Kwestie dotyczące standardowego sekwencjonowania SBS
Przed rozpoczęciem protokołu należy się zapoznać z poniższymi informacjami, aby przygotować się do rozcieńczania bibliotek i konfigurowania przebiegu. Osiągnięcie optymalnego stężenia ładowania jest szczególnie ważne dla pomyślnego sekwencjonowania i pomyślnej analizy. Wprowadzenie prawidłowej liczby cykli w odczycie pomaga zapewnić optymalne dane wyjściowe.
Więcej informacji dotyczących planowania przebiegu za pośrednictwem platformy BaseSpace Sequence Hub można znaleźć w BaseSpace Sequence Hub.
Informacje na temat objętości ładowania i stężenia można znaleźć w Generatorze protokołu denaturacji i rozcieńczania.
Wprowadzenie liczby cykli z przedziału od 26 (minimum) do 301 (maksimum) dla każdego odczytu pomaga w utrzymaniu jakości danych. Dokładna liczba cykli zależy od badania. Oprogramowanie sterujące NextSeq 1000/2000 wymaga co najmniej 1 cyklu dla odczytu Read 1 (Odczyt 1), ale wyświetla ostrzeżenie, gdy liczba cykli w odczycie 1 jest mniejsza niż 26.
Łączna liczba cykli dla odczytu Read 1 (Odczyt 1), indeksu Index 1 (Indeks 1), indeksu Index 2 (Indeks 2) oraz odczytu Read 2 (Odczyt 2) nie może być większa niż liczba cykli obsługiwanych przez zestaw plus 38 cykli w przypadku zestawów 100-cyklowego, 200-cyklowego i 600-cyklowego, a 27 cykli w przypadku zestawów P3 300-cyklowych. Oprogramowanie sterujące NextSeq 1000/2000 wyświetla ostrzeżenie, gdy indeks Index 1 (Index 1) i indeks Index 2 (Index 2) mają przypisane wartości poniżej 6 cykli. To ostrzeżenie nie zostanie wyświetlone, gdy dla indeksu Index 1 (Indeks 1) lub Index 2 (Indeks 2) zostanie wybrana wartość 0 cykli.
Minimalna i maksymalna liczba cykli uwzględniają dodatkowy cykl. Do żądanej długości odczytu należy zawsze dodać jeden cykl w celu skorygowania efektów fazowania i fazowania wyprzedzającego. Długość odczytu to liczba cykli sekwencjonowania w odczycie 1 i odczycie 2, co nie obejmuje cykli dodatkowych ani cykli indeksowania. Więcej informacji o korekcie fazowania można znaleźć w części Oprogramowanie Real-Time Analysis – procedura.
Przykładowa konfiguracja przebiegu:
| • | W przypadku długości odczytu 35 (odczyt pojedynczy) należy wprowadzić wartość 36 w polu Read 1 (Odczyt 1). |
| • | W przypadku długości odczytu 150 na odczyt (sekwencjonowanie w trybie sparowanych końców) wprowadzić wartość 151 w polu Read 1 (Odczyt 1) oraz wartość 151 w polu Read 2 (Odczyt 2). |
| • | W przypadku długości odczytu 300 na odczyt (sekwencjonowanie w trybie sparowanych końców) wprowadzić wartość 301 w polu Read 1 (Odczyt 1) oraz wartość 301 w polu Read 2 (Odczyt 2). |
