Real-Time Analysisの概要

RTAは、ローカルシステムメモリー内のタイルイメージを使用して処理を行います。RTAは、ラン情報と処理コマンドをコントロールソフトウェアから受け取ります。

各色チャネルのイメージは、タイルとしてRTAにメモリー内に渡されます。これらのイメージから、RTAはクオリティスコア付きのベースコールのファイルとフィルターファイルのセットを出力します。他のすべてのファイルは出力ファイルを補助するものです。

ファイルタイプ	内容説明
ベースコールファイル	各タイルの解析結果は、連結ベースコール（*.cbcl）ファイルに含まれます。同一レーンかつ同一面のタイルが、レーンおよび面ごとに1つの*.cbclファイルに集約されます。
フィルターファイル	クラスターがフィルターをパスしたかどうかを規定するフィルターファイル（*.filter）がタイルごとに生成されます。
クラスターロケーションファイル	クラスターロケーション（*.locs）ファイルには、1つのタイル上の全クラスターのX、Y座標が記録されています。クラスターロケーションファイルはランごとに生成されます。

出力ファイルはDRAGENおよびBaseSpace Sequence Hubでの下流の解析に使用されます。

RTAはログファイルを生成し、それをLogsフォルダーに書き込みます。エラーは*.logファイル形式のテキストファイルに記録されます。

以下のログファイルが、処理の終了時に最終出力先に転送されます。

info_00000.logには、重要なランイベントの要約が含まれます。

error_00000.logには、ラン中に発生したエラーの一覧が含まれます。

warning_00000.logには、ラン中に発生した警告の一覧が含まれます。

タイルはフローセル上の小さなイメージングエリアです。カメラはタイルごとに1つのイメージを取得します。

フローセルタイル

フローセル	レーン	面	レーンあたりのスワス	スワスあたりのタイル数	生成される総タイル数
P1フローセル	1	2	4	4	32
P2フローセル（100サイクル、200サイクル、300サイクルキット）	1	2	6	11	132
P2 XLEAP-SBSフローセル（600サイクルキット）	1	2	4	14	112
P2スタンダードSBSフローセル（600サイクルキット）	1	2	4	12	96
P3フローセル	2	2	6	14	336
P4フローセル	2	2	6	16	384

内容説明

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レーン：レーンは、光学的には区別されますが、送液的には繋がった流路です。

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面：フローセルは2つの面（上面と底面）でイメージングされます。タイルの上面がまずイメージングされます。

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レーンあたりのスワス：スワスはフローセルレーン内の列です。

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スワスあたりのタイル数：タイルはスワスの一部であり、フローセル上のイメージングされるエリアを表します。

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生成される総タイル数：レーン × 面 × スワス × スワスあたりのタイル数 = 総タイル数になります。

タイルの命名規則

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タイル名は、フローセル上のタイル位置を表す4桁の番号です。例えば、タイル名1205は「上面、スワス2、タイル05」を示します。

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最初の桁は面を表します。上面が1、底面が2です。

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2桁目はスワス番号を表し、1、2、3、4、5、6のいずれかになります。

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最後の2桁はタイル番号を表します。