Przegląd sekwencjonowania

Następujące informacje zawierają dodatkowe szczegóły dotyczące procedury w Systemy sekwencjonowania NovaSeq X i NovaSeq X Plus.

Podczas tworzenia klastrów pojedyncze cząsteczki DNA wiążą się z powierzchnią w komorze przepływowej Szkiełko z fizycznie wydzielonymi ścieżkami. Ścieżki są opłaszczone oligonukleotydami, które są komplementarne do sekwencji adapterów biblioteki, umożliwiając bibliotekom przywieranie w trakcie serii sekwencjonowania. i jednocześnie ulegają amplifikacji, tworząc klastry.

Klastry są obrazowane przy użyciu dwukanałowego oznaczenia – jednego kanału zielonego i jednego kanału niebieskiego – w celu zakodowania danych dla czterech nukleotydów. Po ukończeniu obrazowania jednej płytki w komorze przepływowej obrazowana jest kolejna płytka. Proces ten jest powtarzany dla każdego cyklu sekwencjonowania (około 5 minut na cykl).

Po analizie obrazów oprogramowanie Real-Time Analysis (RTA4) wykonuje rozpoznawanie nukleotydów Określanie zasady (A, C, G lub T) dla każdego klastra w obszarze skanowania w określonym cyklu., filtrowanie i ocenę jakościową Dla każdego rozpoznania zasady oblicza zbiór predyktorów jakości, które następnie są używane do wyszukania wskaźnika jakości.. W miarę postępu serii oprogramowanie NovaSeq X Series Control Software automatycznie przesyła pliki rozpoznań nukleotydów Zawiera rozpoznanie zasady oraz powiązaną ocenę jakościową dla każdego klastra w każdym cyklu sekwencjonowania. (*.CBCL) do wskazanej lokalizacji wyjściowej do analizy danych. Aby wyświetlać wskaźniki jakości wygenerowane przez RTA4 w czasie rzeczywistym, należy użyć NovaSeq X Series Control Software, Sequencing Analysis Viewer (Przeglądarka analizy sekwencjonowania) (SAV) lub BaseSpace Sequence Hub.

Analiza wtórna rozpoczyna się po zakończeniu sekwencjonowania. Metoda wtórnej analizy danych zależy od aplikacji oraz konfiguracji systemu.

BaseSpace Sequence Hub i Illumina Connected Analytics (ICA) to środowisko przetwarzania w chmurze Illumina służące do monitorowania serii, analizy i zapisu danych. Monitorowanie serii jest widoczne tylko w BaseSpace Sequence Hub. BaseSpace Sequence Hub hostuje aplikacje DRAGEN i BaseSpace Sequence Hub, które obsługują popularne metody analizy sekwencjonowania. Illumina Connected Analytics hostuje DRAGEN dla procedur ICA. Można korzystać z gotowych protokołów ICA lub tworzyć niestandardowe protokoły, korzystając z danych sekwencjonowania i analizy.

W przypadku analizy danych sekwencjonowania w chmurze dane CBCL są przesyłane automatycznie do chmury i są dostępne w BaseSpace Sequence Hub oraz ICA. Analiza rozpoczyna się automatycznie po zakończeniu przesyłania danych.

W przypadku lokalnego analizowania danych sekwencjonowania analiza wtórna DRAGEN jest przeprowadzana w aparacie, a pliki wyjściowe są zapisywane w wybranym folderze wyjściowym.

• Więcej informacji na temat BaseSpace Sequence Hub można znaleźć na stronie wsparcia BaseSpace Sequence Hub.
• Więcej informacji na temat Illumina DRAGEN Bio-IT Platform można znaleźć na stronie wsparcia Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.
• Więcej informacji na temat Illumina Connected Analytics można znaleźć na stronie wsparcia Illumina Connected Analytics.
• Przegląd wszystkich aplikacji znajduje się w części Aplikacje BaseSpace Sequence Hub.