Visão geral do sequenciamento

As informações a seguir incluem detalhes adicionais sobre o fluxo de trabalho de Sistemas de sequenciamento NovaSeq X e NovaSeq X Plus.

Durante a geração de clusters, moléculas de DNA simples são ligadas à superfície da lâmina de fluxo Uma lâmina de vidro com cavidades fisicamente separadas. As cavidades são revestidas com oligonucleotídeos complementares às sequências do adaptador da biblioteca, permitindo que a biblioteca se enquadre em uma execução de sequenciamento. e amplificadas simultaneamente para formar clusters.

A imagem dos clusters é feita utilizando química de dois canais, um canal verde e um canal azul, para codificar dados para os quatro nucleotídeos. Depois que a imagem de um bloco na lâmina de fluxo é concluída, obtém-se a imagem do próximo bloco. O processo é repetido para cada ciclo de sequenciamento (~5 minutos por ciclo).

Após a análise das imagens, o software Real-Time Analysis (RTA4) realiza uma identificação de bases Determinação de uma base (A, C, G ou T) para cada cluster de um bloco em um ciclo específico., uma filtragem e uma pontuação de qualidade Prevê a probabilidade de uma identificação de base incorreta. Uma pontuação-Q alta implica uma identificação de base confiável.. À medida que a execução ocorre, o Software de controle NovaSeq X Series transfere automaticamente os arquivos de identificação de bases Contém a identificação de bases e a pontuação de qualidade associada para cada cluster de cada ciclo de sequenciamento. (*.CBCL) para o local de saída especificada para análise de dados. Para exibir métricas de qualidade geradas pelo RTA4 em tempo real, use o Software de controle NovaSeq X Series, Sequencing Analysis Viewer (SAV) ou BaseSpace Sequence Hub.

A análise secundária se inicia depois que o sequenciamento é concluído. O método de análise de dados secundária depende do aplicativo e da configuração do sistema.

BaseSpace Sequence Hub e Illumina Connected Analytics (ICA) são os ambientes de computação em nuvem da Illumina para análise de dados, armazenamento e monitoramento de execução. O monitoramento de execução só é visível no BaseSpace Sequence Hub. O BaseSpace Sequence Hub hospeda os aplicativos do DRAGEN e do BaseSpace Sequence Hub, que são compatíveis com métodos de análise comuns para sequenciamento. O Illumina Connected Analytics hospeda o DRAGEN para pipelines do ICA. É possível usar pipelines do ICA pré-criados ou criar pipelines personalizados usando seus dados de sequenciamento e análise.

Se estiver analisando dados de sequenciamento em nuvem, os dados CBCL são carregados automaticamente na nuvem e estão disponíveis no BaseSpace Sequence Hub e no ICA. A análise começa automaticamente após a conclusão do carregamento dos dados.

Se estiver analisando dados de sequenciamento localmente, a análise secundária do DRAGEN é realizada no instrumento, e os arquivos de saída são armazenados em uma pasta de saída selecionada.

• Para obter mais informações sobre o BaseSpace Sequence Hub, consulte a página de suporte do BaseSpace Sequence Hub.
• Para obter mais informações sobre o Illumina DRAGEN Bio-IT Platform, consulte a página de suporte do Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.
• Para obter mais informações sobre o Illumina Connected Analytics, consulte a página de suporte do Illumina Connected Analytics.
• Para obter uma visão geral de todos os aplicativos, consulte os Aplicativos BaseSpace Sequence Hub.