Przegląd sekwencjonowania

Poniższe informacje zawierają dodatkowe szczegóły dotyczące procedury sekwencjonowania aparatu MiSeq i100 Plus.

Tworzenie klastrów

Biblioteka jest automatycznie denaturowana do pojedynczych nici w aparacie. Podczas tworzenia klastrów pojedyncze cząsteczki DNA wiążą się z powierzchnią w komorze przepływowej i ulegają amplifikacji, tworząc klastry. Tworzenie klastra trwa około 2 godzin.

Sekwencjonowanie

Klastry są obrazowane przy użyciu dwukanałowego oznaczenia – jednego kanału zielonego i jednego kanału niebieskiego – w celu zakodowania danych dla czterech nukleotydów. Czujniki komory przepływowej, składające się z płytek, są obrazowane jednocześnie. Proces ten jest powtarzany dla każdego cyklu sekwencjonowania.

Analiza pierwotna

Po analizie obrazów oprogramowanie Real-Time Analysis (RTA) przeprowadza rozpoznawanie nukleotydów Określanie nukleotydu (A, C, G lub T) dla każdego klastra w obszarze skanowania w określonym cyklu., filtrowanie i ocenę jakościową Dla każdego rozpoznania nukleotydu oblicza zbiór predyktorów jakości, które następnie są używane w celu wyszukania wyniku jakościowego. W miarę postępu przebiegu oprogramowanie sterujące MiSeq i100 Plus automatycznie przesyła pliki rozpoznań nukleotydów Zawiera rozpoznanie nukleotydu oraz powiązaną ocenę jakościową dla każdego klastra w każdym cyklu sekwencjonowania. (CBCL) do wskazanej lokalizacji wyników do analizy danych. Można wyświetlać parametry jakości wygenerowane przez RTA w czasie rzeczywistym za pomocą oprogramowania sterującego MiSeq i100 Plus, Sequencing Analysis Viewer (SAV) lub BaseSpace Sequence Hub.

Analiza wtórna rozpoczyna się po zakończeniu sekwencjonowania. Metoda wtórnej analizy danych zależy od aplikacji oraz konfiguracji systemu.

Analiza wtórna

BaseSpace Sequence Hub i Illumina Connected Analytics (ICA) to środowiska przetwarzania w chmurze Illumina służące do monitorowania przebiegów, analizy i zapisu danych. Monitorowanie przebiegu jest widoczne tylko w platformie BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub hostuje aplikacje DRAGEN i aplikacje platformy BaseSpace Sequence Hub, które obsługują typowe metody analizy na potrzeby sekwencjonowania. Illumina Connected Analytics hostuje DRAGEN dla protokołów ICA. Można korzystać z gotowych protokołów ICA lub tworzyć niestandardowe protokoły, korzystając z danych sekwencjonowania i analizy.

W przypadku analizy danych sekwencjonowania w chmurze dane CBCL są przesyłane automatycznie do chmury i są dostępne w BaseSpace Sequence Hub oraz ICA. Analiza rozpoczyna się automatycznie po zakończeniu przesyłania danych.

W przypadku lokalnego analizowania danych sekwencjonowania analiza wtórna DRAGEN jest przeprowadzana w aparacie, a pliki wyjściowe są zapisywane w wybranym folderze wyjściowym.

• Więcej informacji na temat platformy BaseSpace Sequence Hub można znaleźć na stronie pomocy technicznej BaseSpace Sequence Hub.
• Więcej informacji na temat analizy wtórnej DRAGEN można znaleźć na stronie wsparcia DRAGEN Bio-IT Platform.
• Więcej informacji na temat rozwiązania Illumina Connected Analytics można znaleźć na stronie pomocy technicznej Illumina Connected Analytics.
• Przegląd wszystkich aplikacji znajduje się w części Aplikacje BaseSpace Sequence Hub.