Come funziona il sequenziamento

Library (Libreria): un campione di DNA o RNA che presenta adattatori per il sequenziamento. I metodi di preparazione sono diversi. viene automaticamente denaturata in singoli filamenti e ulteriormente diluita sullo strumento. Durante la generazione di cluster, il DNA a molecole singole si lega alla superficie della cella a flusso e viene sottoposto ad amplificazione per formare i cluster Un gruppo clonale di filamenti di DNA su una cella a flusso che produce una lettura di sequenziamento. Ogni filamento di DNA di una cella a flusso alimenta un modello che viene amplificato fino a quando il cluster è composto da centinaia o migliaia di copie. Ad esempio, una cella a flusso con 10.000 cluster genera 10.000 letture unidirezionali o 20.000 letture paired-end. La generazione di cluster dura circa quattro ore.

I cluster vengono sottoposti a imaging utilizzando la chimica a due canali (un canale verde e un canale blu) per codificare i dati per i quattro nucleotidi. Al termine dell’imaging di una tile sulla cella a flusso, la tile successiva viene sottoposta a imaging. Il processo è ripetuto per ciascun ciclo di sequenziamento. In seguito all’analisi delle immagini, il software Real-Time Analysis esegue l’identificazione delle basi determinando una base (A, C, G o T) per ogni cluster in una tile in un ciclo specifico, filtraggio e valutazione della qualità. Calcola un set di predittori di qualità per ogni identificazione delle basi, quindi utilizza il valore dei predittori per individuare il punteggio qualitativo.

Man mano che la corsa procede, il software di controllo trasferisce automaticamente i file di identificazione delle basi Contiene l’identificazione delle basi e il punteggio qualitativo associato per ogni cluster di ciascun ciclo di sequenziamento. (*.cbcl) nella cartella di output specificata per l’analisi dei dati. Durante la corsa di sequenziamento, il software Real-Time Analysis esegue l’analisi delle immagini e l’identificazione delle basi. Al termine del sequenziamento viene avviata l’analisi secondaria. Il metodo dell’analisi dei dati secondaria dipende dall’applicazione e dalla configurazione del sistema.

Al termine dell’analisi iniziale primaria, DRAGEN esegue un’analisi secondaria utilizzando una delle pipeline di analisi disponibili nella modalità di analisi selezionata.