sekvenciranja, % ≥ Q30, iskoristivost i ukupna očitanja PF metrike.

Odaberite naziv obrade za navigaciju do stranice Run details (Pojedinosti o obradi) i pregled dodatnih pojedinosti o obradi. Odaberite padajući izbornik pored obrade da biste vidjeli dodatne pojedinosti o statusu sekvenciranja i povezanim DRAGEN aplikacijama.

Za više informacija o metrikama obrade i statusu obrade, pogledajte Praćenje napretka obrade.

Prikazuje se kartica Completed (Dovršene) obrade koje su dovršile sekvenciranje i analizu, otkazane su ili nisu dovršile sekvenciranje ili analizu. Možete pogledati lokaciju podataka dobivenih sekvenciranjem i analizom, metriku sekvenciranja i količinu pohrane podataka instrumenta koju obrađuje obrada. Aplikacije DRAGEN povezane s obradom, % ≥ Q30, iskoristivost, ukupno očitanje PF-a i prostor na disku koji obrada zauzima na instrumentu. Kada se podatak dobiven sekvenciranjem izbriše ili prenese s instrumenta, prostorna metrika prikazuje 0 GB.

Da biste vidjeli dodatne rezultate obrade, kao što su detaljno sekvenciranje i metrike sekundarne analize, odaberite obradu.

Instrument je osmišljen za privremenu pohranu podataka dobivenih sekvenciranjem, a dovršene obrade možda će trebati izbrisati kako bi se stvorio prostor za naknadne obrade.

1.

Odaberite ikonu izbornika u gornjem lijevom kutu.

2.

Odaberite Runs (Obrade).

3.

Za ciklus koji želite izbrisati odaberite ikonu trotočke u stupcu Action (Radnja).

4.

Odaberite nešto od sljedećeg.

•

Delete run data (Izbrišite podatke o obradi) – briše izlazne mape sekvenciranja i analize, ali ne uklanja obradu s kartice Completed (Dovršeno). Pojedinosti obrade možete pregledati, ali ne možete pregledati izvješće o DRAGEN sekundarnoj analizi.

•

Delete run (Izbriši obradu) – briše podatke o obradi i uklanja obradu s kartice Completed (Dovršeno).

5.

U dijaloškom okviru potvrdite brisanje obrade.

Funkcija ponovnog pokretanja dostupna je samo za obrade koje ostaju na instrumentu. Nakon što se podaci izbrišu s instrumenta, ne mogu se ponovno pokrenuti.

1.

Odaberite ikonu izbornika u gornjem lijevom kutu.

1.

Odaberite Runs (Obrade).

2.

Odaberite karticu Completed (Dovršeno).

3.

Odaberite obradu sekvenciranjem koju želite ponovno staviti u red čekanja.

4.

Idite na odjeljak Secondary analysis (Sekundarna analiza).

5.

Odaberite Requeue analysis (Ponovno stavi analizu u red čekanja).

6.

Konfigurirajte postavke ponovno stavljene analize u red čekanja slijedeći upute u softveru.

7.

Odaberite Requeue Analysis (Ponovno stavi analizu u red čekanja).