ដំឡើងការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ DRAGEN
ប្រព័ន្ធ MiSeq i100 Plus អនុញ្ញាតឱ្យអ្នកកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធការវិភាគបន្ទាប់បន្សំដោយប្រើ កម្មវិធី DRAGEN ដែលត្រូវបានដំឡើងនៅលើឧបករណ៍។ មុននឹងរៀបចំការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ សូមប្រាកដថា អ្នកបានដំឡើងកម្មវិធីសមស្រប។ សម្រាប់ព័ត៌មានបន្ថែមអំពីការដំឡើងកម្មវិធីនៅលើ ប្រព័ន្ធ MiSeq i100 Plus យោងលើ កម្មវិធី។
កំណត់រចនាសម្ព័ន្ធកម្មវិធីវិភាគដូចខាងក្រោម។
1. | [ស្រេចចិត្ត] បញ្ចូលការពិពណ៌នាសម្រាប់ការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ។ |
2. | ជ្រើសរើសឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ និងឈុតអង្គបន្ស៊ាំសន្ទស្សន៍របស់អ្នក។ |
នៅពេលដែលឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ Illumina ត្រូវបានជ្រើសរើស លំដាប់អង្គបន្ស៊ាំសម្រាប់អាន 1 និងអាន 2 នឹងបញ្ចូលដោយស្វ័យប្រវត្តិ ហើយមិនអាចកែប្រែបានទេ។ ការលុបវដ្តក៏បង្កើតដោយស្វ័យប្រវត្តិផងដែរ។
3. |
|

ការកំណត់ |
ការពិពណ៌នា |
---|---|
អង្គបន្ស៊ាំអាន 1 |
លំដាប់អង្គបន្ស៊ាំសម្រាប់អាន 1។ ប្រសិនបើប្រើឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ Illumina អ្នកមិនអាចកែប្រែហ្វៀលនេះបានទេ។ |
អង្គបន្ស៊ាំអាន 2 |
លំដាប់អង្គបន្ស៊ាំសម្រាប់អាន 2។ ប្រសិនបើប្រើឈុតត្រៀមបណ្ណាល័យ Illumina អ្នកមិនអាចកែប្រែហ្វៀលនេះបានទេ។ |
ការលុបវដ្ត |
បញ្ជាក់វដ្ត UMI និងបិទបាំងវដ្តនៃការអាន។ តម្លៃត្រូវបានបញ្ចូលដោយស្វ័យប្រវត្តិដោយយោងទៅតាមការរៀបចំបណ្ណាល័យរបស់អ្នក និងព័ត៌មានឈុតអង្គបន្ស៊ាំសន្ទស្សន៍។ |
ទម្រង់បង្ហាប់ឯកសារ FASTQ |
DRAGEN៖ រក្សាទុកឯកសារ FASTQ ជាទម្រង់ *.ora ។ gzip៖ រក្សាទុកឯកសារ FASTQ ជាទម្រង់ *.gzip ។ |
រក្សាឯកសារ FASTQ |
ប្រសិនបើរក្សាទុកទិន្នន័យក្នុងមូលដ្ឋាន សូមជ្រើសរើសថាតើត្រូវរក្សាទុកច្បាប់ចម្លងនៃឯកសារ FASTQ របស់អ្នក។ ឯកសារ FASTQ ត្រូវបានបង្កើតលុះត្រាតែអ្នកជ្រើសរើសដើម្បីរក្សាឯកសារ FASTQ។ |

ការកំណត់ |
ការពិពណ៌នា |
---|---|
សេណូមយោង |
កម្មវិធីនេះអាចដំណើរការសេណូមមួយក្នុងមួយការវិភាគ។ សម្រាប់សេចក្តីណែនាំស្តីពីការបង្កើត និងនាំចូលសេណូមយោងផ្ទាល់ខ្លួន យោងលើ គេហទំព័រជំនួយអ្នកបង្កើតឯកសារយោង (ឧបករណ៍)។ |
បរិមាណបញ្ចូលបណ្ណាល័យ |
បរិមាណបញ្ចូលនៃបណ្ណាល័យធម្មតានីមួយៗនៅក្នុងក្រុមកំណត់លំដាប់។ បរិមាណបញ្ចូលបណ្ណាល័យត្រូវតែស្មើគ្នាសម្រាប់បណ្ណាល័យទាំងអស់នៅក្នុងក្រុម |
ម៉ូដបំពង់ខ្សែរ LibraryQC |
ម៉ូដបំពង់ខ្សែរកំណត់ឯកសារលទ្ធផលដែលបានបង្កើត។ FastQC៖ អនុវត្តការត្រួតពិនិត្យគុណភាពសម្រាប់ឯកសារ FASTQ ។ បំពង់ខ្សែពេញ៖ អនុវត្ត FastQC ការធ្វើផែនទី និងការតម្រឹម។ |
ផែនទី/តម្រឹមទ្រង់ទ្រាយលទ្ធផល |
BAM៖ ទ្រង់ទ្រាយឯកសារ BAM រក្សាទុកអានដែលបានតម្រឹមទៅសេណូមយោងក្នុងទម្រង់គោលពីរដែលបានបង្ហាប់ CRAM៖ CRAM គឺជាទ្រង់ទ្រាយឯកសារបង្ហាប់ដែលមានបាសលើឯកសារយោងដែលផ្តល់នូវការបង្ហាប់ប្រសើរជាង BAM ។ គ្មាន៖ ជ្រើសរើសជម្រើសនេះដើម្បីលុបឯកសារកម្រិតមធ្យមនៅពេលបញ្ចប់ការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ។ |

ការកំណត់ |
ការពិពណ៌នា |
---|---|
សេណូមយោង |
សម្រាប់សេចក្តីណែនាំស្តីពីការបង្កើត និងនាំចូលសេណូមយោងផ្ទាល់ខ្លួន យោងលើ គេហទំព័រជំនួយអ្នកបង្កើតឯកសារយោង (ឧបករណ៍)។ |
លេខសម្គាល់គំរូ |
អតិបរមា 100 តួអក្សរ។ អក្សរលេខ សញ្ញាគូសក្រោម និងសហសញ្ញាត្រូវបានអនុញ្ញាត។ |
អ្នកហៅខុសគ្នា |
អ្នកហៅវ៉ារ្យ៉ង់សូម៉ាទីក |
ចំនួនឈុតនៃក្រូម៉ូសូម |
ចំនួនឈុតនៃក្រូម៉ូសូមនៃសេណូមយោង។ |
ផែនទី/តម្រឹមទ្រង់ទ្រាយលទ្ធផល |
BAM៖ ទ្រង់ទ្រាយឯកសារ BAM រក្សាទុកអានដែលបានតម្រឹមទៅសេណូមយោងក្នុងទម្រង់គោលពីរដែលបានបង្ហាប់ CRAM៖ CRAM គឺជាទ្រង់ទ្រាយឯកសារបង្ហាប់ដែលមានបាសលើឯកសារយោងដែលផ្តល់នូវការបង្ហាប់ប្រសើរជាង BAM ។ គ្មាន៖ ជ្រើសរើសជម្រើសនេះដើម្បីលុបឯកសារកម្រិតមធ្យមនៅពេលបញ្ចប់ការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ។ |

ការកំណត់ |
ការពិពណ៌នា |
||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
លេខសម្គាល់ការវិភាគ |
[ស្រេចចិត្ត] ផ្តល់ឈ្មោះសម្រាប់ការវិភាគ។ នៅពេលដែលមិនបានកំណត់ លេខសម្គាល់ការវិភាគត្រូវបានប្រើសម្រាប់ការបោះត្រាពេលវេលា។ |
||||||||||||
លេខសម្គាល់ដំណើរការ |
[ស្រេចចិត្ត] ផ្តល់លេខសម្គាល់ដំណើរការកំណត់លំដាប់។ នៅពេលដែលមិនបានកំណត់ នោះប្រព័ន្ធនឹងកំណត់ថាមិនអាចអនុវត្តបានទេ។ |
||||||||||||
បន្ទះបណ្តុះ |
ជ្រើសរើសជំងឺឆ្លង ឬបន្ទះបណ្តុះមីក្រូជីវសាស្ត្រពីម៉ឺនុយទម្លាក់ចុះ។ |
||||||||||||
បញ្ជីរាយការណ៍អំពីមីក្រូសរីរាង្គរបស់បន្ទះបណ្តុះ |
[ស្រេចចិត្ត] ជ្រើសរើសការកំណត់តម្រងរបាយការណ៍ដើម្បីកំណត់មីក្រូសរីរាង្គដែលបានរាយក្នុងរបាយការណ៍។ បន្ទះបណ្តុះមួយចំនួនមានបញ្ជីរាយការណ៍អំពីមីក្រូសរីរាង្គដែលបានកំណត់ជាមុន។ បញ្ជីរាយការណ៏អតិសុខុមប្រាណផ្ទាល់ខ្លួនក៏អាចត្រូវបានកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធផងដែរ។ |
||||||||||||
អាន QC |
|
||||||||||||
Bacterial AMR Markers បានរាយការណ៍តែនៅពេលដែលមីក្រូសរីរាង្គដែលពាក់ព័ន្ធត្រូវបានរកឃើញ |
Bacterial AMR (ភាពធន់នឹងថ្នាំសំលាប់មេរោគ) របាយការណ៍សម្គាល់ជាមួយអតិសុខុមប្រាណដែលពាក់ព័ន្ធ
|
||||||||||||
AMR តែប៉ុណ្ណោះ |
|
||||||||||||
រាយការណ៍អំពីអតិសុខុមប្រាណ និង/ឬ AMR ដែលស្ថិតនៅក្រោមកម្រិតកំណត់ |
ក្រោមការរាយការណ៍កម្រិត
|
||||||||||||
Nextclade |
ដំណើរការ Nextclade លើសេណូមដែលអាចអនុវត្តបាន។ ជម្រើសនេះមិនអាចអនុវត្តបានសម្រាប់ UPIP និងប្រភេទតេស្តផ្ទាល់ខ្លួនទេ។ |
||||||||||||
ការត្រួតពិនិត្យផ្ទៃក្នុងបរិមាណ (IC) |
ជ្រើសរើសការគ្រប់គ្រងផ្ទៃក្នុងបរិមាណ (IC) ពីបញ្ជីដែលមាន។ ប្រសិនបើ IC បរិមាណត្រូវបានកំណត់ទៅ NONE តម្លៃនៃការប្រមូលផ្តុំ IC មិនត្រូវបានអើពើ។ IC បរិមាណមិនត្រឹមត្រូវ ឬកំហាប់ IC មិនត្រឹមត្រូវ បណ្តាលឱ្យមានលទ្ធផលបរិមាណដាច់ខាតនៃអតិសុខុមប្រាណមិនត្រឹមត្រូវ។ |
||||||||||||
ការផ្តោតអារម្មណ៍ត្រួតពិនិត្យផ្ទៃក្នុង |
ជ្រើសរើសការគ្រប់គ្រងផ្ទៃក្នុងបរិមាណ (IC) ពីបញ្ជីដែលមាន។ លេខត្រូវតែមានលក្ខណៈធម្មតា (ឧ. មួយខ្ទង់ខាងឆ្វេងនៃទសភាគ)។ ឧទាហរណ៍៖ 1.2x10⁷, 3.14159x10³ ប្រសិនបើ IC បរិមាណត្រូវបានកំណត់ទៅ NONE តម្លៃនៃការប្រមូលផ្តុំ IC មិនត្រូវបានអើពើ។ |
||||||||||||
លេខសម្គាល់គំរូ |
ប្រើសម្រាប់ការកំណត់ ក្នុងការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធគំរូមួយ ដើម្បីកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធពីរបៀបដែលគំរូនីមួយៗត្រូវបានវិភាគ។ |
||||||||||||
ប្រភេទត្រួតពិនិត្យ |
កំណត់ដើម្បីកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធរបៀបដែលគំរូនីមួយៗត្រូវបានវិភាគ។ |
4. | ប្រើជម្រើសមួយក្នុងចំណោមជម្រើសនានាខាងក្រោមដើម្បីបញ្ចូលព័ត៌មានសម្រាប់គំរូដែលប្រើក្នុងការវិភាគបន្ទាប់បន្សំ៖ |
• | បញ្ចូលព័ត៌មានគំរូនៅក្នុងឯកសារ *.csv ដោយជ្រើសរើស Download template (ទាញយកគំរូពុម្ព)។ ដើម្បីនាំចូលគំរូពុម្ពគំរូដែលបានកែសម្រួល សូមជ្រើសរើស Import samples (នាំចូលគំរូ) ហើយបន្ទាប់មកជ្រើសរើសឯកសារ CSV ។ |
• | បិទភ្ជាប់លេខសម្គាល់គំរូ និងទីតាំងល្អនៃបន្ទះសន្ទស្សន៍ ឬសន្ទស្សន៍ i7 និង i5 ដោយផ្ទាល់ពីឯកសារខាងក្រៅ។ មុនពេលបិទភ្ជាប់ សូមបញ្ចូលចំនួនជួរដេកគំរូក្នុងហ្វៀលជួរដេក ហើយបន្ទាប់មកជ្រើសរើស +។ លេខសម្គាល់គំរូអាចមានរហូតដល់ 100 តួអក្សរអក្ខរក្រមលេខ សហសញ្ញា និងសញ្ញាគូសក្រោម។ |
បន្ទះសន្ទស្សន៍ប្លង់ថេរទាមទារធាតុសម្រាប់ទីតាំងល្អ។ សន្ទស្សន៍ដែលមិនមានប្លង់ថេរទាមទារធាតុសម្រាប់សន្ទស្សន៍ i7 និង i5។ សន្ទស្សន៍ i5 ត្រូវតែបញ្ចូលក្នុងទិសដៅទៅមុខ។
5. | ជ្រើសរើស Next (បន្ទាប់) ហើយបន្ទាប់មកត្រួតពិនិត្យព័ត៌មានលម្អិតនៃដំណើរការ |
6. | [ស្រេចចិត្ត] អនុវត្តសកម្មភាពណាមួយខាងក្រោម៖ |
• | ដើម្បីកែសម្រួលការកំណត់ដំណើរការ ឬការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ សូមជ្រើសរើស Edit (កែសម្រួល) នៅជាប់នឹងដំណើរការ ឬការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ។ |
• | ដើម្បីលុបការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ សូមជ្រើសរើស Delete (លុប) នៅជាប់នឹងការកំណត់រចនាសម្ព័ន្ធ ហើយបន្ទាប់មកជ្រើសរើស Yes, delete (បាទ/ចា៎ស លុប)។ |
7. | ដើម្បីរក្សាទុកដំណើរការ សូមជ្រើសរើសជម្រើសមួយក្នុងចំណោមជម្រើសនានាខាងក្រោម៖ |
• | ដើម្បីកែសម្រួលព័ត៌មានលម្អិតនៃដំណើរការនៅពេលក្រោយ សូមជ្រើសរើស Save as draft (រក្សាទុកជាសេចក្តីព្រាង)។ |
• | ជ្រើសរើស Save as planned (រក្សាទុកដូចដែលបានគ្រោងទុក) ដើម្បីបញ្ចប់ព័ត៌មានលម្អិតនៃដំណើរការ និងផែនការសម្រាប់ការកំណត់លំដាប់។ |
• | ដើម្បីនាំចេញសន្លឹកគំរូពីដំណើរការដែលបានគ្រោងទុកនៅលើឧបករណ៍ សូមជ្រើសរើសដំណើរការដែលបានគ្រោងទុកដើម្បីបើក បន្ទាប់មកនៅក្រោមត្រួតពិនិត្យដំណើរការ សូមជ្រើសរើស Export sample sheet (នាំចេញសន្លឹកគំរូ)។ |