Jak działa sekwencjonowanie

Biblioteka Próbka DNA lub RNA z dołączonymi adapterami na potrzeby sekwencjonowania. Metody jej przygotowania mogą być różne. jest automatycznie denaturowana do pojedynczych nici i dodatkowo rozcieńczana w aparacie. Podczas tworzenia klastrów pojedyncze cząsteczki DNA wiążą się z powierzchnią w komorze przepływowej i ulegają amplifikacji, tworząc klastry. Grupa klonalna nici DNA w komorze przepływowej, która daje jeden odczyt sekwencjonowania. Każda nić DNA w komorze przepływowej daje początek matrycy, która jest amplifikowana do momentu, gdy klaster składa się z setek lub tysięcy kopii. Na przykład: komora przepływowa z 10 000 klastrów daje 10 000 pojedynczych odczytów lub 20 000 odczytów w trybie sparowanych końców. Tworzenie klastra trwa około 4 godzin.

Klastry są obrazowane przy użyciu dwukanałowej analizy biochemicznej (jednego kanału zielonego i jednego kanału niebieskiego) w celu zakodowania danych dla czterech nukleotydów. Po ukończeniu obrazowania jednej płytki w komorze przepływowej obrazowana jest kolejna płytka. Proces ten jest powtarzany dla każdego cyklu sekwencjonowania. Po analizie obrazu oprogramowanie Real-Time Analysis wykonuje rozpoznawanie nukleotydów Określanie nukleotydu (A, C, G lub T) dla każdego klastra w obszarze skanowania w określonym cyklu., filtrowanie i ocena jakościowa. Dla każdego rozpoznania nukleotydu oblicza zbiór predyktorów jakości, które następnie są używane do wyszukania wskaźnika jakości.

W miarę postępu przebiegu oprogramowanie sterujące automatycznie przesyła pliki rozpoznań nukleotydów Zawiera rozpoznanie nukleotydu oraz powiązaną ocenę jakościową dla każdego klastra w każdym cyklu sekwencjonowania. (*.cbcl) do określonego folderu wyjściowego w celu analizy danych. Podczas przebiegu sekwencjonowania oprogramowanie Real-Time Analysis przeprowadza analizę obrazu i rozpoznawanie nukleotydów. Po zakończeniu sekwencjonowania rozpoczyna się analiza wtórna. Metoda wtórnej analizy danych zależy od aplikacji oraz konfiguracji systemu.

Po zakończeniu analizy pierwotnej w ramach sekwencjonowania aplikacja DRAGEN przeprowadza analizę wtórną z wykorzystaniem jednej z dostępnych procedur analizy w wybranym trybie analizy.