Rankinės serijos paleidimas

Toliau pateiktuose nurodymuose aprašoma, kaip inicijuoti rankinę seriją. Priklausomai nuo serijos tipo, mėginio lapas gali būti būtinas arba nebūtinas.

Pasirinktas mėginio lapas turi būti 2 v. formato. Daugiau informacijos apie mėginio lapo 2 v. formatavimą ir jam taikomus reikalavimus žr. skyriuje Mėginio lapo 2 v. išteklių pagalbos puslapis.

1. Jeigu nesate prisijungę, vadovaukitės nurodymais, pateiktais Prisijungimas ir atsijungimas.
2. Eikite į ekraną „Start“ (paleidimas) ir pasirinkite Start (paleisti).
3. Pasirinkite Sequencing (sekvenavimas).
4. Prietaise „NovaSeq X Plus“ pasirinkite pusę vienpusei serijai arba abi puses dvipusei serijai.
5. Serijų sąrašo viršuje pasirinkite Manual (rankinis).

Numatytoji parinktis yra „Planned“ (suplanuota). Kaip pakeisti numatytąją nuostatą, žr. Sistemos nuostatų adaptavimas.

6. Pasirinkite iš šių serijos tipų:
• Rankinė serija (kurti tik BCL)
• Importuoti mėginio lapą vietinei analizei
7. Jeigu naudojate rankines serijas, kurios sukuria tik BCL, konfigūruokite seriją kaip toliau nurodyta.
a. Įveskite serijos pavadinimą.
b. Serijos pavadinime gali būti daugiausiai 225 rašmenys, sudaryti iš skaičių, raidžių, tarpų, brūkšnelių ir pabraukimo brūkšnių.
c. Pasirinkite pavienį arba porinių galų nuskaitymo tipą.
d. Įveskite ciklų, atliekamų kiekviename nuskaityme, skaičių ir kiekvieno indekso nuskaitymo ilgį.
e. Bendras nuskaitymo ir indekso ciklų skaičius negali viršyti reagentų rinkiniui nurodytų ciklų skaičiaus.
• Read 1 (1 nuskaitymas) – įveskite 1 nuskaitymo ciklų skaičių.
• Index 1 (1 indeksas) – įveskite 1 indekso nuskaitymo ilgį. Jei atliekate tik „PhiX“ seriją, abiejuose indekso laukuose įveskite 0.
• Index 2 (2 indeksas) – įveskite 2 indekso nuskaitymo ilgį.
• Read 2 (2 nuskaitymas) – įveskite 2 nuskaitymo ciklų skaičių. Ši vertė paprastai sutampa su 1 nuskaitymo verte.
f. [Pasirinktinai] Pasirinkite mėginio lapą.
8. Rankinėms serijoms su vietine antrine analize mėginio lapas yra būtinas. Pasirinkite Select (rinktis) ir atverkite mėginio lapo 2 v. failą.
9. Pasirinkite Review (peržiūra) ir peržiūrėkite serijos informaciją.
10. Norėdami naudoti pasirinktinius pradmenis, pasirinkite atitinkamų Custom primer (pasirinktinių pradmenų) žymimuosius langelius.

Daugiau informacijos apie pasirinktinius pradmenis žr. Pasirinktiniai pradmenys.

11. Jeigu prietaisas yra prijungtas prie debesijos, patvirtinkite debesijos serijos nuostatą.
12. Patvirtinkite išvesties aplanką.

Serijoms su aktyvinta debesijos saugykla galimos šios parinktys:

• Norėdami perkelti serijos duomenis ne tik į debesiją, bet ir į vietinės saugyklos aplanką, nurodykite išvesties aplanką.
• Norėdami tik perkelti serijos duomenis į debesiją, pasirinkite Don't transfer run data to external output folder (neperkelti serijos duomenų į išorinį išvesties aplanką).

Daugiau informacijos, kaip pakeisti numatytąjį išvesties aplanką, pateikta Numatytojo išvesties aplanko vietos nurodymas.

13. Jeigu atliekate vietinę antrinę analizę, patvirtinkite BCL duomenų aplanko perkėlimo nuostatą.

Norėdami atnaujinti numatytąjį serijos duomenų tvarkymo pasirinkimą, žr. Sistemos nuostatų adaptavimas.

14. [Pasirenkama] Pasirinkite pasirinktinio recepto failą.

Jeigu naudojamasi „Illumina Stranded Total RNA Prep“ su rinkiniu „Ribo-Zero Plus“ arba rinkinys „Illumina Stranded mRNA Prep“, būtina pasirinkti pasirinktinį receptą. Daugiau informacijos žr. Tamsiojo ciklo sekvenavimas.

15. Baigę pasirinkite Load consumables (įdėti eksploatacines medžiagas).