シーケンスランの設定（Local Run Manager）

Local Run Managerを使用してランをセットアップする場合は、Local Run Managerでランを作成して保存し、コントロールソフトウェアに戻って消耗品をロードしてから、ランを選択します。データは指定した出力フォルダーに保存され、ランが完了したときにLocal Run Managerが自動的に解析を行います。

1. 装置モニターを使用してLocal Run Managerをローカルで開くか、別のコンピューターからリモートで開きます。

アクセス

Local Run Managerの開き方

ローカル

コントロールソフトウェアメニューから［Local Run Manager］を選択し、［Open Local Run Manager］を選択します。

リモート

コントロールソフトウェアメニューから［About］を選択し、システムIPアドレスを書き留めます。

装置と同じネットワーク上にあるコンピューターから、ChromiumでLocal Run Managerを開きます。システムIPアドレスを使用して接続します。
2. 装置モニター上でChromiumに何も表示されない場合は、装置を再起動し、ランセットアップをやり直します。手順については、「装置の再起動」を参照してください。
3. Local Run Managerでランを作成し、保存します。
• 手順については、『Local Run Manager Software Guide』（1000000002702）を参照してください。
• PhiXのみのランの場合、インデックスは使用しません。

自動的に保存されたランがコントロールソフトウェアに送信されます。

4. コントロールソフトウェアで［Sequence］を選択します。

ソフトウェアはドアを斜めに開き、トレイを出し、一連のランセットアップ画面を開始します。

5. （オプション）［Help］を選択して、画面上のプロンプトを表示します。

各画面に、補足ガイダンスを示すプロンプトが表示されます。

1. カートリッジが融解されており、フローセルと希釈済みライブラリーがロードされていることを確認します。
2. アクセスウィンドウを上に向け、フローセルが装置の奥側に来るように、カートリッジをトレイに載せます。カートリッジまたはトレイを装置に押し込まないでください。

3. ［Close Door］を選択します。カートリッジが収納され、ドアが閉じます。

画面の左側に、スキャンした消耗品の情報を示すパネルが表示されます。

システムが［Run Monitoring］または［Run Monitoring and Storage］に設定されている場合は、［BaseSpace Sequence Hub］画面が表示されます。

1. BaseSpace Sequence Hubから現在のランの接続を切断するには、［Skip BaseSpace Sequence Hub Sign In］を選択します。

装置性能データは引き続きイルミナに送信されます。

2. 現在のランの接続を変更するには、設定オプションを選択します:
• Run Monitoring Only：InterOpファイルのみをBaseSpace Sequence Hubに送信し、リモートモニタリングを可能にします。
• Run Monitoring and Storage：ランデータをBaseSpace Sequence Hubに送信し、リモートモニタリングと解析を可能にします。
3. BaseSpace Sequence Hubのユーザー名とパスワードを入力し、［Sign In］を選択します。
4. ［Available Workgroups］リストが表示された場合は、ランデータのアップロード先のワークグループを選択します。

このリストは複数のワークグループに属している場合に表示されます。

5. ［Run Setup］を選択します。
1. Local Run Managerのログイン画面が表示された場合は、以下の操作を行います。
a. ユーザー名とパスワードを入力します。
b. ［Log In］を選択します。

この画面はLocal Run Managerへのサインインが必須に設定されている場合に表示されます。デフォルトではサインインは不要です。

2. Local Run Managerに保存されているランを一覧表示する［Run Name］リストからランを選択します。
• リストを更新するには、［Refresh］を選択します。
• 空のリストに入力するには、［Open Local Run Manager］を選択してランを作成します。

［Open Local Run Manager］を選択すると、コントロールソフトウェアが最小化され、Local Run ManagerがChromiumで開きます。

3. コントロールソフトウェアから離れてランを作成した場合は、コントロールソフトウェアに戻ってランを選択します。［Refresh］を選択してリストを更新します。
4. （オプション）［Edit］を選択し、ランパラメーターを変更します。
a. リードタイプを変更するには、［Single Read］または［Paired End］を選択します。
b. リードサイクルを変更するには、Read 1のサイクルについて26～151のサイクルを入力します。必要なサイクル数に1サイクルを加えます。
c. 現在のランの出力フォルダーを変更するには、その場所へのパスを入力するか、［Browse］を選択して目的の場所に移動します。
d. ［Save］を選択します。これにより、コントロールソフトウェアとLocal Run Managerの両方でランがアップデートされます。
5. ［Start Run］を選択し、プレランチェックを開始します。

プレランチェックには装置チェックおよびフローチェックが含まれます。フローチェックはカートリッジシールに穴をあけ、フローセルに試薬を流すため、フローチェックを開始した後、消耗品は再使用できません。

1. プレランチェックが完了するまで約15分待ちます。

正常に完了すると、ランが自動的に開始します。システムを消音にしない限り、チャイム音がランの開始を知らせます。

プレランチェック中またはラン中にドアを開けるとランの失敗の原因となります。

2. 装置チェック中にエラーが発生した場合は、［Retry］を選択し、チェックをやり直します。

まず装置チェックが実施され、続いてフローチェックが実施されます。チェックが進行中のとき、そのチェックを示すバーが表示されます。

3. エラーが再び発生した場合は、「エラーメッセージの解消」を参照してトラブルシューティングを行います。
1. ランの進捗状況と、サイクル26の後に［Sequencing］画面に表示されるメトリクスをモニターします。

メトリクス

内容説明

%Q30 Read 1

Qスコア30以上のRead 1ベースコールの割合

%Clusters PF

クオリティフィルターをパスしたクラスターの割合

%Occupancy

クラスターが形成されたフローセルウェルの割合

Projected Total Yield

そのランに対して予測されるベースコール数
2. ファイルのコピーやその他のランのプロセスをモニターするには、コントロールソフトウェアメニューを選択してから［Process Management］を選択します。
1. シーケンスが完了したら、［Eject Cartridge］を選択します。

装置から使用済みカートリッジが排出されます。

2. トレイからカートリッジを取り出します。
3. フローセルをカートリッジから取り出します。
4. 各地域の適切な基準に従って、電子部品を含むフローセルを廃棄します。
5. 各地域の適切な基準に従って、使用済み試薬を含むカートリッジを廃棄します。

フルイディクスはカートリッジとともに廃棄するため、ポストランウォッシュは必要ありません。

この試薬一式には有害な可能性のある化学物質が含まれます。吸引、嚥下、皮膚への接触、目への接触により身体傷害を生じる危険があります。試薬中の有害物質に対処するため、適切に換気する必要があります。曝露リスクに適したゴーグル、手袋、実験着などの保護具を着用してください。使用済み試薬は化学廃棄物として取り扱い、各地域、国、および現地の適用法に従って廃棄してください。環境、健康、および安全の情報について詳しくは、jp.support.illumina.com/sds.htmlに掲載のSDSを参照してください。

6. ［Close Door］を選択します。トレイが収納され、［Home］画面に戻ります。

自動的にトレイが収納され、カートリッジが取り出されたことがセンサーで確認されます。