Создать локальный запланированный прогон

Для создания локального прогона секвенирования используйте интерфейс планирования прогона в управляющем программном обеспечении MiSeq i100 Plus Control Software или Illumina Run Manager.

1. Нажмите значок меню в верхнем левом углу.
2. Нажмите Runs (Прогоны).
3. На вкладке Planned (Запланировано) нажмите Create run (Создать прогон).
4. Введите название прогона для идентификации прогона.

Название прогона может содержать не более 255 символов, включая буквы, цифры, пробелы, дефисы и подчеркивания.

5. [Необязательно]Введите описание прогона.

Описание прогона не может содержать звездочки (*), скобки ([]) или запятые (,).

6. Укажите количество циклов, выполняемых при каждом прочтении.

Общее количество циклов прочтения и индексных циклов не может превышать количество циклов, указанное в наборе реагентов. Предел индексного цикла применяется к циклам, используемым в качестве индексных циклов, а не к циклам UMI, или обрезанным прочтениям.

• Read 1 (Прочтение 1): введите количество циклов для прочтения 1.
• Index 1 (Индекс 1): введите количество циклов для прочтения индекса 1. Для прогона только с применением PhiX укажите 0 в обоих полях индексов.
• Index 2 (Индекс 2): введите количество циклов для прочтения индекса 2.
• Read 2 (Прочтение 2): введите количество циклов для прочтения 2. Это значение, как правило, аналогично значению параметра Read 1 (Прочтение 1).

Количество циклов определяется выбранной конфигурацией набора для секвенирования. Для получения дополнительной информации о доступных конфигурациях наборов для секвенирования обращайтесь к разделу Расходные материалы для секвенирования.

7. Нажмите Next (Далее).
8. Выберите приложение для анализа.
9. [Необязательно] Введите описание конфигурации.
10. Выберите наборы адаптеров для подготовки библиотеки и индекса.
11. Нажмите Next (Далее) для настройки вторичного анализа и добавления информации об образце.

Для получения дополнительной информации обращайтесь к разделу Настройка вторичного анализа DRAGEN.

Вы можете создать шаблон протокола анализа с помощью локального приложения на приборе или в облаке с помощью приложения BaseSpace Sequence Hub. Перед импортом протокола анализа его необходимо правильно отформатировать.

• Для создания шаблона протокола анализа с помощью одного из локальных встроенных приложений DRAGEN перейдите к действиям, изложенным в разделе Настройка вторичного анализа DRAGEN, и на последнем этапе выберите Export sample sheet (Экспорт протокола анализа).
• Чтобы экспортировать протокол анализа из запланированного прогона в BaseSpace Sequence Hub при помощи шаблона, перейдите к запланированному прогону в BaseSpace Sequence Hub и выберите Export sample sheet (Экспортировать протокол анализа).

Серийный номер сухого картриджа можно указать в поле Идентификатор пробирки для библиотеки или оставить поле пустым.

Для импорта протокола анализа выполните следующие действия.

1. Нажмите значок меню в верхнем левом углу.
2. Нажмите Runs (Прогоны).
3. На вкладке Planned run (Запланированный прогон) нажмите Import sample sheet (Импорт протокола анализа), а затем откройте файл протокола анализа v2.
4. После валидации протокола анализа нажмите Next (Далее), чтобы просмотреть импортированные сведения о прогоне.

Во время просмотра импортированные сведения о прогоне можно редактировать.

5. [Необязательно] Выполните любое из следующих действий:
• Чтобы изменить параметры прогона или настройки конфигурации, нажмите Edit (Редактировать) рядом с прогоном или конфигурацией.
• Чтобы удалить конфигурацию, нажмите Delete (Удалить) рядом с конфигурацией, а затем нажмите Yes, delete (Да, удалить).
6. Чтобы сохранить запись о прогоне, выберите один из следующих вариантов.
• Чтобы изменить сведения о прогоне позже, нажмите Save as draft (Сохранить как черновик).
• Для завершения редактирования сведений о прогоне и планирования секвенирования нажмите Save as planned (Сохранить как запланированный).