Pliki wyjściowe analizy wtórnej DRAGEN

W tej części podano informacje o każdej aplikacji DRAGEN, w tym informacje na temat plików wyjściowych. Oprócz generowania plików specyficznych dla poszczególnych aplikacji DRAGEN zapewnia parametry z analizy w pliku <sample_name>.metrics.json oraz raporty opisane w części Raporty z analizy wtórnej NovaSeq X Plus. Więcej informacji o aplikacji DRAGEN można znaleźć na stronie pomocy technicznej platformy Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.

Wszystkie procedury DRAGEN obsługują dekompresję wejściowych plików BCL oraz kompresję wyjściowych plików BAM/CRAM. Pliki BAM nie zostaną przesłane do platformy Illumina DRAGEN Bio-IT Platform, jeśli wybrana jest opcja Proactive, Run Monitoring and Storage (Prokatywne, monitorowanie przebiegu i przechowywanie).

Aplikacja DRAGEN Methylation obsługuje następujące funkcje:

• Dekompresja danych wejściowych BCL
• Konwersja FASTQ
• Kompresja FASTQ do formatu ORA lub Gzip
• Mapowanie/dopasowanie (w tym sortowanie i oznaczanie duplikatów)
• Kompresja BAM/CRAM (opcjonalna)
• Generowanie metryki i raportu

Wymagane są następujące dane wejściowe:

• Dane BCL wygenerowane z aparatu NovaSeq X Plus
• Arkusz próbek

Ta procedura wymaga genomu referencyjnego specyficznego dla metylacji [np. Homo sapiens (1000 genomów) hg38 Alt Masked v2 Methylation).

DRAGEN Methylation generuje opisane poniżej pliki wyjściowe.

Element

Typ

Nazwa pliku wyjściowego

Mapowanie/Dopasowanie

BAM lub CRAM
• <sample_name>.bam lub
• <sample_name>.cram

Generowanie raportu

 

GZ
• <sample_name>.CX_report.txt.gz

TXT
• <sample_name>.M-bias.txt

Generowanie metryki

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

Aplikacja DRAGEN Somatic obsługuje następujące funkcje:

• Dekompresja danych wejściowych BCL
• Konwersja FASTQ
• Kompresja FASTQ do formatu ORA lub Gzip
• Mapowanie/dopasowanie (w tym sortowanie i oznaczanie duplikatów)
• Kompresja BAM/CRAM (opcjonalna)
• Rozpoznawanie wariantów
• Oznaczanie linii zarodkowej

Gdy używany jest parametr VariantCallingMode, procedura obsługuje algorytmy dla następujących wariantów rozpoznawania:

• Brak
• Algorytmy rozpoznawanie wariantów małych
• Wszystkie algorytmy rozpoznawanie wariantów:
– Małych
– Strukturalnych
– Polimorfizmu liczby kopii (dla ludzkich genomów referencyjnych w aparacie)

Wymagane są następujące dane wejściowe:

• Dane BCL wygenerowane z aparatu NovaSeq X Plus
• Arkusz próbek

Następujące dane wejściowe są opcjonalne:

• AuxBaselineNoiseFile
• AuxSvBaselineNoiseFile
• AuxCnvPopBAlleleVcfPlik
• AuxGermlineTaggingFile

DRAGEN Somatic generuje opisane poniżej pliki wyjściowe.

Element

Typ

Nazwa pliku wyjściowego

Wymagania dotyczące danych wyjściowych

Mapowanie/Dopasowanie

BAM lub CRAM
• <sample_name>.bam lub
• <sample_name>.cram

Nd.

Rozpoznawanie wariantów małych

VCF i gVCF
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz
• Jeśli VariantCallingMode nie równa się wartości brak

Rozpoznawanie wariantów strukturalnych

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz
• Generowane tylko dla odczytu ze sparowanym końcem
• Jeśli wybrano tryb AllVariantCallers

Polimorfizm liczby kopii

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz
• Tylko genomy ludzkie
• W przypadku wybrania trybu AllVariantCallers i dostarczenia AuxCnvPopBAlleleVcfFile

Generowanie metryki

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

Nie dot.

Aplikacja DRAGEN Enrichment obsługuje następujące funkcje:

• Dekompresja danych wejściowych BCL
• Konwersja FASTQ
• Kompresja FASTQ do formatu ORA lub Gzip
• Mapowanie/dopasowanie (w tym sortowanie i oznaczanie duplikatów)
• Kompresja BAM/CRAM (opcjonalna)
• Rozpoznawanie wariantów

Gdy używany jest parametr VariantCallingMode, procedura obsługuje algorytmy dla następujących wariantów rozpoznawania:

• Brak
• Algorytmy rozpoznawanie wariantów małych
• Wszystkie algorytmy rozpoznawanie wariantów:
– Małych
– Strukturalnych
– Polimorfizmu liczby kopii (dla ludzkich genomów referencyjnych w aparacie)

Wymagane są następujące dane wejściowe:

• Dane BCL wygenerowane z aparatu NovaSeq X Plus
• Arkusz próbek
• BedFile (jeśli tryb rozpoznawania wariantów nie jest równy wartości brak)
• GermlineOrSomatic

Następujące dane wejściowe są opcjonalne:

• AuxBaselineNoiseFile
• AuxCnvPanelOfNormalsFile (jeśli tryb rozpoznawania wariantów jest równy wartości AllVariantCallers)

DRAGEN obsługuje opcje poprawy wydajności w trybie somatycznym poprzez wprowadzenie pliku szumu bazowego. Plik Panel of Normals (Panel wartości normalnych) jest wymagany dla CNV.

DRAGEN Enrichment generuje opisane poniżej pliki wyjściowe.

Element

Typ

Nazwa pliku wyjściowego

Mapowanie/Dopasowanie

BAM lub CRAM
• <sample_name>.bam lub
• <sample_name>.cram

Rozpoznawanie wariantów małych

VCF i gVCF*
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz

Rozpoznawanie wariantów strukturalnych

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz

Polimorfizm liczby kopii

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz

Generowanie metryki

 

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

* Pliki wyjściowe gVCF są dostępne wyłącznie dla trybu linii zarodkowej.

Aplikacja DRAGEN Germline obsługuje następujące funkcje:

• Dekompresja danych wejściowych BCL
• Konwersja FASTQ
• Kompresja FASTQ do formatu ORA lub Gzip
• Mapowanie/dopasowanie (w tym sortowanie i oznaczanie duplikatów)
• Kompresja BAM/CRAM (opcjonalna)
• Rozpoznawanie wariantów

Procedura obsługuje algorytmy dla następujących wariantów rozpoznawania:

• Brak
• Algorytmy rozpoznawanie wariantów małych
• Wszystkie algorytmy rozpoznawanie wariantów:
– Małych
– Strukturalnych
– Polimorfizmu liczby kopii (dla ludzkich genomów referencyjnych w aparacie)
– Ekspansja powtórzeń (dla ludzkich genomów referencyjnych w aparacie)
– Regiony homozygotyczności (dla ludzkich genomów referencyjnych w aparacie)
– Wykrywanie CYP2D6

Wymagane są następujące dane wejściowe:

• Dane BCL wygenerowane z aparatu NovaSeq X Plus
• Arkusz próbek

DRAGEN Germline generuje poniżej opisane pliki wyjściowe.

Element

Typ

Nazwa pliku wyjściowego

Wymagania dotyczące danych wyjściowych

Mapowanie/Dopasowanie

BAM lub CRAM
• <sample_name>.bam lub
• <sample_name>.cram

Nd.

Rozpoznawanie wariantów małych

VCF i gVCF
• <sample_name>.hard-filtered.gvcf.gz
• <sample_name>.hard-filtered.vcf.gz

Nd.

Algorytm rozpoznawania wariantów strukturalnych

VCF
• <sample_name>.sv.vcf.gz

Generowane tylko dla odczytu ze sparowanym końcem

Polimorfizm liczby kopii

VCF
• <sample_name>.cnv.vcf.gz

Tylko genomy ludzkie

Ekspansja powtórzeń

VCF
• <sample_name>.repeats.vcf.gz

Tylko genomy ludzkie

Regiony homozygotyczności

CSV i BED
• <sample_name>.roh_metrics.csv
• <sample_name>.roh.bed

Tylko genomy ludzkie

Wykrywanie CYP2D6

TSV
• <sample_name>.cyp2d6.tsv

Tylko genomy ludzkie

Generowanie metryki

CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv

Nie dot.

Aplikacja DRAGEN RNA obsługuje następujące funkcje:

• Dekompresja danych wejściowych BCL
• Generowanie pliku FASTQ
• Kompresja FASTQ (ORA lub Gzip)
• Mapa/dopasowanie (w tym sortowanie)
• [Opcjonalnie] Kompresja BAM/CRAM
• [FullPipeline] Wykrywanie fuzji genów
• [FullPipeline] Ekspresja genu całego transkryptomu (kwantyfikacja transkryptów)

Wyrażenie różnicowe jest również opcjonalnie obsługiwane.

Wymagane są następujące dane wejściowe:

• Dane BCL wygenerowane z aparatu NovaSeq X Plus
• Arkusz próbek

Następujące dane wejściowe są opcjonalne:

• RnaGeneAnnotationFile

RnaGeneAnnotationFile jest pakowany z każdym dostarczonym przez firmę Illumina ludzkim genomem referencyjnym. Jeśli RnaGeneAnnotationFile jest dostarczany przez klienta przy konfiguracji przebiegu, jest on używany zamiast pliku zapakowanego z genomem. Jeśli RnaGeneAnnotationFile nie jest dostępny w genomie dostarczonym przez firmę Illumina lub bezpośrednio przez klienta, wówczas kroki analizy ilościowej Gene Fusion i kwantyfikacji RNA zostają pominięte. Jeśli włączona jest funkcja Differential Expression (Wyrażenie różnicowe), należy dostarczyć RnaGeneAnnotationFile.

DRAGEN RNA generuje opisane poniżej pliki wyjściowe.

Element

Typ

Nazwa pliku wyjściowego

Opis

Mapowanie/Dopasowanie

BAM lub CRAM
• <sample_name>.bam lub
• <sample_name>.cram

Dane wyjściowe dopasowania zgodne ze specyfikacjami SAM.

Wykrywanie fuzji genów

Zwykły tekst
• <sample_name>.fusion_candidates.preliminary
• <sample_name>.fusion_candidates.final
• Geny kandydujące do fuzji przed zastosowaniem filtrów.
• Geny kandydujące do fuzji po zastosowaniu filtrów.

Kwantyfikacja transkryptów

Zwykły tekst
• <sample_name>.quant.genes.sf
• <sample_name>.quant.sf
• Wyniki kwantyfikacji transkryptów na poziomie genów.
• Wszystkie wyniki kwantyfikacji transkryptów.

Metryki

JSON, CSV
• <sample_name>.metrics.json
• <sample_name>.qc_metrics.csv
• Wyniki kwantyfikacji transkryptów na poziomie genów.
• Wszystkie wyniki kwantyfikacji transkryptów.

Ekspresja różnicowa

PNG

Należy zapoznać się z poniższą tabelą plików wyjściowych ekspresji różnicowej.

W celu wygenerowania plików wyjściowych należy skonfigurować porównanie w arkuszu próbek.

Gdy włączona jest funkcja ekspresji różnicowej, generowane są poniżej opisane pliki wyjściowe.

Nazwa pliku

Opis

Control_vs_Comparison.genes.counts.csv

Zawiera opis liczby odczytów mapowanych na poszczególne geny dla każdej próbki w grupie kontrolnej i porównawczej.

Control_vs_Comparison.genes.res.csv

Zawiera wyniki analizy DESeq2, które opisują ekspresję średnią, log2 (wielokrotność zmian), błąd standardowy log2, wartość P, skorygowaną wartość P oraz status ekspresji każdego genu.

Control_vs_Comparison.genes.rlog.csv

Zawiera wyniki regularyzowanych zliczeń po transformacji logarytmicznej obliczone w ramach analizy DESeq2

Control_vs_Comparison.differential_expression_metrics.csv

Zawiera wyniki analizy ekspresji różnicowej.

Control_vs_Comparison.genes.heatmap.png

Wykres przedstawiający mapę cieplną ekspresji genów podlegających ekspresji różnicowej z dostosowanymi wartościami P < -0,05 dla próbek w grupach kontrolnych i porównawczych. Tylko 30 najlepszych genów podlegających ekspresji różnicowej jest zastosowanych, jeśli jest więcej niż 30 genów podlegających ekspresji różnicowej. Ten plik nie jest dostępny, gdy DESeq2 nie zbiega się lub gdy nie ma genów podlegających ekspresji różnicowej.

Control_vs_Comparison.genes.ma.png

Różne wartości stosunku ekspresji genów wyrażone jako funkcja średniej intensywności sygnału. Wykres przedstawia różnice między pomiarami wykonanymi w dwóch próbkach, przekształcając dane na skalę M (współczynnik logarytmiczny) i A (średnia arytmetyczna), a następnie wykreślając te wartości. Wykres MA przedstawia zmiany log2-krotności przypisane do danej zmiennej w średniej znormalizowanych zliczeń dla wszystkich próbek. Punkty mają kolor czerwony, jeśli skorygowana wartość p jest mniejsza niż 0,1. Punkty poza zakresem tego okna są widoczne na wykresie jako trójkąty otwarte wskazujące w górę lub dół.

Control_vs_Comparison.genes.pca.png

Wykres bazujący na pierwszych dwóch elementach głównych, które odpowiadają za większość zmienności.

Aplikacja DRAGEN BCL Convert obsługuje następujące funkcje:

• Dekompresja danych wejściowych BCL
• Demultipleksowanie próbki
• Obsługa UMI i adaptera
• Ustawienia na próbkę
• Generowanie plików FASTQ
• Kompresja plików FASTQ do formatu ORA lub Gzip
• Generowanie wskaźników kontroli jakości FASTQ (tylko dla pierwszych 1024 próbek)

Wymagane są następujące dane wejściowe:

• Dane BCL wygenerowane z aparatu NovaSeq X Plus
• RunInfo.xml
• Arkusz próbek

DRAGEN BCL Convert generuje następujące dane wyjściowe.

Element

Typ

Nazwa pliku wyjściowego

BclConvert

FASTQ
• <Sample_ID>_Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz
• m = numer powierzchni
• n = numer pasa
• p = numer odczytu z zestawu { 1, 2 }

Procedura DRAGEN BCL Convert wykorzystuje dane BCL wygenerowane z sekwencjonowania oraz informacje z arkusza próbek w celu wygenerowania pliku FASTQ. Nazwa pliku FASTQ to <Sample_ID>_Sm_L00n_Rp_001.fastq.gz.

Wszystkie procedury DRAGEN domyślnie generują następujące pliki demultipleksowania. Zagregowane pliki są przechowywane w folderze Demux.

Element

Typ

Nazwa pliku wyjściowego

Demultipleksowanie

CSV
• Demultiplex_Stats.csv

Pierwsze nieznane kody kreskowe

CSV
• Top_Unknown_Barcodes.csv

Błędy multipleksowania

CSV
• Index_Hopping_Counts.csv

W przypadku wszystkich procedur DRAGEN FastQC domyślnie generuje wykresy kontroli jakości. Zagregowane wyniki kontroli jakości są zapisywane w folderze AggregatedReports.

Metryki są generowane tylko wtedy, gdy liczba próbek jest mniejsza lub równa 1024.