Ikhtisar Sistem

Sistem MiSeq i100 Plus menggunakan bahan kimia XLEAP SBS, yang menghasilkan data berkualitas tinggi dengan waktu proses sekuensing yang cepat dibandingkan dengan waktu proses SBS standar. Peningkatan kinerja ini dicapai melalui suatu pemblokir/penaut nukleotida yang ditingkatkan, dan suatu polimerase dengan ketepatan yang lebih tinggi dan lebih cepat untuk penggabungan nukleotida.

Sistem MiSeq i100 Plus menggunakan sel aliran berpola, yang dirancang untuk meningkatkan kualitas dan efisiensi sekuensing. Sel aliran berpola tercemar oleh nanowell yang mengandung probe DNA komplementer di lokasi spesifik tetap pada permukaan sel aliran. Fitur ini menghilangkan kebutuhan untuk memetakan situs klaster, mempercepat waktu sekuensing, dan mengoptimalkan penggunaan ruang yang tersedia pada sel aliran.

Terkait dengan cara menghitung persentase klaster yang lolos filter (%PF), instrumen dengan sel aliran berpola menampilkan nilai %PF yang lebih rendah dibandingkan dengan sel aliran yang tidak berpola. Meskipun %PF lebih rendah, hasil keseluruhan tidak terpengaruh.

Sistem MiSeq i100 Plus menggunakan sel aliran berpola dengan nanowell yang terintegrasi ke dalam cip CMOS. Setiap nanowell diselaraskan dengan fotodiode yang mendeteksi emisi cahaya di bagian bawah sumur, sehingga memungkinkan waktu penyelesaian sekuensing yang lebih cepat.

Sistem MiSeq i100 Plus menggunakan bahan kimia dua warna, sehingga memungkinkan pencitraan cepat sel aliran menggunakan saluran biru dan hijau pada setiap siklus sekuensing.

Fitur dari Sistem MiSeq i100 Plus adalah strategi eksitasi/emisi, yang menggunakan eksitasi 2-saluran dan emisi 1-saluran, yang mempercepat waktu penyelesaian sekuensing lebih lanjut.

A —Klaster dengan sinyal berwarna hijau dan biru.

G —Klaster tanpa sinyal berwarna hijau atau biru.

T —Klaster dengan sinyal berwarna hijau saja.

C —Klaster dengan sinyal berwarna biru saja.

Sistem MiSeq i100 Plus menggunakan Sekuensing indeks terlebih dahulu, sehingga memungkinkan pengguna mengevaluasi data demultiplexing dalam tiga jam sejak dimulainya proses. Sekuensing indeks terlebih dahulu memungkinkan penyesuaian pada hari yang sama untuk perencanaan proses berikutnya jika perlu.

Bahan habis pakai Sistem MiSeq i100 Plus dikirim dan disimpan pada suhu sekitar, sehingga menghasilkan kemasan yang lebih kecil, penyiapan bahan habis pakai yang mudah, dan meniadakan kebutuhan akan unit penyimpanan dingin.

Sistem MiSeq i100 Plus mengakomodasi templat untai tunggal dan untai ganda untuk sekuensing. Persiapan library templat melibatkan pengenceran dengan bufer, disediakan dalam setiap kit sekuensing, yang dimuat ke bahan habis pakai sekuensing. Templat didenaturasi di dalam instrumen, sehingga mengurangi kompleksitas alur kerja.

Illumina Run Manager diintegrasikan dalam MiSeq i100 Plus Control Software, yang memungkinkan perencanaan proses, peninjauan proses, dan manajemen pengaturan tertentu dari jarak jauh menggunakan web browser. Baca Illumina Run Manager.

Sistem MiSeq i100 Plus memiliki mode Kiosk untuk meningkatkan keamanan sistem guna mencegah pengguna yang tidak berwenang mengakses sistem operasi. Jika Administrator harus mengakses sistem operasi untuk menginstal aplikasi pihak ketiga, seperti pemindai virus, hubungi Illumina untuk mendapatkan kode akses sementara agar dapat mengakses sistem operasi.

Adapter/primer dimer, konstruksi library parsial, dan kontaminan dapat mengganggu kualitas data dan hasil sekuensing. Metode elektroforesis kapiler (misalnya Bioanalyzer, Fragment Analyzer, atau Tape station) dapat digunakan untuk kendali mutu dan untuk memvisualisasikan sisa-sisa persiapan library yang tidak diinginkan. Langkah pemurnian bead tambahan dapat digunakan untuk menghilangkan kontaminan.

Kuantifikasi library yang akurat sangat penting untuk pemuatan templat yang optimal ke dalam sistem. Untuk hasil terbaik, ikuti rekomendasi kuantifikasi yang disediakan dalam panduan persiapan library. Jika panduan tidak disediakan, gunakan library kuantifikasi berdasarkan qPCR dengan ukuran dinormalisasi untuk konsistensi dan akurasi.

Lakukan proses titrasi untuk mengidentifikasi konsentrasi pemuatan yang optimal. Saat mengoptimalkan konsentrasi pemuatan, percobaan titrasi tengah pada 100 pM dan penyesuaian (fine-tuning) dalam peningkatan 25-50 pM.

Library dengan keragaman nukleotida rendah dapat berdampak negatif pada registrasi templat, kualitas data, dan hasil. Untuk mengompensasi keragaman basa rendah di library, tambah sekuensing PhiX Control v3 Library. Eksperimen titrasi mungkin diperlukan untuk mengidentifikasi jumlah penambahan yang diperlukan untuk kinerja optimal.