Pokretanje ručne obrade

Upotrijebite sljedeće upute za pokretanje ručne obrade. Ovisno o vrsti obrade, list s uzorcima može biti potreban ili neobavezan.

Odabrani list s uzorcima mora biti u v2 formatu. Za informacije o formatiranju i zahtjevima lista s uzorcima v2 pogledajte stranicu podrške Resursi lista s uzorcima v2.

1. Ako niste prijavljeni, slijedite upute u dijelu Sign In and Sign Out.
2. Idite na Početni zaslon, a zatim odaberite Start (Pokreni).
3. Odaberite Sequencing (Sekvenciranje).
4. Na uređaju NovaSeq X Plus odaberite stranu instrumenta za jednostranu obradu ili obje strane za dvostranu obradu.
5. Na vrhu popisa obrada odaberite Manual (Ručno).

Planiran je zadani odabir obrade. Da biste promijenili zadanu postavku, pogledajte odjeljak Customize System Settings.

6. Odaberite jednu od sljedećih vrsta obrade:
• Ručno pokretanje obrade (generiraj samo BCL-ove)
• Uvoz lista s uzorcima za lokalnu analizu
7. Za ručne obrade koje samo generiraju BCL-ove konfigurirajte obradu na sljedeći način.
a. Unesite naziv obrade.
b. Naziv obrade može sadržavati najviše 225 alfanumeričkih znakova, razmaka, crtica i podcrta.
c. Odaberite jedan ili upareni kraj za vrstu čitanja.
d. Unesite broj ciklusa provedenih u svakom očitanju i duljinu svakog očitanja indeksa.
e. Ukupan broj ciklusa očitanja i indeksnih ciklusa ne može premašiti broj ciklusa navedenih u kompletu reagensa.
• Read 1 (Očitanje 1) – Unesite broj ciklusa za Read 1 (Očitanje 1).
• Index 1 (Indeks 1) – unesite duljinu očitanja indeksa za indeks 1. Za obradu samo za PhiX, unesite 0 u oba polja indeksa.
• Index 2 (Indeks 2) – unesite duljinu očitanja indeksa za indeks 2.
• Read 2 (Očitanje 2) – Unesite broj ciklusa za Read 2 (Očitanje 2). Ta je vrijednost obično ista kao vrijednost očitanja 1.
f. [Neobavezno] Odaberite list s uzorcima.
8. Za ručne obrade s lokalnom sekundarnom analizom potreban je list s uzorcima. Odaberite opciju Select (Odaberi), a zatim otvorite datoteku lista s uzorcima v2.
9. Odaberite Review (Pregledaj), a zatim pregledajte informacije o obradi.
10. Kako biste koristili prilagođene početnice, odaberite odgovarajuće potvrdne okvire Custom primer (Prilagođene početnice).

Za više informacija o prilagođenim početnicama, pogledajte Custom Primers.

11. Ako je instrument povezan s oblakom, potvrdite postavku obrade u oblaku.
12. Potvrdite izlaznu mapu.

Za obrade s omogućenom pohranom u oblaku dostupne su sljedeće mogućnosti:

• Kako biste prenijeli podatke o obradi u lokalnu mapu za pohranu uz oblak, navedite izlaznu mapu.
• Za prijenos podataka o obradi samo u oblak odaberite Don't transfer run data to external output folder (Ne prenosi podatke obrade u vanjsku izlaznu mapu).

Za promjenu zadane izlazne mape pogledajte odjeljak Specify the Default Output Folder Location za više informacija.

13. Ako provodite lokalnu sekundarnu analizu, potvrdite postavku prijenosa mape BCL podataka.

Da biste ažurirali zadani odabir upravljanja podacima o obradi, pročitajte odjeljak Customize System Settings.

14. [Neobavezno] Odaberite prilagođenu datoteku s receptima.

Ako upotrebljavate Illumina Stranded Total RNA Prep s Ribo-Zero Plus kompletom ili Illumina Stranded mRNA Prep kompletom, potrebno je odabrati prilagođeni recept. Dodatne informacije potražite u odjeljku Dark Cycle Sequencing.

15. Kad završite, odaberite Load consumables (Umetanje potrošnog materijala).