ដំឡើងការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ DRAGEN

ប្រព័ន្ធ MiSeq i100 Plus អនុញ្ញាតឱ្យអ្នកកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធការវិភាគបន្ទាប់បន្សំដោយប្រើ កម្មវិធី DRAGEN ដែលត្រូវបានដំឡើងនៅលើឧបករណ៍។ មុននឹងរៀបចំការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ សូមប្រាកដថា អ្នកបានដំឡើងកម្មវិធីសមស្រប។ សម្រាប់ព័ត៌មានបន្ថែមអំពីការដំឡើងកម្មវិធីនៅលើ ប្រព័ន្ធ MiSeq i100 Plus យោងលើ កម្មវិធី។

កំណត់រចនាសម្ព័ន្ធកម្មវិធីវិភាគដូចខាងក្រោម។

1. [ស្រេចចិត្ត] បញ្ចូលការពិពណ៌នាសម្រាប់ការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ។
2. ជ្រើសរើសឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ និងឈុតអង្គបន្ស៊ាំសន្ទស្សន៍របស់អ្នក។

នៅពេលដែលឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ Illumina ត្រូវបានជ្រើសរើស លំដាប់អង្គបន្ស៊ាំសម្រាប់អាន 1 និងអាន 2 នឹងបញ្ចូលដោយស្វ័យប្រវត្តិ ហើយមិនអាចកែប្រែបានទេ។ ការលុបវដ្តក៏បង្កើតដោយស្វ័យប្រវត្តិផងដែរ។

3. កំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ ជម្រើស និងការកំណត់ដោយផ្អែកលើកម្មវិធីដែលបានជ្រើសរើស។

ការកំណត់

ការពិពណ៌នា

អង្គបន្ស៊ាំអាន 1

លំដាប់អង្គបន្ស៊ាំសម្រាប់អាន 1។ ប្រសិនបើប្រើឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ Illumina អ្នកមិនអាចកែប្រែហ្វៀលនេះបានទេ។

អង្គបន្ស៊ាំអាន 2

លំដាប់អង្គបន្ស៊ាំសម្រាប់អាន 2។ ប្រសិនបើប្រើឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ Illumina អ្នកមិនអាចកែប្រែហ្វៀលនេះបានទេ។

ការលុបវដ្ត

បញ្ជាក់វដ្ត UMI និងបិទបាំងវដ្តនៃការអាន។ តម្លៃ​ត្រូវ​បាន​បញ្ចូល​ដោយ​ស្វ័យ​ប្រវត្តិ​ដោយ​យោង​ទៅ​តាម​ការ​រៀបចំ​បណ្ណាល័យ​របស់​អ្នក និង​ព័ត៌មាន​ឈុត​អង្គបន្ស៊ាំ​សន្ទស្សន៍។

ទម្រង់បង្ហាប់ឯកសារ FASTQ

DRAGEN៖ រក្សាទុកឯកសារ FASTQ ជាទម្រង់ *.ora ។

gzip៖ រក្សាទុកឯកសារ FASTQ ជាទម្រង់ *.gzip ។

រក្សាឯកសារ FASTQ

ប្រសិនបើរក្សាទុកទិន្នន័យក្នុងមូលដ្ឋាន សូមជ្រើសរើសថាតើត្រូវរក្សាទុកច្បាប់ចម្លងនៃឯកសារ FASTQ របស់អ្នក។ ឯកសារ FASTQ ត្រូវបានបង្កើតលុះត្រាតែអ្នកជ្រើសរើសដើម្បីរក្សាឯកសារ FASTQ។

ការកំណត់

ការពិពណ៌នា

សេណូមយោង

កម្មវិធីនេះអាចដំណើរការសេណូមមួយក្នុងមួយការវិភាគ។

សម្រាប់សេចក្តីណែនាំស្តីពីការបង្កើត និងនាំចូលសេណូមយោងផ្ទាល់ខ្លួន យោងលើ គេហទំព័រជំនួយអ្នកបង្កើតឯកសារយោង (ឧបករណ៍)។

បរិមាណបញ្ចូលបណ្ណាល័យ

បរិមាណបញ្ចូលនៃបណ្ណាល័យធម្មតានីមួយៗនៅក្នុងក្រុមកំណត់លំដាប់។ បរិមាណបញ្ចូលបណ្ណាល័យត្រូវតែស្មើគ្នាសម្រាប់បណ្ណាល័យទាំងអស់នៅក្នុងក្រុម

ម៉ូដបំពង់ខ្សែរ LibraryQC

ម៉ូដបំពង់ខ្សែរកំណត់ឯកសារលទ្ធផលដែលបានបង្កើត។

FastQC៖ អនុវត្តការត្រួតពិនិត្យគុណភាពសម្រាប់ឯកសារ FASTQ ។

បំពង់ខ្សែពេញ៖ អនុវត្ត FastQC ការធ្វើផែនទី និងការតម្រឹម។

ផែនទី/តម្រឹមទ្រង់ទ្រាយលទ្ធផល

BAM៖ ទ្រង់ទ្រាយឯកសារ BAM រក្សាទុកអានដែលបានតម្រឹមទៅសេណូមយោងក្នុងទម្រង់គោលពីរដែលបានបង្ហាប់

CRAM៖ CRAM គឺជាទ្រង់ទ្រាយឯកសារបង្ហាប់ដែលមានបាសលើឯកសារយោងដែលផ្តល់នូវការបង្ហាប់ប្រសើរជាង BAM ។

គ្មាន៖ ជ្រើសរើសជម្រើសនេះដើម្បីលុបឯកសារកម្រិតមធ្យមនៅពេលបញ្ចប់ការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ។

ការកំណត់

ការពិពណ៌នា

សេណូមយោង

សម្រាប់សេចក្តីណែនាំស្តីពីការបង្កើត និងនាំចូលសេណូមយោងផ្ទាល់ខ្លួន យោងលើ គេហទំព័រជំនួយអ្នកបង្កើតឯកសារយោង (ឧបករណ៍)។

លេខសម្គាល់គំរូ

អតិបរមា 100 តួអក្សរ។

អក្សរ​លេខ សញ្ញា​គូស​ក្រោម និង​សហសញ្ញា​ត្រូវ​បាន​អនុញ្ញាត។

អ្នក​ហៅ​ខុស​គ្នា

អ្នកហៅវ៉ារ្យ៉ង់សូម៉ាទីក

ចំនួនឈុតនៃក្រូម៉ូសូម

ចំនួនឈុតនៃក្រូម៉ូសូមនៃសេណូមយោង។

ផែនទី/តម្រឹមទ្រង់ទ្រាយលទ្ធផល

BAM៖ ទ្រង់ទ្រាយឯកសារ BAM រក្សាទុកអានដែលបានតម្រឹមទៅសេណូមយោងក្នុងទម្រង់គោលពីរដែលបានបង្ហាប់

CRAM៖ CRAM គឺជាទ្រង់ទ្រាយឯកសារបង្ហាប់ដែលមានបាសលើឯកសារយោងដែលផ្តល់នូវការបង្ហាប់ប្រសើរជាង BAM ។

គ្មាន៖ ជ្រើសរើសជម្រើសនេះដើម្បីលុបឯកសារកម្រិតមធ្យមនៅពេលបញ្ចប់ការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ។

ការកំណត់

ការពិពណ៌នា

លេខសម្គាល់ការវិភាគ

[ស្រេចចិត្ត] ផ្តល់ឈ្មោះសម្រាប់ការវិភាគ។ នៅពេលដែលមិនបានកំណត់ លេខសម្គាល់ការវិភាគត្រូវបានប្រើសម្រាប់ការបោះត្រាពេលវេលា។

លេខសម្គាល់ដំណើរការ

[ស្រេចចិត្ត] ផ្តល់លេខសម្គាល់ដំណើរការកំណត់លំដាប់។ នៅពេលដែលមិនបានកំណត់ នោះប្រព័ន្ធនឹងកំណត់ថាមិនអាចអនុវត្តបានទេ។

បន្ទះបណ្តុះ

ជ្រើសរើសជំងឺឆ្លង ឬបន្ទះបណ្តុះមីក្រូជីវសាស្ត្រពីម៉ឺនុយទម្លាក់ចុះ។

បញ្ជីរាយការណ៍អំពីមីក្រូសរីរាង្គរបស់បន្ទះបណ្តុះ

[ស្រេចចិត្ត] ជ្រើសរើសការកំណត់តម្រងរបាយការណ៍ដើម្បីកំណត់មីក្រូសរីរាង្គដែលបានរាយក្នុងរបាយការណ៍។ បន្ទះបណ្តុះមួយចំនួនមានបញ្ជីរាយការណ៍អំពីមីក្រូសរីរាង្គដែលបានកំណត់ជាមុន។ បញ្ជីរាយការណ៏អតិសុខុមប្រាណផ្ទាល់ខ្លួនក៏អាចត្រូវបានកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធផងដែរ។

អាន QC
• ប្រសិនបើបានធីក អានត្រូវបានដំណើរការជាមុនដោយប្រើម៉ាទ្រីចគុណភាព មុនពេលវិភាគ។
• ប្រសិនបើ មិនបានធីកទេ ម៉ាទ្រីចគុណភាពត្រូវបានគណនា ប៉ុន្តែគ្មានអានណាមួយត្រូវបានផ្លាស់ប្តូរមុនពេលវិភាគទេ។

Bacterial AMR Markers បានរាយការណ៍តែនៅពេលដែលមីក្រូសរីរាង្គដែលពាក់ព័ន្ធត្រូវបានរកឃើញ

Bacterial AMR (ភាពធន់នឹងថ្នាំសំលាប់មេរោគ) របាយការណ៍សម្គាល់ជាមួយអតិសុខុមប្រាណដែលពាក់ព័ន្ធ

• ប្រសិនបើពិនិត្យ សញ្ញាសម្គាល់ AMR បាក់តេរីដែលបានរកឃើញត្រូវបានរាយការណ៍ ប្រសិនបើសញ្ញាសម្គាល់ AMR បាក់តេរីឆ្លងកាត់កម្រិតនៃការរកឃើញអប្បបរមា ហើយមីក្រូសរីរាង្គដែលពាក់ព័ន្ធមួយ ឬច្រើនក៏ត្រូវបានរកឃើញ និងរាយការណ៍ផងដែរ។
• ប្រសិនបើមិនបានធីក សញ្ញាសម្គាល់ AMR បាក់តេរីដែលបានរកឃើញត្រូវបានរាយការណ៍ ប្រសិនបើសញ្ញាសម្គាល់ AMR បាក់តេរីឆ្លងកាត់កម្រិតនៃការរកឃើញអប្បបរមា។
• ជម្រើសនេះត្រូវបានបិទ ប្រសិនបើ VSP (ជំនាន់ទី 2) ឬ Custom Panel (បន្ទះផ្ទាល់ខ្លួន) ត្រូវបានជ្រើសរើស។

AMR តែប៉ុណ្ណោះ

រាយការណ៍ តែសញ្ញាសម្គាល់ AMR រាយការណ៍តែសញ្ញាសម្គាល់ AMR បាក់តេរីប៉ុណ្ណោះ។

• ប្រសិនបើពិនិត្យ មានតែសញ្ញាសម្គាល់ AMR ប៉ុណ្ណោះ ហើយមិនមានមីក្រូសរីរាង្គរាយការណ៍ទេ។
• ជម្រើសនេះត្រូវបានបិទ ប្រសិនបើ VSP (ជំនាន់ទី 2) ឬ Custom Panel (បន្ទះផ្ទាល់ខ្លួន) ត្រូវបានជ្រើសរើស។
• ជម្រើសនេះត្រូវបានបិទ ប្រសិនបើការរាយការណ៍សញ្ញាសម្គាល់បាក់តេរី AMR ជាមួយជម្រើសមីក្រូសរីរាង្គដែលពាក់ព័ន្ធត្រូវបាន បើក។

រាយការណ៍អំពីអតិសុខុមប្រាណ និង/ឬ AMR ដែលស្ថិតនៅក្រោមកម្រិតកំណត់

ក្រោមការរាយការណ៍កម្រិត

• ប្រសិនបើបានពិនិត្យ មីក្រូសរីរាង្គ និង/ឬសញ្ញាសម្គាល់ AMR ខាងក្រោមកម្រិតនៃការរកឃើញត្រូវបានរួមបញ្ចូលនៅក្នុងរបាយការណ៍។
• ប្រសិនបើមិនបានធីកទេ មានតែអតិសុខុមប្រាណ និង/ឬសញ្ញាសម្គាល់ AMR ខាងលើកម្រិតនៃការរកឃើញប៉ុណ្ណោះដែលត្រូវបានរួមបញ្ចូលនៅក្នុងរបាយការណ៍។
• ជម្រើសនេះត្រូវបានបិទ ប្រសិនបើបន្ទះផ្ទាល់ខ្លួនត្រូវបានជ្រើសរើស។
• ជម្រើសនេះត្រូវបានបិទ ប្រសិនបើការរាយការណ៍សញ្ញាសម្គាល់បាក់តេរី AMR ជាមួយជម្រើសមីក្រូសរីរាង្គដែលពាក់ព័ន្ធត្រូវបាន បើក។

Nextclade

ដំណើរការ Nextclade លើសេណូមដែលអាចអនុវត្តបាន។ ជម្រើសនេះមិនអាចអនុវត្តបានសម្រាប់ UPIP និងប្រភេទតេស្តផ្ទាល់ខ្លួនទេ។

ការត្រួតពិនិត្យផ្ទៃក្នុងបរិមាណ (IC)

ជ្រើសរើសការគ្រប់គ្រងផ្ទៃក្នុងបរិមាណ (IC) ពីបញ្ជីដែលមាន។ ប្រសិនបើ IC បរិមាណត្រូវបានកំណត់ទៅ NONE តម្លៃនៃការប្រមូលផ្តុំ IC មិនត្រូវបានអើពើ។ IC បរិមាណមិនត្រឹមត្រូវ ឬកំហាប់ IC មិនត្រឹមត្រូវ បណ្តាលឱ្យមានលទ្ធផលបរិមាណដាច់ខាតនៃអតិសុខុមប្រាណមិនត្រឹមត្រូវ។

ការផ្តោតអារម្មណ៍ត្រួតពិនិត្យផ្ទៃក្នុង

ជ្រើសរើសការគ្រប់គ្រងផ្ទៃក្នុងបរិមាណ (IC) ពីបញ្ជីដែលមាន។ លេខត្រូវតែមានលក្ខណៈធម្មតា (ឧ. មួយខ្ទង់ខាងឆ្វេងនៃទសភាគ)។

ឧទាហរណ៍៖ 1.2x10⁷, 3.14159x10³

ប្រសិនបើ IC បរិមាណត្រូវបានកំណត់ទៅ NONE តម្លៃនៃការប្រមូលផ្តុំ IC មិនត្រូវបានអើពើ។

លេខសម្គាល់គំរូ

ប្រើសម្រាប់ការកំណត់ ក្នុងការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធគំរូមួយ ដើម្បីកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធពីរបៀបដែលគំរូនីមួយៗត្រូវបានវិភាគ។

ប្រភេទត្រួតពិនិត្យ

កំណត់ដើម្បីកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធរបៀបដែលគំរូនីមួយៗត្រូវបានវិភាគ។
4. ប្រើជម្រើសមួយក្នុងចំណោមជម្រើសនានាខាងក្រោមដើម្បីបញ្ចូលព័ត៌មានសម្រាប់គំរូដែលប្រើក្នុងការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ៖
• បញ្ចូលព័ត៌មានគំរូនៅក្នុងឯកសារ *.csv ដោយជ្រើសរើស Download template (ទាញយកគំរូពុម្ព)។ ដើម្បីនាំចូលគំរូពុម្ពគំរូដែលបានកែសម្រួល សូមជ្រើសរើស Import samples (នាំចូលគំរូ) ហើយបន្ទាប់មកជ្រើសរើសឯកសារ CSV ។
• បិទភ្ជាប់លេខសម្គាល់គំរូ និងទីតាំងល្អនៃបន្ទះសន្ទស្សន៍ ឬសន្ទស្សន៍ i7 និង i5 ដោយផ្ទាល់ពីឯកសារខាងក្រៅ។ មុនពេលបិទភ្ជាប់ សូមបញ្ចូលចំនួនជួរដេកគំរូក្នុងហ្វៀលជួរដេក ហើយបន្ទាប់មកជ្រើសរើស +។ លេខសម្គាល់គំរូអាចមានរហូតដល់ 100 តួអក្សរអក្ខរក្រមលេខ សហសញ្ញា និងសញ្ញាគូសក្រោម។

បន្ទះសន្ទស្សន៍ប្លង់ថេរទាមទារធាតុសម្រាប់ទីតាំងល្អ។ សន្ទស្សន៍ដែលមិនមានប្លង់ថេរទាមទារធាតុសម្រាប់សន្ទស្សន៍ i7 និង i5។ សន្ទស្សន៍ i5 ត្រូវតែបញ្ចូលក្នុងទិសដៅទៅមុខ។

5. ជ្រើសរើស Next (បន្ទាប់) ហើយបន្ទាប់មកត្រួតពិនិត្យព័ត៌មានលម្អិតនៃដំណើរការ
6. [ស្រេចចិត្ត] អនុវត្តសកម្មភាពណាមួយខាងក្រោម៖
• ដើម្បីកែសម្រួលការកំណត់ដំណើរការ ឬការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ សូមជ្រើសរើស Edit (កែសម្រួល) នៅជាប់នឹងដំណើរការ ឬការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ។
• ដើម្បី​លុប​ការ​កំណត់​រចនា​សម្ព័ន្ធ សូម​ជ្រើសរើស Delete (លុប) ​នៅ​ជាប់​នឹង​ការ​កំណត់​រចនា​សម្ព័ន្ធ ហើយ​បន្ទាប់​មក​ជ្រើសរើស Yes, delete (បាទ/ចា៎ស លុប)។
7. ដើម្បីរក្សាទុកដំណើរការ សូមជ្រើសរើសជម្រើសមួយក្នុងចំណោមជម្រើសនានាខាងក្រោម៖
• ដើម្បីកែសម្រួលព័ត៌មានលម្អិតនៃដំណើរការនៅពេលក្រោយ សូមជ្រើសរើស Save as draft (រក្សាទុកជាសេចក្តីព្រាង)។
• ជ្រើសរើស Save as planned (រក្សាទុកដូចដែលបានគ្រោងទុក) ដើម្បីបញ្ចប់ព័ត៌មានលម្អិតនៃដំណើរការ និងផែនការសម្រាប់ការកំណត់លំដាប់។
• ដើម្បីនាំចេញសន្លឹកគំរូពីដំណើរការដែលបានគ្រោងទុកនៅលើឧបករណ៍ សូមជ្រើសរើសដំណើរការដែលបានគ្រោងទុកដើម្បីបើក បន្ទាប់មកនៅក្រោមត្រួតពិនិត្យដំណើរការ សូមជ្រើសរើស Export sample sheet (នាំចេញសន្លឹកគំរូ)។