커스텀 프라이머

NextSeq 1000/2000 시퀀싱 시스템에서 커스텀 프라이머(custom primer)를 사용해 런을 수행하려면 런 설정 시 다음과 같은 단계를 추가로 거쳐야 합니다.

• 적절한 볼륨의 커스텀 프라이머를 준비하여 시약 카트리지(reagent cartridge)의 커스텀 프라이머 포지션에 추가합니다.
• Control Software에서 런 설정 시 커스텀 프라이머를 선택합니다.

그 밖의 모든 단계는 런 모드 설정하기 섹션에 기술된 런 설정 워크플로우를 따릅니다.

NextSeq 1000/2000 시스템은 커스텀 프라이머 웰(custom primer well)당 최대 두 개의 커스텀 리드 프라이머(custom read primer) 또는 두 개의 커스텀 인덱스 프라이머(custom index primer)를 조합해 사용할 수 있도록 해 줍니다. 커스텀 프라이머 웰은 두 개가 제공되므로 런당 최대 네 개의 커스텀 프라이머를 사용할 수 있습니다.

사용 중인 라이브러리 프렙 키트에 따라 Illumina의 프라이머 믹스(primer mix)를 사용해야 할 수도 있습니다. XLEAP-SBS chemistry 시약 사용 시 자세한 내용은 VP21 및 VP14 커스텀 프라이머 섹션과 BP14 및 HP21 커스텀 프라이머 섹션을 참조하시기 바랍니다. XLEAP-SBS Read and Index Primer Kit와 표준 SBS Read and Index Primer Kit는 Illumina DNA PCR-Free Prep을 제외한 모든 Illumina 라이브러리 프렙 키트와 상호호환적으로 사용이 가능합니다. XLEAP-SBS 카트리지에는 Illumina DNA PCR-Free Prep용 프라이머가 포함되어 있지만, 표준 SBS 카트리지에는 포함되어 있지 않습니다.

Illumina는 커스텀 프라이머의 성능이나 호환성을 확실히 보장할 수 없습니다. 사용자는 NextSeq 1000/2000 시퀀싱 시스템으로 시퀀싱을 수행하기 전에 직접 커스텀 프라이머를 검증해야 합니다.

런 설정 중 Control Software에서 커스텀 프라이머가 선택되면, 소프트웨어는 Custom 1 웰과 Custom 2 웰에서 시약을 흡인하도록 시스템에 명령을 내립니다. Illumina의 프라이머 제품은 시퀀싱 런 중 리드나 인덱스에 사용되지 않습니다. Illumina의 프라이머 제품은 시약 카트리지 웰 안에 이미 충전되어 있는 프라이머를 지칭합니다.

PhiX Control은 시퀀싱하려면 표준 Illumina 프라이머가 필요합니다. Read 1이나 Read 2에 Illumina의 프라이머가 사용되지 않을 경우 PhiX Control(선택 사항)의 시퀀싱은 진행되지 않습니다. 커스텀 프라이머를 사용하려면 PhiX 및 기타 Illumina 라이브러리의 프라이밍을 위해 반드시 Illumina 프라이머를 별도로 구매해야 합니다. 자세한 정보는 커스텀 프라이머 준비 및 추가하기 섹션을 참조하시기 바랍니다.

PhiX는 인덱싱되지 않기 때문에 어떤 인덱스 프라이머를 사용하는지와는 상관없이 인덱스 리드에 대한 PhiX Control의 시퀀싱 데이터는 생성되지 않습니다.

사용 중인 라이브러리 프렙 키트에 VP21 Custom Read 1 Primer 또는 VP14 Custom Index 2 Primer가 필요한 경우 시약 카트리지에 커스텀 프라이머 추가하기 단계를 진행합니다. VP21 및 VP14 커스텀 프라이머는 준비 과정이 필요하지 않으며 적합한 워킹 농도로 제공됩니다. VP21에는 Illumina DNA PCR-Free Prep 라이브러리용 VP10가 포함되어 있습니다.

사용 중인 라이브러리 프렙 키트에 BP14 Custom Read 1 Primer 또는 HP21 Custom Index 2 Primer가 필요한 경우 시약 카트리지에 커스텀 프라이머 추가하기 단계를 진행합니다. BP14 및 HP21 커스텀 프라이머는 준비 과정이 필요하지 않으며 적합한 워킹 농도로 제공됩니다.