Considerações sobre a sequenciação XLEAP-SBS
Antes de iniciar o protocolo, reveja as seguintes informações para preparar a diluição de bibliotecas e configurar o ensaio. Alcançar a concentração de carregamento ideal é essencial para uma sequenciação e uma análise bem-sucedidas. Introduzir o número correto de ciclos numa leitura ajuda a garantir uma ótima saída de dados.
Para obter informações sobre o planeamento de um ensaio no BaseSpace Sequence Hub, consulte BaseSpace Sequence Hub.
Para obter informações sobre o volume e a concentração de carga, consulte o Gerador do protocolo de desnaturação e diluição.
Para cada leitura, introduzir um mínimo de 26 ciclos e um máximo de 301 ciclos ajuda a assegurar a qualidade dos dados. O número exato de ciclos depende da sua experiência. O NextSeq 1000/2000 Control Software exige pelo menos 1 ciclo para a Read 1 (Leitura 1), mas apresenta um aviso quando o número de ciclos na Read 1 (Leitura 1) for inferior a 26.
O número total de ciclos para a Read 1 (Leitura 1), o Index 1 (Índice 1), o Index 2 (Índice 2) e a Read 2 (Leitura 2) não pode ser superior ao número de ciclos suportados pelo kit mais 38 ciclos. O NextSeq 1000/2000 Control Software irá apresentar um aviso quando o Index 1 (Índice 1) e o Index 2 (Índice 2) forem inferiores a 6 ciclos. O aviso não é apresentado se o Index 1 (Índice 1) ou o Index 2 (Índice 2) for de 0 ciclos.
Os números de ciclos mínimos e máximos incluem um ciclo extra. Adicione sempre um ciclo ao comprimento de leitura pretendido, para corrigir os efeitos da colocação em fase e pré-fase. O comprimento de leitura é o número de ciclos de sequenciação na Read 1 (Leitura 1) e Read 2 (Leitura 2), o que exclui ciclos extra e ciclos de índice. Para obter mais informações, consulte Correção da Colocação em Fase em Fluxo de Trabalho do Real-Time Analysis.
Exemplo de configuração do ensaio:
| • | Para um comprimento de leitura de 35 (leitura única), introduza 36 no campo Read 1 (Leitura 1). |
| • | Para um comprimento de leitura de 150 por leitura (extremidades emparelhadas), introduza 151 no campo Read 1 (Leitura 1) e 151 no campo Read 2 (Leitura 2). |
| • | Para um comprimento de leitura de 300 por leitura (extremidades emparelhadas), introduza 301 no campo Read 1 (Leitura 1) e 301 no campo Read 2 (Leitura 2). |
