Обзор секвенирования

Следующая информация включает дополнительные сведения о рабочем процессе секвенирования MiSeq i100 Plus.

Генерация кластеров

Библиотека автоматически денатурируется до одиночных цепочек в самом приборе. Во время генерации кластеров отдельные молекулы ДНК связываются с поверхностью проточной ячейки, где происходит амплификация с образованием кластеров. Процесс генерации кластеров занимает приблизительно 2 часа.

Секвенирование

Визуализация кластеров осуществляется с помощью метода с двумя флуоресцентными метками, при этом для кодирования четырех нуклеотидов используется один зеленый и один синий канал. Датчики проточной кюветы, состоящие из плиток, визуализируются за один раз. Процесс повторяется для каждого цикла секвенирования.

Первичный анализ

После анализа изображений программное обеспечение Real-Time Analysis (RTA ) выполняет распознавание оснований Определение основания (A, C, G или T) для каждого кластера в плитке в определенном цикле, фильтрация и оценка качества Рассчитывает набор прогностических факторов качества для каждого распознаваемого основания, а затем использует значение прогностического фактора для поиска показателя Q. По мере выполнения прогона управляющее программное обеспечение MiSeq i100 Plus Control Software автоматически переносит файлы объединенных распознанных оснований Содержит распознанное основание и присвоенный ему показатель качества для каждого кластера в каждом цикле секвенирования. (CBCL) в указанную папку выходных данных для последующего анализа. Для просмотра показателей качества, генерируемых RTA в режиме реального времени, используйте управляющее программное обеспечение MiSeq i100 Plus Control Software, средство просмотра анализа секвенирования Sequencing Analysis Viewer (SAV) или приложение BaseSpace Sequence Hub.

После завершения секвенирования начинается вторичный анализ. Методика вторичного анализа данных зависит от конкретной области применения и конфигурации системы.

Вторичный анализ

BaseSpace Sequence Hub и Illumina Connected Analytics (ICA ) — это облачные вычислительные среды Illumina для анализа данных, хранения и отслеживания. Отслеживание прогона отображается только в приложении BaseSpace Sequence Hub. В BaseSpace Sequence Hub размещены приложения DRAGEN и BaseSpace Sequence Hub, которые поддерживают часто используемые методы анализа данных секвенирования. В Illumina Connected Analytics размещено приложение DRAGEN для процедур ICA. Вы можете использовать готовые процедуры ICA или создавать пользовательские процедуры, используя свои данные секвенирования и анализа.

При анализе данных секвенирования в облаке данные CBCL автоматически загружаются в облако и доступны в BaseSpace Sequence Hub и ICA. Анализ начинается автоматически после завершения загрузки данных.

При проведении локального анализа данных секвенирования вторичный анализ DRAGEN выполняется встроенным программным обеспечением, а файлы выхода сохраняются в выбранной папке выходных данных.

• Для получения дополнительной информация о приложении BaseSpace Sequence Hub перейдите на страницу поддержки для BaseSpace Sequence Hub.
• Для получения дополнительной информации о DRAGEN Secondary Analysis перейдите на страницу поддержки для платформы DRAGEN Bio-IT Platform.
• Для получения дополнительной информации о Illumina Connected Analytics перейдите на страницу поддержки Illumina Connected Analytics.
• Обзор всех приложений представлен в разделе BaseSpace Sequence Hub Apps.