Szekvenálás áttekintése

A következő információk további részleteket tartalmaznak a NovaSeq X és NovaSeq X Plus szekvenálási rendszerek szekvenálási munkafolyamatáról.

A klasztergenerálás során a különálló DNS-molekulák az áramlási cella Egy üveg tárgylemez, fizikailag elválasztott sávokkal. A sávok a könyvtár adapterszekvenciáival komplementer oligókkal vannak bevonva, így a könyvtár a szekvenálási futtatást követheti. felületéhez kötődnek, és egyidejűleg amplifikálódnak, klasztereket képezve.

A klasztereket kétcsatornás kémiai módszerrel, egy zöld és egy kék csatornával ábrázolják, hogy a négy nukleotid adatait kódolják. Miután az áramlási cella egy mozaikjáról elkészült a felvétel, a következő mozaik felvétele következik. Ez az eljárás minden szekvenálási ciklusnál ismétlődik (ciklusonként ~5 perc).

A képalkotás elemzése után a Real-Time Analysis (RTA4) szoftver a bázisazonosítást Meghatároz egy bázist (A, C, G vagy T) a mozaik minden klaszterére egy adott ciklusban., a szűrést és a minőségi pontszám Előrejelzi a helytelen bázisazonosítás valószínűségét. A magas Q-pontszám megbízható bázisazonosítást jelent. meghatározását végzi. A futtatás előrehaladtával a NovaSeq X Series Control Software automatikusan átmásolja a bázisazonosítási Az egyes szekvenálási ciklusok minden klaszteréhez tartalmazza a bázisazonosítást és a kapcsolódó minőségi pontszámot. fájlokat (*.CBCL) a megadott kimeneti helyre, hogy aztán elvégezze az adatok elemzését. Az RTA4 által generált minőségi mérőszámokat valós időben megtekintheti a NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (SAV) vagy BaseSpace Sequence Hub segítségével.

A másodlagos elemzés a szekvenálás befejezése után kezdődik. A másodlagos adatelemzés módja alkalmazás- és rendszerkonfiguráció‑függő.

A BaseSpace Sequence Hub és az Illumina Connected Analytics (ICA) Illumina felhőalapú számítástechnikai környezet az adatelemzéshez, tároláshoz és a futtatás monitorozásához. A futtatás monitorozása csak a BaseSpace Sequence Hub szoftverben látható. A BaseSpace Sequence Hub biztosít tárhelyet a DRAGEN és a BaseSpace Sequence Hub alkalmazásoknak, amelyek támogatják a gyakori elemzési módszereket a szekvenálásnál. Az Illumina Connected Analytics biztosít tárhelyet a DRAGEN számára az ICA folyamatokhoz. Használhat beépített ICA folyamatokat, vagy létrehozhat egyéni folyamatokat is a szekvenálási és elemzési adatai segítségével.

Ha a szekvenálási adatokat a felhőben elemzi, a CBCL adatok automatikusan feltöltésre kerülnek a felhőbe, és elérhetők itt: BaseSpace Sequence Hub és ICA. Az elemzés automatikusan elkezdődik, miután az adatfeltöltés befejeződött.

Ha a szekvenálási adatokat helyben elemzi, akkor a DRAGEN másodlagos elemzés az eszközön történik, és a kimeneti fájlokat egy kiválasztott kimeneti mappában tárolják.

• A BaseSpace Sequence Hub szoftverrel kapcsolatos további információkért tekintse meg a BaseSpace Sequence Hub támogató oldalát.
• A Illumina DRAGEN Bio‑IT felület szoftverrel kapcsolatos további információkért tekintse meg a Illumina DRAGEN Bio‑IT felület támogató oldalát.
• A Illumina Connected Analytics szoftverrel kapcsolatos további információkért tekintse meg a Illumina Connected Analytics támogató oldalát.
• Az összes alkalmazás áttekintéséhez lásd: BaseSpace Sequence Hub Alkalmazások.