Visão geral do sequenciamento

Durante a clusterização, moléculas de DNA únicas são ligadas à superfície da lâmina de vidro da lâmina de fluxo A com pistas fisicamente separadas. As pistas são revestidas com oligonucleotídeos complementares às sequências do adaptador da biblioteca, permitindo que a biblioteca se enquadre em uma corrida do sequenciamento. e, ao mesmo tempo, são ampliadas para formar clusters.

A imagem dos clusters é feita utilizando química de dois canais, um canal verde e um canal azul, para codificar dados para os quatro nucleotídeos. Depois que a imagem de um bloco na lâmina de fluxo é concluída, obtém-se a imagem do próximo bloco. O processo é repetido para cada ciclo de sequenciamento (~5 minutos por ciclo).

Após a análise de imagem, o software de Real-Time Analysis (RTA4) executa identificação de base Determinando uma base (A, C, G ou T) para cada cluster em um bloco em um ciclo específico, filtrando e pontuando a qualidade Calcula um conjunto de preditores de qualidade para cada chamada de base e, em seguida, usa o valor do preditor para pesquisar a pontuação Q. À medida que a corrida avança, o software de controle do NovaSeq X Series transfere automaticamente arquivos de identificação de base Contém a identificação de base e a pontuação de qualidade associada para cada cluster de cada ciclo de sequenciamento. (*.CBCL) para o local de saída especificado para análise de dados. Para visualizar as métricas de qualidade geradas pelo RTA4 em tempo real, use o software de controle do NovaSeq X Series, o Sequencing Analysis Viewer (SAV) ou o BaseSpace Sequence Hub.

A análise secundária se inicia depois que o sequenciamento é concluído. O método de análise de dados secundária depende do aplicativo e da configuração do sistema.

BaseSpace Sequence Hub e Illumina Connected Analytics (ICA) são os ambientes de computação em nuvem Illumina para análise de dados, armazenamento e monitoramento de corrida. O monitoramento de corridas só é visível no BaseSpace Sequence Hub. O BaseSpace Sequence Hub hospeda os aplicativos DRAGEN e BaseSpace Sequence Hub, que oferecem suporte a métodos de análise comuns para sequenciamento. O Illumina Connected Analytics hospeda o DRAGEN para pipelines para ICA. Você pode usar pipelines ICA pré-construídos ou criar pipelines personalizados usando seus dados de sequenciamento e análise.

Ao analisar dados de sequenciamento na nuvem, os dados CBCL são carregados automaticamente para a nuvem e estão disponíveis no BaseSpace Sequence Hub e ICA. A análise começa automaticamente após a conclusão do carregamento dos dados.

Se estiver analisando os dados de sequenciamento localmente, a análise secundária do DRAGEN é realizada no instrumento e os arquivos de saída são armazenados em uma pasta de saída selecionada.

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Para obter mais informações sobre o BaseSpace Sequence Hub, consulte a página de suporte do BaseSpace Sequence Hub.

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Para obter mais informações sobre a Illumina DRAGEN Bio-IT Platform, consulte a página de suporte Illumina DRAGEN Bio-IT Platform.

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Para obter mais informações sobre o Illumina Connected Analytics, consulte a página de suporte do Illumina Connected Analytics.

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Para obter uma visão geral de todos os aplicativos, consulte Aplicativos do BaseSpace Sequence Hub.