შექმენით ლოკალური დაგეგმილი გაშვება

ლოკალურად სეკვენირების გაშვების შესაქმნელად გამოიყენეთ გაშვების დაგეგმვის ინტერფეისი MiSeq i100 Plus Control Software- ზე ან Illumina Run Manager-ზე.

1. აირჩიეთ მენიუს ხატულა ზედა მარცხენა კუთხეში.
2. აირჩიეთ Runs [გაშვებები].
3. დაგეგმილ ჩანართზე აირჩიეთ Create run [შექმენით გაშვება].
4. შეიყვანეთ გაშვების სახელი გაშვების იდენტიფიკაციისთვის.

გაშვების სახელი შეიძლება შეიცავდეს მაქსიმუმ 255 ალფანუმერულ სიმბოლოს, შუალედებს, წერტილებს, ტირეებს და ქვედა ხაზებს.

5. [არჩევით] გაშვებისთვის შეიყვანეთ აღწერა.

გაშვების აღწერა არ შეიძლება შეიცავდეს ვარსკვლავებს (*), ფრჩხილებს ([ ]) ან მძიმეებს (,).

6. შეიყვანეთ თითოეული წაკითხვის შესრულებული ციკლების რაოდენობა:

წაკითხვის ციკლებისა და ინდექსის ციკლების საერთო რაოდენობა არ შეიძლება აღემატებოდეს რეაგენტის ნაკრებით მითითებულ ციკლების რაოდენობას. ინდექსის ციკლების შეზღუდვა ვრცელდება ინდექსის სახით გამოყენებულ ციკლებზე და არა UMI ციკლებზე, ან მოჭრილ წაკითხვებზე.

• წაკითხვა 1— შეიყვანეთ ციკლების რაოდენობა წაკითხვა 1-ისთვის.
• წაკითხვა 1— შეიყვანეთ ციკლების რაოდენობა ინდექსის წაკითხვა 1-ისთვის. მხოლოდ PhiX-ის გაშვებისთვის, ორივე ინდექსის ველში შეიყვანეთ 0.
• წაკითხვა 2— ინდექსის წაკითხვა 2-ისთვის შეიყვანეთ ციკლების რაოდენობა.
• წაკითხვა 2— წაკითხვა 2-ისთვის შეიყვანეთ ციკლების რაოდენობა. ეს მნიშვნელობა, როგორც წესი, იგივეა, რაც წაკითხვა 1-ის მნიშვნელობა.

ციკლების რაოდენობა განისაზღვრება შერჩეული სეკვენირების ნაკრების კონფიგურაციით. ხელმისაწვდომი სეკვენირების ნაკრების კონფიგურაციების შესახებ დაწვრილებითი ინფორმაციისთვის, იხილეთ სეკვენირების სახარჯი მასალები.

7. აირჩიეთ Next [შემდეგი].
8. აირჩიეთ თქვენი ანალიზის აპლიკაცია.
9. [არჩევით] დასაყენებლად შეიყვანეთ აღწერა.
10. აირჩიეთ თქვენი ბიბლიოთეკის მოსამზადებელი ნაკრები და ინდექსის ადაპტერის ნაკრები.
11. აირჩიეთ Next [შემდეგი] მეორეული ანალიზის დასაყენებლად და დაამატეთ ინფორმაცია ნიმუშის შესახებ.

დამატებითი ინფორმაციისთვის იხილეთ DRAGEN მეორეული ანალიზის დაყენება.

შეგიძლიათ შექმნათ ნიმუშის ფურცლის შაბლონი ხელსაწყოზე ან ღრუბელში ადგილობრივი აპლიკაციის დახმარებით, BaseSpace Sequence Hub-ის გამოყენებით. ნიმუშის ფურცელი იმპორტამდე სწორად უნდა იყოს დაფორმატებული.

• ნიმუშის ფურცლის შაბლონის შესაქმნელად ხელსაწყოზე ერთ-ერთი ადგილობრივი DRAGEN აპლიკაციის გამოყენებით, მიმართეთ ნაბიჯებს, რომელიც წარმოდგენილია პარაგრაფში DRAGEN-ის მეორეული ანალიზის დაყენება და ბოლო ეტაპზე აირჩიეთ Export sample sheet [ნიმუშის ფურცლის ექსპორტი].
• BaseSpace Sequence Hub- ში დაგეგმილი გაშვებიდან შაბლონის გამოყენებით ნიმუშის ფურცლის ექსპორტისთვის, გადადით დაგეგმილ გაშვებაზე BaseSpace Sequence Hub- ში და აირჩიეთ Export sample sheet [ნიმუშის ფურცლის ექსპორტი].

მშრალი კარტრიჯის სერიული ნომერი შეიძლება გამოყენებულ იქნეს Library Tube ID ველისთვის, ან ველი დარჩეს ცარიელი.

ნიმუშის ფურცლის იმპორტისთვის გამოიყენეთ შემდეგი ნაბიჯები.

1. აირჩიეთ მენიუს ხატულა ზედა მარცხენა კუთხეში.
2. აირჩიეთ Runs [გაშვებები].
3. დაგეგმილი გაშვების ჩანართზე აირჩიეთ Import sample sheet [ნიმუშის ფურცლის იმპორტი] და შემდეგ გახსენით თქვენი ნიმუშის ფურცლის ვ2 ფაილი.
4. ნიმუშის ფურცლის დამოწმების შემდეგ, აირჩიეთ Next [შემდეგი], რათა გადახედოთ იმპორტირებული გაშვების დეტალებს.

გადახედვის დროს იმპორტირებული გაშვების დეტალების რედაქტირება შესაძლებელია.

5. [არჩევით] შეასრულეთ რომელიმე შემდეგი ქმედება:
• გაშვების ან დაყენების პარამეტრების შესაცვლელად, აირჩიეთ Edit [რედაქტირება] გაშვების ან დაყენების გვერდით.
• კონფიგურაციის წასაშლელად, აირჩიეთ Delete [წაშლა] კონფიგურაციის გვერდით და შემდეგ აირჩიეთ Yes, delete [დიახ, წაშლა].
6. გაშვების შესანახად აირჩიეთ ერთ-ერთი შემდეგი ვარიანტი.
• გაშვების დეტალების მოგვიანებით შესაცვლელად, აირჩიეთ Save as draft [შენახვა მონახაზად].
• აირჩიეთ Save as planned [შეინახეთ, როგორც დაგეგმილი], რათა დაასრულოთ გაშვების დეტალები და დაგეგმოთ სეკვენირება.