Overzicht van sequencing

De volgende informatie bevat aanvullende gegevens over werkstroom Sequencing.

Genereren van cluster

De bibliotheek wordt in het instrument automatisch gedenatureerd tot enkelvoudige strengen. Tijdens vorming van clusters worden enkele DNA-moleculen aan het oppervlak van de stroomcel gebonden en geamplificeerd tot ze clusters vormen. De vorming van clusters duurt ~2 uur.

Sequencing

Van de clusters worden beelden gevormd met behulp van tweekanaalschemie, een groen kanaal en een blauw kanaal, om gegevens voor de vier nucleotiden te coderen. De stroomcelsensoren, bestaande uit tegels, worden tegelijkertijd afgebeel. Het proces wordt voor elke sequencingcyclus herhaald.

Primaire analyse

Na de beeldanalyse voert de Real-Time Analysis (RTA)-software basebepaling Het bepalen van een base (A, C, G of T) voor elk cluster van een tegel in een specifieke cyclus., filtering en een kwaliteitsscore Voorspelt de kans op een onjuiste basebepaling. Een hoge Q-score impliceert een betrouwbare basebepaling. uit. Naarmate de run vordert, brengt de besturingssoftware van de MiSeq i100-serie automatisch concatenated base call files Bevat de basebepaling en de bijbehorende kwaliteitsscore voor elk cluster van elke sequencingcyclus. (CBCL) (gecombineerde basisoproepbestanden) over naar de opgegeven uitvoerlocatie voor gegevensanalyse. Om kwaliteitsmeetwaarden die door RTA zijn gegenereerd in realtime te bekijken, gebruikt u het instrument besturingssoftware, Sequencing Analysis Viewer (SAV) of BaseSpace Sequence Hub.

Nadat de sequencing is voltooid, begint de secundaire analyse. De secundairegegevensanalysemethode is afhankelijk van uw toepassing en systeemconfiguratie.

Secundaire analyse

BaseSpace Sequence Hub en Illumina Connected Analytics (ICA) zijn de Illumina-cloud computingomgevingen voor runmonitoring, gegevensanalyse en opslag. Runmonitoring is alleen zichtbaar in BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub hosts DRAGEN en BaseSpace Sequence Hub‑apps, die algemene analysemethoden voor sequencing ondersteunen. ICA host de DRAGEN voor ICA pijplijnen. U kunt vooraf gebouwde ICA‑pijplijnen gebruiken of aangepaste pijplijnen creëren met behulp van uw sequencing‑ en analysegegevens.

Bij het analyseren van sequencinggegevens in de cloud worden CBCL‑gegevens automatisch geüpload naar de cloud en zijn ze beschikbaar in BaseSpace Sequence Hub en ICA. De analyse begint automatisch nadat het uploaden van de gegevens is voltooid.

Als sequencing-gegevens lokaal worden geanalyseerd, wordt de DRAGEN secundaire analyse op het instrument uitgevoerd en worden de uitvoerbestanden opgeslagen in een geselecteerde uitvoermap.

•

Voor meer informatie over BaseSpace Sequence Hub gaat u naar de BaseSpace Sequence Hub support page (ondersteuningspagina).

•

Raadpleeg voor meer informatie over Secundaire analyse DRAGEN de ondersteuningspagina van het DRAGEN Bio‑IT ‑platform.

•

Voor meer informatie over Illumina Connected Analytics gaat u naar de Illumina Connected Analytics support page (ondersteuningspagina).

•

Raadpleeg de BaseSpace Sequence Hub Support site (ondersteuningssite) voor een overzicht van alle apps.