Slik fungerer sekvensering

Bibliotek En DNA- or RNA-prøve som har adaptere tilkoblet for sekvensering. Klargjøringsmetoder varierer. denatureres automatisk til enkle tråder og fortynnes ytterligere i instrumentet. Under klyngegenerering blir enkle DNA-molekyler bundet til overflaten på strømningscellen og forsterket for å danne klynger En klonal gruppe av DNA-tråder på en strømningscelle som produserer én sekvenseringsavlesning. Hver DNA-tråd på en flytcelle utgjør en mal som forsterkes til klyngen består av hundrevis eller tusenvis av kopier. For eksempel produserer en strømningscelle med 10 000 klynger 10 000 enkeltavlesninger eller 20 000 paired end-avlesninger.. Klyngegenerering tar ~4 timer.

Klynger blir avbildet ved hjelp av tokanals kjemi (én grønn kanal og én blå kanal) for å kode data for de fire nukleotidene. Etter at én flis på flytcellen er avbildet, avbildes den neste flisen. Prosessen gjentas for hver sekvenseringssyklus. Etter bildeanalyse utfører Real-Time Analysis-programvaren basebetegnelse Bestemme en base (A, C, G eller T) for hver klynge i en flis i en bestemt syklus., filtrering og kvalitetsscoring. Beregner et sett med kvalitetsprediktorer for hver basebetegnelse og bruker deretter prediktorverdien for å slå opp Q-scoren.

Etter hvert som kjøringen pågår, overfører kontrollprogramvaren automatisk sammenkoblede basebetegnelsesfiler Inneholder basebetegnelsen og tilhørende kvalitetsscore for hver klynge i hver sekvenseringssyklus (*.cbcl) til den spesifiserte utdatamappen for datananalyse. Under sekvenseringskjøringen utfører Real-Time Analysis-programvaren utfører bildeanalyse og basebetegnelse. Når sekvensering er fullført, begynner sekundæranalyse. Metoden for sekundær dataanalyse avhenger av applikasjonen og systemkonfigurasjonen.

Etter at den innledende sekvenseringsanalysen er fullført, utfører DRAGEN en sekundæranalyse ved å bruke et av de tilgjengelige analysepipelinene i valgt analysemodus.