ベースコーリング

ラン中にRTA2は生データをフィルターして、データクオリティ閾値に満たないリードを除去します。オーバーラップしていたり、低品質のクラスターが取り除かれます。

1色法シーケンスでは、集団ベースのシステムを用いて、ベースコールのChastity（シグナル強度の純度の値）が決定されます。最初の25サイクルのうち、Chastity値が所定の閾値を下回るベースコールが1つ以下であった場合、そのクラスターはフィルターをパスします（PF）。

PhiXアライメントは、サイクル26の時点で、タイルのサブセットごとに、フィルターをパスしたクラスターに対して実行されます。フィルターをパスしなかったクラスターについては、ベースコールとアライメントは行われません。

インデックスリードのベースコーリングは、他のリードのベースコーリングと異なります。インデックスリードの先頭2サイクルが2塩基のG以外で始まる必要があり、そうでなければ、蛍光強度が生成されません。デマルチプレックスを確実に実施するために、初めの2サイクルのいずれかに蛍光強度がなくてはなりません。

ライブラリープールの少なくとも1つのインデックスアダプターシーケンスはG塩基2個から始まっていないことを確認してください。各サイクルにおいて、少なくとも1つのイメージ（両方のイメージが好ましい）にシグナルが存在するように、バランスのとれたインデックスアダプターシーケンスを選択してください。インデックスキットに示されたプレートレイアウトおよびシーケンスは適切なバランスが取れるようデザインされています。

インデックスおよびプーリングについて詳しくは、『Index Adapter Pooling Guide』（1000000041074）サポートページを参照してください。