Descrizione generale del sequenziamento

Le seguenti informazioni includono ulteriori dettagli sul flusso di lavoro dei Sistemi di sequenziamento NovaSeq X e NovaSeq X Plus.

Durante la generazione di cluster, il DNA a molecole singole si lega alla superficie della cella a flusso Una striscia in vetro con corsie fisicamente separate. Le corsie sono ricoperte con oligonucleotidi complementari sulle sequenze adattatori della libreria, che consentono alla libreria di aderire per una corsa di sequenziamento, e vengono sottoposte contemporaneamente ad amplificazione per formare i cluster.

I cluster vengono sottoposti a imaging utilizzando la chimica a due canali, un canale verde e un canale blu, per codificare i dati per i quattro nucleotidi. Al termine dell’imaging di una tile sulla cella a flusso, la tile successiva viene sottoposta a imaging. Il processo è ripetuto per ogni ciclo di sequenziamento (circa cinque minuti per ciclo).

Dopo l’analisi delle immagini, il software di Real-Time Analysis (RTA4) esegue l’identificazione delle basi determinando una base (A, C, G o T) per ogni cluster di una tile a un ciclo specifico., il filtraggio e il calcolo dei punteggi qualitativi Calcola un set di predittori di qualità per ogni identificazione delle basi, quindi utilizza il valore dei predittori per individuare il punteggio qualitativo. Man mano che la corsa procede, il Software di controllo NovaSeq X Series trasferisce automaticamente i file di identificazione delle basi Contiene l’identificazione delle basi e il punteggio qualitativo associato per ogni cluster di ogni ciclo di sequenziamento. (*.CBCL) nella cartella di output specificata per l’analisi dei dati. Per visualizzare le metriche di qualità generate da RTA4 in tempo reale, utilizzare il Software di controllo NovaSeq X Series, Sequencing Analysis Viewer (SAV) o BaseSpace Sequence Hub.

Al termine del sequenziamento viene avviata l’analisi secondaria. Il metodo dell’analisi dei dati secondaria dipende dall’applicazione e dalla configurazione del sistema.

BaseSpace Sequence Hub e Illumina Connected Analytics (ICA) sono gli ambienti di calcolo sul cloud Illumina per l’analisi dei dati, l’archiviazione e il monitoraggio della corsa. Il monitoraggio della corsa è visibile solo in BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub contiene le applicazioni DRAGEN e BaseSpace Sequence Hub, che supportano i comuni metodi di analisi per il sequenziamento. Illumina Connected Analytics contiene DRAGEN per le pipeline ICA. È possibile utilizzare le pipeline ICA predefinite o creare pipeline personalizzate utilizzando i dati di sequenziamento e analisi.

Se si analizzano i dati di sequenziamento nel cloud, i dati CBCL vengono caricati automaticamente nel cloud e sono disponibili in BaseSpace Sequence Hub e ICA. L’analisi inizia automaticamente al termine del caricamento dei dati.

Se si analizzano i dati a livello locale, l’analisi secondaria di DRAGEN viene effettuata sullo strumento e i file di output vengono archiviati in una cartella di output selezionata.

• Per ulteriori informazioni su BaseSpace Sequence Hub, consultare la pagina di supporto di BaseSpace Sequence Hub.
• Per maggiori informazioni su DRAGEN Bio-IT Platform Illumina, consultare la pagina di supporto di DRAGEN Bio-IT Platform Illumina.
• Per ulteriori informazioni su Illumina Connected Analytics, consultare la pagina del sito di supporto di Illumina Connected Analytics.
• Per una panoramica di tutte le app, consultare le app BaseSpace Sequence Hub.